Ćwiczenia w aquaterapii to ćwiczenia aerobowe, mięśniowe i siłowe wykonywane w wodzie. Tego typu ćwiczenia obejmują poruszanie rękami i nogami w wodzie różnymi ruchami i można je wykonywać stojąc w płytkiej lub głębokiej wodzie. Korzyści płynące z ćwiczeń w wodzie są podobne do ćwiczeń na lądzie, ale ich wpływ na kości i stawy jest znacznie mniejszy, dzięki czemu jest to wspaniały program ćwiczeń dla osób z osteoporozą, zerwaniem mięśni lub więzadeł, zapaleniem stawów i osób starszych.
Ćwiczenia te można wykonywać bez sprzętu, ale większość zorganizowanych zajęć wykorzystuje przynajmniej jakiś sprzęt, zazwyczaj dostarczany przez instruktora. Aqua jogger to pas, który utrzymuje osobę w pozycji pionowej na głębokiej wodzie i pozwala na swobodne poruszanie się ramion i nóg. Piankowy makaron i piankowe sztangi można trzymać w dłoniach, aby utrzymać osobę na powierzchni podczas ćwiczeń nóg lub poruszać się po wodzie, aby zwiększyć opór. Obciążniki Aqua na nadgarstek i kostki służą do zwiększania odporności i budowania mięśni. Dna basenów mogą być śliskie lub szorstkie, więc większość uczestników kupuje parę butów do wody lub trampki na gumowej podeszwie.
Większość zajęć z terapii wodnej rozpoczyna się i kończy rozciąganiem mięśni przeprowadzanym w płytkiej wodzie przy brzegu basenu w celu wsparcia równowagi. Zajęcia odbywają się zazwyczaj na płytkiej wodzie do ćwiczeń aerobowych lub tanecznych, podczas których można dodawać obciążenia nadgarstków i kostek, aby zwiększyć trudność sprawności i lepiej dopasować trening do możliwości uczestników. Niektóre z typowych ruchów to chodzenie do przodu i do tyłu, bieganie, kucanie i stanie, podskoki i podskoki. Instruktor często demonstruje koordynację ruchów ramion w celu zwiększenia trudności i zwiększenia sprawności fizycznej, ale jest to opcjonalne w zależności od poziomu sprawności uczestnika. Aby utrzymać tętno uczestników na docelowym poziomie, bardziej forsowne ćwiczenia aerobowe mogą być połączone z ćwiczeniami stacjonarnej terapii wodnej, takimi jak unoszenie nóg do przodu lub na boki lub unoszenie kolan.
Bardziej zaawansowane zajęcia z terapii wodnej przeniosą się następnie na głęboką wodę i będą wykorzystywały urządzenia wypornościowe, takie jak aqua jogger, makaron lub sztanga piankowa. Kiedy używany jest aqua jogger, typowe ćwiczenia to bieganie przez głęboką wodę, poruszanie rękami i nogami w przeciwnych kierunkach w ruchu naśladowanym na nartach biegowych oraz naprzemienne machanie lub machanie rękami i nogami. Kiedy używa się makaronu lub sztangi piankowej, koncentracja ćwiczeń terapii wodnej staje się nogami i obejmuje ruchy na rowerze lub bieganie oraz podnoszenie i opuszczanie nóg do przodu lub na boki. Makaron i sztanga z pianki są czasami przesuwane po powierzchni wody, aby w tym samym czasie ćwiczyć ramiona. Ćwiczenia na głębokiej wodzie mogą wiązać się z użyciem ciężarków w kostkach w celu zwiększenia oporu, ale tylko wtedy, gdy uczestnik jest bardzo sprawny fizycznie i jest silnym pływakiem.