Istnieją zasadniczo trzy rodzaje oprogramowania e-commerce: gotowy program, program napisany na zamówienie i program dostarczany przez firmę hostingową e-commerce. Te opcje można dalej podzielić na bardziej szczegółowe typy oprogramowania e-commerce. Korzystanie z relacyjnej bazy danych, dostęp do aplikacji księgowych z poziomu oprogramowania oraz obecność lub brak koszyka zakupów to cechy, które określają różne typy oprogramowania e-commerce.
Termin „e-commerce” odnosi się do handlu elektronicznego, czyli możliwości sprzedawania i kupowania towarów i usług przy użyciu technologii Internetu. Rodzaj i wielkość firmy pomaga określić, jakiego rodzaju oprogramowania e-commerce będzie ona potrzebować. Na przykład komercyjna witryna sprzedająca tylko kilka produktów może nie potrzebować oprogramowania zawierającego koszyk, jeśli klienci rzadko kupują więcej niż jeden przedmiot lub usługę na raz. Z drugiej strony duże firmy, które oferują wiele różnych produktów, mogą uznać za absolutnie niezbędne posiadanie oprogramowania, w którym znajduje się koszyk. Klienci często chcą kupować wiele produktów lub usług w ramach jednej transakcji.
Obecność relacyjnej bazy danych jest również bardzo ważna przy sprzedaży wielu towarów i usług. Jest to szczególnie ważne, gdy przedmioty są dostępne w różnych rozmiarach, kolorach i ilościach. Relacyjne bazy danych w oprogramowaniu do handlu elektronicznego można traktować jako system inwentaryzacji, który można aktualizować na bieżąco, uniemożliwiając klientom zamawianie produktów, których nie ma w magazynie lub których już nie ma. Małe firmy mogą być zainteresowane oprogramowaniem do handlu elektronicznego ze zintegrowanym programem księgowym.
Wszystkie te typy oprogramowania e-commerce muszą być dokładnie przestudiowane, aby rozważyć zalety i wady. Gotowe oprogramowanie jest zazwyczaj preferowane przez osoby fizyczne lub bardzo małe firmy, które nie mają wiedzy na temat tworzenia stron internetowych. Zalety obejmują swobodę kodowania oprogramowania w celu spełnienia określonych potrzeb i wymagań firmy. Wymagana jest jednak wiedza programistyczna i solidne zrozumienie języka znaczników hipertekstowych (HTML), chyba że można kupić usługi programisty internetowego. Tego typu oprogramowanie można uzyskać bezpłatnie lub za opłatą.
Oprogramowanie, które nie jest kodowane od zera, musi być konfigurowane lub „poprawiane” przez każdą osobę lub firmę, która planuje z niego korzystać. W zależności od rozmiaru i funkcji oprogramowania może to wystarczyć, ale może być „nieporęczne” dla małej firmy. Hostowane programy handlu elektronicznego mogą wymagać uiszczenia regularnej opłaty, a korzystanie z aplikacji może być ograniczone.