Istnieje wiele rodzajów gospodarstw akwakultury, które hodują różne rodzaje ryb, skorupiaków i mięczaków. Istnieją również gospodarstwa akwakultury, które hodują rośliny wodne, takie jak wodorosty. W wielu przypadkach te rośliny i zwierzęta są przeznaczone do spożycia przez ludzi, ale jest kilka wyjątków. Na przykład niektóre gospodarstwa akwakultury hodują ryby przeznaczone do użytku w akwariach. Te rodzaje ryb są często określane jako ryby ozdobne.
Niektóre z najczęstszych gospodarstw akwakultury to hodowle ryb, ostrygi i krewetki. Gospodarstwa tego typu mogą stosować szereg metod w celu podniesienia stada. W niektórych przypadkach większość operacji odbywa się w zbiornikach i obiektach znajdujących się na lądzie. Inni korzystają z obiektów, które znajdują się wzdłuż linii brzegowej. W takich przypadkach stado jest hodowane w naturalnym środowisku morskim, które jest zamknięte lub w jakiś sposób regulowane przez rybołówstwo.
Farmy, które wykorzystują naturalne środowisko morskie do zwiększania swoich zasobów, zamiast polegać wyłącznie na operacjach lądowych, praktykują to, co określa się mianem marikultury. Praktyka ta wchodzi w zakres akwakultury. Produkty zbierane w tego typu gospodarstwach są często produkowane do tych samych celów i sprzedawane na te same rynki, co produkty gospodarstw lądowych.
Kiedy farmy uprawiają rośliny wodne, biorą udział w procesie określanym jako algkultura, który podobnie jak marikultura podlega akwakulturze. Produkty uprawiane w gospodarstwach alg mają różne zastosowania. Glony hodowane w tego typu gospodarstwach mają zastosowanie zarówno komercyjne, jak i przemysłowe. Może być stosowany do różnych produktów, od żywności po biotworzywa.
Farmy akwaponiczne to gospodarstwa akwakultury, które integrują uprawę roślin i ryb lub skorupiaków. Tego rodzaju farmy wykorzystują system cykliczny, w którym rośliny i zwierzęta wodne opierają się na symbiotycznej relacji. Na przykład odpady produkowane przez pewien rodzaj ryb mogą być odfiltrowywane z wody przez pewien rodzaj roślin. Oprócz filtrowania wody i detoksykacji dla ryb, rośliny wykorzystują również substancje odżywcze z odpadów. Tego rodzaju gospodarstwa akwakultury często bardzo efektywnie wykorzystują wodę.