Wśród najczęstszych przyczyn bólu gardła i flegmy są przeziębienia i inne wirusy, chociaż infekcje bakteryjne również mogą powodować te objawy. W innych przypadkach źródłem takich objawów są alergie, a wybory związane ze stylem życia, takie jak palenie papierosów, również mogą do nich prowadzić. Osoba może nawet rozwinąć te objawy po narażeniu na bierne palenie.
Przeziębienie często powoduje ból gardła, zatkany nos i flegmę. Ból gardła jest często jedną z pierwszych oznak przeziębienia, a flegma często rozwija się później w przebiegu choroby. Niektórzy ludzie zakładają, że flegma oznacza infekcję bakteryjną, zwłaszcza jeśli flegma jest przebarwiona, a nie czysta. W rzeczywistości jednak przebarwiona flegma może również rozwinąć się w wyniku wirusa przeziębienia.
Inne wirusy mogą również powodować ból gardła i flegmę. Ból gardła jest na przykład jednym z najczęstszych objawów grypy i często towarzyszy mu suchy kaszel, który nie produkuje dużej ilości flegmy. Jednak później w chorobie osoba może również zacząć zauważać flegmę. Ponadto oba te objawy mogą wystąpić, gdy dana osoba ma chorobę grypopodobną, a nie grypę.
Osoba może również rozwinąć te objawy z powodu alergii, które wpływają na układ oddechowy. Wiele osób zdaje sobie sprawę, że alergie mogą powodować łaskotanie w gardle lub kaszel, ale objawy mogą również naśladować niektóre objawy przeziębienia. W rzeczywistości osoba z alergią może czasami cierpieć na ból gardła, który trwa dłużej niż w przypadku zwykłego przeziębienia. Może również rozwinąć kaszel, który wytwarza flegmę, gdy ma znaczną ekspozycję na alergen.
Czasami ból gardła i flegma nie są związane z chorobą, ale rozwijają się z powodu czegoś, co robi osoba dotknięta chorobą. Doskonałym tego przykładem jest ból gardła i kaszel, które mogą towarzyszyć paleniu papierosów u niektórych osób. Palenie może podrażniać drogi oddechowe palacza, a także prowadzić do rozwoju flegmy. Może to być gorsze, jeśli dana osoba ma również przeziębienie lub alergię. Dodatkowo, niektóre osoby mogą rozwinąć te objawy, gdy są narażeni na bierne palenie.