Zagrożenia związane z soją dla mężczyzn wynikają z wysokiego poziomu żeńskiego hormonu estrogenu, który zawiera soja i produkty na bazie soi. Przede wszystkim soja wpływa na jakość i koncentrację nasienia mężczyzny, zwłaszcza jeśli jest przyjmowana w dużych ilościach lub jeśli osoba była narażona na wysoki poziom w macicy. Niedawne badanie na Uniwersytecie Harvarda wykazało, że istnieje wyraźna korelacja między mężczyznami z niską liczbą plemników a wysokim spożyciem produktów sojowych. Badanie ujawniło, że średnie stężenie plemników od 80 do 120 milionów na milimetr dorosłego mężczyzny było o ponad połowę mniejsze, gdy soja stanowiła część diety. Sprawa jest bardziej przekonująca w badaniu otyłych mężczyzn, u których poziom plemników jest jeszcze niższy ze względu na właściwości tkanki tłuszczowej wytwarzające estrogeny.
Naukowcy uważają, że izoflawony (daidzeina, genisteina i glicyteina) znajdujące się w soi są odpowiedzialne za niską koncentrację plemników. Te izoflawony działają jak estrogen i dlatego hamują produkcję plemników. Co więcej, profesor Lynn Fraser z King’s College London również wydała ostrzeżenia dotyczące genisteiny izolflawonu, która, jak się uważa, może przyczynić się do niepowodzenia zapłodnienia komórki jajowej przez plemniki. Jednak odkrycia te zostały oparte na eksperymentach z probówkami, a organizacje przemysłu sojowego sprzeciwiły się temu, że genisteina występująca w produktach na bazie soi reaguje inaczej na czystą formę izoflawonów, których użyto do przeprowadzenia badań.
Soja występuje najobficiej w produktach spożywczych, takich jak ziarna soi, tofu, tempeh, tofu lub kiełbaski sojowe, bekon, hamburgery, mleko sojowe, ser, jogurt, lody i orzechy. Jednak soja i jej pochodne znajdują się w około 70% wszystkich produktów spożywczych, dlatego ograniczenie spożycia może być trudne. Na przykład pork pie, płatki śniadaniowe, majonez i margaryny, kiełbaski, lasagne, burgery wołowe i nuggetsy z kurczaka to tylko niektóre z produktów, które wykorzystują soję jako źródło taniego białka. Lecytyna pochodna soi jest również wszechobecna w przemyśle piekarniczym i cukierniczym ze względu na jej skuteczność jako emulgatora.
Należy zauważyć, że soja jest w dużej mierze podstawą diety azjatyckiej i nie wykryto żadnych znaczących skutków ubocznych w tych krajach. Należy jednak pamiętać, że azjatycka dieta sojowa opiera się w dużej mierze na fermentowanych produktach sojowych, takich jak zupa miso i tofu; uważa się, że proces fermentacji niszczy chemikalia uważane za szkodliwe w powyższych eksperymentach.