W porównaniu z innymi rodzajami transportu pociągi są stosunkowo bezpieczne, a ofiary śmiertelne w pociągach nie są powszechne. Zdarzają się jednak, a najczęstszą przyczyną takich wypadków śmiertelnych pociągów są nieodpowiednio zaprojektowane przejazdy kolejowo-autostradowe. Ograniczona widoczność dla maszynisty, ograniczona widoczność dla operatora pociągu, nieodpowiednie systemy ostrzegawcze i błędy ludzkie to typowe przyczyny wypadków w takich miejscach wzdłuż torów kolejowych. Inne przyczyny ofiar śmiertelnych w wyniku wypadków kolejowych obejmują wadliwy sprzęt, błąd operatora, zmęczenie operatora lub nie ustępowanie maszynisty na przejazdach kolejowych.
Skrzyżowania kolejowe/autostradowe są obecne na całym świecie, stanowiąc zagrożenie dla operatorów pociągów i kierowców samochodów, jeśli te skrzyżowania nie są odpowiednio zaprojektowane lub utrzymywane. Na tych skrzyżowaniach często dochodzi do wypadków śmiertelnych pociągów, ponieważ maszyniści mogą nie mieć odpowiedniej widoczności w tych miejscach. Jeśli maszynista nie widzi nadjeżdżającego pociągu, może próbować przejechać przez skrzyżowanie, gdy nadjeżdża pociąg. Na większości skrzyżowań bramki przecinają drogi, aby uniemożliwić kierowcom przejazd, ale wadliwy sprzęt może mieć wpływ na śmiertelne wypadki pociągów na tych skrzyżowaniach. Niektórzy kierowcy mogą popełnić błąd operatora, próbując „pokonać” strażników przejazdowych, szybko przejeżdżając przez tory, zanim bramki opadną. Jest to niebezpieczne i może doprowadzić do kolizji z nadjeżdżającym pociągiem.
Bardzo trudno jest zatrzymać pociąg, który nabrał prędkości, więc operatorzy pociągów muszą zostać przeszkoleni w zakresie bezpiecznej obsługi wszystkich układów hamulcowych w przypadku wystąpienia problemu. Jedną z powszechnych przyczyn śmiertelności pociągów jest błąd operatora, w którym operator pociągu nie zatrzymuje prawidłowo lub nie zwalnia pociągu lub nie ostrzega nadjeżdżających pojazdów, że pociąg ma zamiar przejechać. Na każdym skrzyżowaniu wymagane są określone wzory klaksonu, a niewykonanie tych klaksonu może prowadzić do potencjalnie śmiertelnych wypadków. Niezwalnianie pociągu przed zakrętami lub zakrętami może również prowadzić do wykolejenia, co ma miejsce, gdy jeden lub więcej wagonów lub lokomotyw pociągu opuszcza tory.
Innymi umiejętnościami, jakie operatorzy pociągów mają rozwijać, jest przestrzeganie ograniczeń prędkości i zrozumienie obsługi pociągu. Prędkość pociągu może się różnić w zależności od terenu i możliwości sterowania silnikiem przez operatora, a pociąg poruszający się zbyt szybko po torze może się wykoleić. Odległości zatrzymania również znacznie się zwiększają wraz ze wzrostem prędkości pociągu, co oznacza, że operator będzie miał mniej możliwości spowolnienia lub zatrzymania pociągu w przypadku wystąpienia sytuacji awaryjnej.