Probiotyki i enzymy działają równolegle w przewodzie pokarmowym. Oba rozkładają pokarm, pomagając w ten sposób w lepszym trawieniu. Enzymy idą jednak o krok dalej. Odżywiają probiotyki i umożliwiają im przeżycie i rozmnażanie. Dzieje się tak, ponieważ probiotyki jedzą produkty uboczne powstające podczas chemicznego trawienia żywności przez enzymy, rozkładając je na proste składniki odżywcze, które probiotyki mogą łatwo wchłonąć.
Pokarmy stworzone przez enzymy w celu wsparcia probiotyków obejmują kwasy tłuszczowe, proste węglowodany i aminokwasy. Wymiana pokarmowa między probiotykami a enzymami obejmuje również różne minerały i witaminy wytwarzane przez enzymy. Istnieje dziewięć różnych typów enzymów, które wytwarzają te odżywcze produkty uboczne. Działają w wyspecjalizowanych obszarach przewodu pokarmowego, takich jak jelito grube, jelito cienkie i trzustka.
Proteaza, amylaza i lipaza są uważane za trzy główne enzymy trawienne. Lipaza trawi tłuszcze znane jako lipidy i wytwarza kwasy tłuszczowe jako produkt uboczny tego trawienia. Zadaniem amylazy jest ukierunkowanie na skrobie i węglowodany, rozkładając je na cukry proste, które są wystarczająco podstawowe, aby probiotyki mogły je łatwo spożywać. Proteaza, zwłaszcza enzym proteazy znany jako pepsyna, trawi białka w celu wytworzenia aminokwasów.
Wtórne enzymy trawienne obejmują sacharazę, maltazę i laktazę. Laktaza trawi cukier mleczny, który jest również znany jako laktoza. Maltaza chemicznie redukuje cukier słodowy znany jako maltoza do glukozy. Sacharaza trawi sacharozę, tworząc fruktozę lub glukozę. Pozostałe enzymy karbohydraza, pektynaza i hemicelulaza są uważane za nieistotne dla probiotyków, chociaż pomagają organizmowi ludzkiemu w trawieniu.
Aminokwasy i skrobie powstające w procesie trawienia chemicznego są przydatne nie tylko dla probiotyków i enzymów. Ludzie mogą również wchłaniać to pożywienie przez wyściółkę narządów. Enzymy proteazy służą przede wszystkim probiotycznym lactobacillus w jelicie cienkim, gdzie aminokwasy mogą przenikać przez błonę do krwiobiegu. Tymczasem amylaza jest połączona z probiotykami w trzustce i gruczołach ślinowych, gdzie cukry proste uwalniane przez amylazę mogą być wchłaniane przez usta lub błonę trzustkową.
Chociaż zarówno probiotyki, jak i enzymy przekształcają żywność w energię poprzez trawienie, nie jest to główna zaleta probiotyków. Probiotyki chronią układ odpornościowy i zwiększają jego skuteczność poprzez usuwanie toksyn i szkodliwych bakterii. Jako detoksykant probiotyki są chwalone za zapobieganie dolegliwościom, od alergii po raka okrężnicy. Te pożyteczne mikroorganizmy mogą pomóc organizmowi pokonać szkodliwe bakterie, takie jak salmonella i E.coli. Im więcej pożywienia otrzymują z enzymów, tym więcej probiotyków może się rozmnażać i zapewniać ochronę zdrowia.
Gdy ludzie starzeją się lub znoszą choroby, ilość probiotyków w organizmie może gwałtownie spaść. Suplementy zawierające probiotyki i enzymy mogą wzmocnić korzystną mikroflorę organizmu. Osoby stosujące suplementy lub żywą żywność w celu zwiększenia poziomu probiotyków i enzymów w organizmie zwykle muszą pozostać na stałym poziomie, ponieważ zarówno probiotyki, jak i enzymy są regularnie wyczerpywane przez organizm i muszą być uzupełniane.
Niektórzy krytycy uzupełniających probiotyków i enzymów twierdzą, że enzymy, zwłaszcza proteaza, niszczą niektóre probiotyki oparte na białkach. Jednak wiele badań przeczy temu twierdzeniu. Aby zapewnić brak szkodliwych interakcji, wielu dietetyków sugeruje, że enzymy należy przyjmować przed posiłkiem, a probiotyki po posiłku.