Związek między estrogenem a hormonem folikulotropowym (FSH) polega na tym, że zarówno estrogen, jak i FSH są kluczowymi elementami cyklu jajnikowego, który jest procesem, w którym kobieta ma owulację; FSH uruchamia cykl jajnikowy, który z kolei pobudza produkcję estrogenu. Innym powiązaniem między estrogenem i FSH jest to, że oba są hormonami, co oznacza, że regulują substancje chemiczne, które kierują funkcjami fizjologicznymi w organizmie. Estrogen jest hormonem płciowym, podczas gdy FSH jest gonadotropiną. Ich role są bardzo różne, mimo że obie należą do sfery rozmnażania płciowego kobiet. Rolą FSH jest kontrolowanie wszystkich faz rozwojowych jajników od urodzenia do menopauzy; Rolą estrogenu jest przede wszystkim kontrolowanie cyklu menstruacyjnego kobiety.
Zarówno estrogen, jak i FSH są niezbędnymi składnikami menstruacji i ciąży. FSH wyzwala produkcję pojedynczych komórek jajowych i uwalnia co 28 dni, co sprawia, że kobieta musi stworzyć wyściółkę macicy, która może amortyzować zapłodnioną komórkę jajową lub zostać wydalona jako odpad reprodukcyjny podczas menstruacji. Estrogen powoduje wzrost i pogrubienie wyściółki macicy, znanej również jako endometrium. Bez estrogenu i FSH reprodukcja kobiet nie byłaby możliwa.
Każdy miesięczny cykl jajnikowy rozpoczyna się, gdy FSH jest uwalniany przez przysadkę mózgową, powodując tworzenie się komórki jajowej lub komórki jajowej w jednym z jajników kobiety. Podczas rozwoju komórki jajowej jako pierwszy tworzy się pęcherzyk jajowy; ten pęcherzyk, który ostatecznie będzie ochronnym workiem wokół komórki jajowej, dopóki nie dojrzeje i zostanie uwolniony do jajowodów w celu owulacji, jest tym, co wydziela żeński hormon estrogen. W szczególności pęcherzyk wydziela formę estrogenu znaną jako estradiol. Podczas gdy inne tkanki w organizmie mogą wytwarzać niski poziom estrogenu, mieszki jajowe regulowane przez FSH są odpowiedzialne za główny poziom produkcji estrogenu w ciele kobiety.
W ciągu pierwszych 14 dni 28-dniowego cyklu miesiączkowego poziomy estrogenu i FSH są najwyższe w miarę rozwoju pęcherzyka przez kilka dni. 14 dnia po osiągnięciu dojrzałości jajo zostaje uwolnione z pęcherzyka i wędruje do jajowodu. Pęcherzyk lewy, zwany ciałkiem żółtym, kontynuuje wydzielanie niewielkich ilości estrogenu do 28 dnia cyklu, kiedy cały proces rozpoczyna się od nowa po wznowieniu aktywności FSH.
Początek menopauzy ma drastyczny wpływ zarówno na estrogen, jak i FSH. Starzejące się jajniki przestają być podatne na FSH i ignorują sygnały do produkcji pęcherzyków jajowych. To z kolei skutkuje spadkiem produkcji estrogenu. Utrata estrogenu może mieć szkodliwy wpływ na kobiety, ponieważ oprócz reprodukcji estrogen wspomaga elastyczność skóry, równowagę nastroju oraz zdrowie sromu i innych części pochwy. Dlatego wielu lekarzy przepisuje estrogen sterydowy, aby zastąpić stężenie hormonu, którego organizm nie wytwarza już naturalnie.