Zalety i wady diety Atkinsa obejmują spożycie węglowodanów i tłuszczów, głównie dlatego, że niska zawartość węglowodanów jest zaletą, a wysoka zawartość tłuszczów nasyconych jest wadą. Duże porcje dozwolone w diecie mogą być postrzegane jako zaleta, ponieważ osoby na diecie raczej nie będą odczuwać głodu, ale wadą jest to, że prawdopodobnie zostanie spożyty nadmiar białka. Szybka początkowa utrata wagi jest postrzegana jako zaleta, ale brak błonnika wydaje się być wadą.
Dieta o niskiej zawartości węglowodanów, taka jak plan Atkinsa, zazwyczaj zmniejsza wiele wcześniejszych źródeł tłuszczu i kalorii w diecie osoby z nadwagą, więc utrata masy ciała jest zwykle doświadczana od samego początku. Jednak wraz z tymi zaletami i wadami diety Atkinsa często pojawia się wada, że traci się tylko „wagę wody”, więc może się to nie skończyć. Z drugiej strony diabetycy mogą być w stanie osiągnąć lepszą kontrolę poziomu cukru, ponieważ regulacja insuliny jest łatwiejsza w organizmie na diecie niskowęglowodanowej. Z drugiej strony, diabetycy i inne osoby podatne na zaparcia mogą być jeszcze gorzej, ponieważ spożywanie wystarczającej ilości błonnika jest często trudne dla wielu osób na diecie Atkinsa. Ponieważ źródła białka, takie jak mięso, nie są ograniczone, osoby na diecie mogą wybrać drugą porcję pokarmu bogatego w białko zamiast włączać odpowiednią ilość warzyw bogatych w błonnik jako część posiłku.
Ponieważ w planie Atkinsa należy unikać węglowodanów w jak największym stopniu, nie uwzględnia się również pełnoziarnistych źródeł błonnika. Aby zastąpić brak zbóż, dietetycy Atkinsa zazwyczaj spożywają więcej produktów białkowych, takich jak mięso i sery, ponieważ porcje nie są ograniczone. Duża ilość pokarmów białkowych ze źródeł zwierzęcych zwykle oznacza obfitość tłuszczów nasyconych, co wiąże się ze złym zdrowiem serca i może również wpływać na stan nerek. Z drugiej strony, ponieważ odradza się spożywanie węglowodanów, osoby na diecie Atkinsa nie spożywają dużej ilości kalorii i tłuszczów z „pustych” lub „śmieciowych” pokarmów, takich jak frytki i ciasteczka. Inne zalety i wady diety Atkinsa dotyczą kwestii składników odżywczych.
Jeśli dietetycy Atkinsa jedzą duże porcje białka i mniejsze ilości warzyw, a także bardzo ograniczone produkty pełnoziarniste, prawdopodobny jest niedobór niezbędnych składników odżywczych. Wielu lekarzy i dietetyków radzi, że przyjmowanie multiwitamin nie jest dobrym substytutem odżywiania się ze źródeł żywności. Zalety i wady diety Atkinsa często zawierają więcej niż wystarczającą ilość białka, żelaza i wapnia, ale niewystarczającą ilość wielu innych witamin i minerałów potrzebnych dla dobrego zdrowia.