Podstawowe skutki uboczne lnu to wzdęcia i rozstrój żołądka. Podczas testowania na zwierzętach siemię lniane może powodować różne inne skutki uboczne, chociaż te skutki nie zostały jeszcze zaobserwowane u ludzi. Spożywając jakikolwiek rodzaj lnu, w tym siemię lniane, olej i mączkę, najlepiej spożywać te substancje z umiarem.
Spożycie dużej ilości niegotowanego siemienia lnianego, dziesięciu łyżek stołowych (148 ml) lub więcej, może spowodować zatrucie. Ponieważ len zawiera glikozydy cynogenne, spożywanie większej ilości lnu niż zalecana może być toksyczne. Niektórzy dietetycy uważają również, że spożywanie dużej ilości lnu, w jakiejkolwiek formie, może prowadzić do zaburzeń równowagi hormonalnej.
Badania na zwierzętach wykazały, że duża ilość lnu może wpływać na hormony. Badania te wywołały pewne zaniepokojenie, chociaż naukowcy nie uważają, że ziarno wpływa na ludzi w taki sam sposób jak na zwierzęta. Jak dotąd nie udowodniono żadnego związku między lnem a wadami wrodzonymi.
Oprócz rozstroju żołądka, prawie wszystkie skutki uboczne lnu występują, gdy jest spożywany w dużych ilościach. Regularne spożywanie lnu może powodować biegunkę i luźne stolce. Podczas gdy większość dietetyków zachwala zalety lnu, mądrym pomysłem jest rozmowa z lekarzem przed rozpoczęciem jakiejkolwiek diety zawierającej jakikolwiek len.
Ważne jest również spożywanie świeżego lnu. Mączka lniana może zjełczeć, jeśli jest pozostawiona na półce sklepowej przez dłuższy czas. Dlatego wiele osób kupuje całe nasiona lnu, a następnie mieli je w celu uzyskania mączki lnianej. Jeśli zjełczały posiłek został skonsumowany, skutki uboczne mogą obejmować wymioty i nudności. Ponieważ wpływ lnu na kobiety w ciąży jest w dużej mierze nieznany, wielu ekspertów w dziedzinie zdrowia zaleca kobietom w ciąży unikanie lnu lub spożywanie go z ostrożnością.
Większość ekspertów ds. zdrowia zgadza się, że len ma wiele korzyści odżywczych, w tym dużą ilość błonnika pokarmowego, których nie należy ignorować. Wszelkie skutki uboczne lnu odczuwane przez przeciętną osobę są zwykle minimalne. Podczas spożywania lnu po raz pierwszy osoba może odczuwać lekkie wzdęcia i gazy, chociaż jest to normalna reakcja na len.
Len można dodawać do wielu różnych produktów spożywczych lub spożywać w całości. Ponadto nasiona lnu są często podawane zwierzętom jako pasza. W przypadku wystąpienia jakichkolwiek nietypowych skutków ubocznych lnu, najlepiej odstawić produkt i niezwłocznie skonsultować się z lekarzem.