Wielu dietetyków zgłosiło związek między dietą Atkinsa a zaparciami, szczególnie w fazie indukcyjnej diety. Faza ta trwa około dwóch tygodni i charakteryzuje się bardzo niskim spożyciem węglowodanów. Każda zmiana nawyków żywieniowych może prowadzić do problemów, takich jak zaparcia, ale ponieważ organizm przyzwyczaja się do zmian i po fazie indukcji dopuszcza się więcej pokarmów, problem zaparć nie jest tak powszechny. Istnieją strategie, których należy przestrzegać podczas diety Atkinsa, a zaparcia powinny ustąpić samoistnie po kilku dniach lub tygodniach.
Zaparcie jest częstym skutkiem ubocznym wielu diet niskowęglowodanowych. Jednym z zarzutów dotyczących diety Atkinsa jest to, że w fazie indukcji dietetycy spożywają mniej niż 7% minimalnego dziennego spożycia błonnika. Skupienie się na wysokim poziomie białka może również zaostrzyć związek między dietą Atkinsa a zaparciami, ponieważ wysokie spożycie mięsa i sera może prowadzić do zaburzeń jelitowych.
Organizm musi mieć błonnik, aby mógł pozbyć się odpadów. Owoce, warzywa i produkty pełnoziarniste, takie jak chleb i płatki zbożowe, są zwykłymi źródłami błonnika w przeciętnej zdrowej diecie. Zalecane 21 gramów błonnika dziennie może być dość trudne do spożycia na diecie niskowęglowodanowej, takiej jak dieta Atkinsa, co często powoduje zaparcia. W niektórych przypadkach problem może stać się na tyle poważny, że konieczna będzie pomoc medyczna.
Aby uniknąć zaparć na diecie, należy wypić osiem szklanek wody, ponieważ brak wody jest główną przyczyną zaparć. Jeśli to nie daje żadnego efektu, pomocne może być spożywanie dodatkowego błonnika, takiego jak siemię lniane lub otręby pszenne. Sałatki i warzywa, zwłaszcza zielone, liściaste, takie jak szpinak, kapusta i brokuły, są całkowicie dopuszczalne w diecie w nieograniczonych ilościach, więc zapewnienie ich w większości posiłków zwiększy spożycie błonnika. Zwiększenie aktywności fizycznej powinno również pomóc w leczeniu zaparć podczas diety Atkinsa. Suplementacja błonnikiem jest zalecana szczególnie podczas fazy 1 diety Atkinsa lub fazy indukcji, aby zrównoważyć efekt spożywania większej ilości białek o niskiej zawartości błonnika.
Inne skutki uboczne diety Atkinsa to zmęczenie, zawroty głowy, bóle głowy i osłabienie, a wynikają one głównie z drastycznej redukcji węglowodanów we wczesnej fazie diety. Dieta Atkinsa zmieniła się z biegiem czasu i nieco złagodziła swoje podejście w celu rozwiązania problemów i doniesień o skutkach ubocznych. Przed rozpoczęciem tej lub jakiejkolwiek innej diety zaleca się skonsultowanie się z lekarzem, zwłaszcza jeśli istnieją problemy zdrowotne.