Istnieje wiele naturalnych pestycydów dostępnych dla ogrodników do zwalczania owadów, ale stosunkowo niewiele naturalnych herbicydów do zwalczania chwastów lub innych roślin inwazyjnych. To, co istnieje, może wyrządzić więcej szkody niż pożytku, jeśli zastosuje się je w złych warunkach. Istnieją jednak rośliny, które działają jak naturalne herbicydy, takie jak orzech czarny, słonecznik, bylica i rdestowiec plamisty. Rośliny te wydzielają substancje chemiczne, które mogą zabić inne rosnące w pobliżu gatunki roślin. Proces działania niektórych roślin w ten sposób nazywany jest allelopatią.
Naukowcy są bardzo zainteresowani allelopatycznymi właściwościami roślin, ponieważ chemikalia odpowiedzialne za naturalne herbicydy często można wyizolować i udoskonalić do użytku komercyjnego. Na przykład naukowcom udało się wyekstrahować substancję chwastobójczą zwaną katechiną z korzeni rdestowca plamistego, inwazyjnego chwastu występującego w zachodnich Stanach Zjednoczonych. Ta substancja chemiczna może być syntetyzowana na większą skalę i stosowana w wielu innych roślinach inwazyjnych. Wiele takich herbicydów jest selektywnych, co oznacza, że ich środki chemiczne zabijają tylko określone rośliny, a nie wszystko, z czym się stykają.
Innym popularnym gatunkiem naturalnego herbicydu jest orzech czarny. Oleje ekstrahowane z liści drzew są często używane w herbicydach produkowanych komercyjnie. Ekstrakty substancji chemicznych znajdujących się w słonecznikach mogą być również wykorzystywane przez ogrodników pracujących ekologicznie.
Inne naturalne herbicydy są używane przede wszystkim do kontrolowania wzrostu chwastów na murawie komercyjnej, takiej jak pola golfowe i trawniki. Te herbicydy są uważane za przedwschodowe, co oznacza, że niszczą inne rośliny na etapie kiełkowania, zanim roślina zakorzeni się. Jednym z nich jest mączka z glutenu kukurydzianego, która została pierwotnie opracowana jako podłoże do uprawy grzybów. Naukowcy odkryli, że hamuje on również kiełkowanie innych roślin, zwłaszcza chwastów i traw, dlatego zwykle stosuje się go na trawniki w fazie kiełkowania, na tygodnie przed pojawieniem się pierwszego źdźbła trawy lub łodygi chwastów.
Trwają badania mające na celu odkrycie większej liczby naturalnych herbicydów. Niektórzy eksperci w dziedzinie rolnictwa zaobserwowali zjawiska allelopatyczne w powszechnych roślinach uprawnych, takich jak żyto ozime i słoma pszeniczna. Wiadomo, że na przykład rośliny żyta wpływają na wzrost niektórych warzyw. Niektórzy badacze uważają, że roślina okrywowa żyta lub przynajmniej pokrywająca ściółka zawierająca żyto może zabijać chwasty między uprawami soi. Herbicydy na bazie zbóż można modyfikować, aby zabijać rośliny inwazyjne, jednocześnie oszczędzając ważne rośliny uprawne.
Naturalne herbicydy mogą wydawać się bardziej atrakcyjne niż ich chemiczne odpowiedniki, ale nadal są to trujące substancje, które mogą wpływać na ludzi i zwierzęta gospodarskie. Ich stosowanie może wymagać takich samych środków ostrożności, jak stosowanie komercyjnych herbicydów, więc ludzie, którzy ich używają, nigdy nie powinni mylić terminu „organiczny” z „nietoksycznym”.