Osoby z nietolerancją glutenu zwykle wykazują kilka różnych objawów, dlatego ważne jest, aby spożywać wyłącznie produkty bezglutenowe w celu wyeliminowania problemu. Niektóre z najczęstszych objawów nietolerancji glutenu to depresja, drażliwość, zmęczenie i nagłe zmiany wagi. Problemy trawienne są również powszechne wśród osób cierpiących na to zaburzenie autoimmunologiczne, w tym ból brzucha, wzdęcia, zaparcia i skurcze. Wreszcie, częste infekcje mogą być również oznaką nietolerancji glutenu, ponieważ układ odpornościowy jest zwykle osłabiony. Ponieważ wiele z tych objawów może sygnalizować różne zaburzenia, nietolerancja glutenu jest zwykle diagnozowana tylko wtedy, gdy prawie wszystkie z nich są obserwowane u pacjenta.
Jeden z najczęstszych objawów nietolerancji glutenu, na który ludzie mogą skarżyć się na skrajne zmęczenie. Nie jest to zaskakujące, ponieważ ten objaw jest jednym z najczęściej narzekanych, jeśli chodzi o jakąkolwiek chorobę, ale nietolerancja glutenu wiąże się również z wieloma dodatkowymi objawami, takimi jak depresja i drażliwość. Innym z najczęstszych objawów nietolerancji glutenu jest niewyjaśniony przyrost masy ciała podczas stosowania diety zawierającej pokarmy zawierające gluten, chociaż niektórzy ludzie również doświadczają nagłej utraty wagi.
Niektóre z najczęściej obserwowanych objawów nietolerancji glutenu mają związek z układem pokarmowym, co może nie być zaskakujące, ponieważ głównym winowajcą tego zaburzenia jest produkt spożywczy. Zaparcie i późniejsze wzdęcia mają tendencję do pojawiania się u osób cierpiących na nadwrażliwość na gluten. Z drugiej strony biegunka i ból brzucha są również często obserwowane u osób z nietolerancją glutenu. Niektóre osoby mogą doświadczać biegunki i zaparć co drugi dzień, co prowadzi do skurczów, bólu brzucha i ogólnego dyskomfortu.
Chociaż niezdolność do zwalczania wielu infekcji może wydawać się niezwiązana z tym schorzeniem, należy się tego spodziewać, ponieważ nietolerancja glutenu powoduje zniszczenie wyściółki jelita cienkiego. Ponieważ to właśnie tam znajduje się większość układu odpornościowego organizmu, nie powinno dziwić, że przeciwciała, które normalnie zwalczają infekcje, są rzadkie. To pozostawia błony śluzowe, takie jak oczy, usta, zatoki i pochwa, na łasce patogenów, co często prowadzi do częstych przeziębień i infekcji zatok, pochwy, oczu i dróg moczowych. Ponadto niedobór przeciwciał ma duży wpływ na układ oddechowy i pokarmowy, co prowadzi do częstych problemów żołądkowych, w tym wrzodów i rozstroju jelit. Inne pozornie niezwiązane objawy nietolerancji glutenu obejmują niepłodność u mężczyzn i kobiet, niedobory witamin, anemię, nietolerancję laktozy, bóle głowy, wahania nastroju oraz bóle kości i stawów.