Usuwanie odpadów medycznych wymaga szczególnej ostrożności ze względu na bardzo niebezpieczny charakter odpadów medycznych i biomedycznych. Te rodzaje odpadów mogą obejmować niebezpieczne ciecze, ciała stałe, chemikalia i ostre przedmioty. Odpady medyczne mogą potencjalnie stanowić poważne zagrożenie dla zdrowia i środowiska, jeśli zostaną usunięte w niewłaściwy sposób. Istnieje kilka prawidłowych i stosunkowo bezpiecznych metod usuwania i niszczenia materiałów niebezpiecznych biologicznie, w tym rozdzielanie na dopasowane kolorystycznie, oznakowane i uszczelnione pojemniki; sterylizacja parowa; spopielanie; i rozdrabnianie.
Odpady medyczne pochodzą głównie z miejsc, w których leczy się i diagnozuje choroby lub gdzie zajmuje się martwymi ludźmi i zwierzętami. Typowe miejsca, w których regularnie wymagane jest usuwanie odpadów medycznych, to szpitale, placówki opieki hospicyjnej, kostnice, laboratoria i gabinety weterynaryjne. Placówka często polega na zewnętrznych wykonawcach w zakresie usuwania i gospodarowania odpadami medycznymi, zamiast starać się o nie samodzielnie.
Większość metod usuwania odpadów medycznych musi zaczynać się w zakładach, w których są wytwarzane. Zwykle stosuje się rygorystyczne procedury wstępnego zabezpieczenia różnych rodzajów materiałów niebezpiecznych, głównie polegające na ich oddzieleniu od innych rodzajów odpadów. Na przykład igły i inne ostre przedmioty należy zbierać do specjalnie oznakowanych i kolorowych pojemników; to samo dotyczy innych zagrożeń biologicznych, takich jak zwłoki, chemikalia, toksyny i skażenia wirusowe. Pomaga to nie tylko w pozbyciu się przedmiotów, ale także zapobiega skażeniu krzyżowemu różnymi formami zagrożeń biologicznych.
Inną formą usuwania odpadów medycznych jest czyszczenie i sterylizacja sprzętu medycznego wielokrotnego użytku. Są to popularne metody, które pozwalają na bezpieczne dalsze korzystanie z drogiego sprzętu. Metody czyszczenia obejmują sterylizację mikrofalami, parą i czyszczenie chemiczne. Na przykład ludzka krew, po sterylizacji parą, może być wlewana do zwykłego kanału ściekowego.
Po zebraniu często konieczne jest niszczenie odpadów medycznych, aby nie mogły wrócić do środowiska. Spalanie to popularna metoda niszczenia odpadów medycznych, gdzie poddawana jest działaniu ekstremalnie wysokich temperatur i detoksykowana. Dotyczy to jednak tylko niektórych rodzajów odpadów medycznych; spalanie niektórych rodzajów może wprowadzić do powietrza inne niebezpieczne materiały, takie jak rtęć lub dioksyny. Podobnie ostre przedmioty można stopić lub rozdrobnić, aby zmniejszyć ryzyko bardziej niebezpiecznych sytuacji i wypadków środowiskowych.
W wielu krajach usuwanie niebezpiecznych odpadów jest regulowane przez rząd dla ogólnego bezpieczeństwa i dobra obywateli. Na przykład w Stanach Zjednoczonych Agencja Ochrony Środowiska (EPA) ustanawia przepisy i wytyczne dotyczące bezpiecznego usuwania, transportu i niszczenia niebezpiecznych odpadów. W Wielkiej Brytanii Agencja Środowiska zapewnia takie wytyczne.