Istnieje tak wiele różnych przyczyn zatruć pokarmowych, że medycyna nie zidentyfikowała ich wszystkich. Jednak większość przypadków chorób przenoszonych przez żywność jest powodowanych przez bakterie lub wirusy. Bakterie rozwijają się w nieożywionych substancjach, podczas gdy wirusy potrzebują żywego żywiciela, aby istnieć. Przyczyny wirusowych i bakteryjnych zatruć pokarmowych mają wiele różnych metod skażenia.
Bakterie mogą pozostawać na powierzchni owoców i warzyw. Jeśli produkt nie zostanie odpowiednio umyty lub przetworzony, bakterie mogą zostać połknięte i spowodować zatrucie pokarmowe. Owoce i warzywa w puszkach mogą być jedną z najpoważniejszych przyczyn zatrucia pokarmowego, jeśli produkt jest niewłaściwie przetworzony. Clostridium botulinum to bakteria wytwarzająca toksynę, która może powodować ciężką chorobę i śmierć. Wybrzuszone puszki lub wieczka to oznaki, że produkt został niewłaściwie zapakowany; spożywanie tych pokarmów może spowodować śmierć z powodu zatrucia jadem kiełbasianym.
Większość przyczyn zatruć pokarmowych nie powoduje tak poważnych skutków. Częściej występują objawy grypopodobne i problemy jelitowe, które ustępują w ciągu jednego lub dwóch dni. Objawy zatrucia pokarmowego można czasem pomylić z grypą. Częstymi objawami są skurcze żołądka, nudności i wymioty.
Wirusowe przypadki zatruć pokarmowych są często spowodowane zanieczyszczeniem kałem. Jeśli kucharze i osoby przygotowujące potrawy nie umyją odpowiednio rąk po skorzystaniu z łazienki, może dojść do skażenia i zatrucia pokarmowego. Ten rodzaj zatrucia pokarmowego może mieć wpływ na całe instytucje, takie jak żłobki i szkoły. Kał w skorupiakach to kolejna przyczyna wirusowego zatrucia pokarmowego.
Żywność, która nie jest w pełni ugotowana, może również powodować choroby przenoszone przez żywność. Wszystkie potrawy powinny być gotowane do odpowiedniej temperatury, aby uniknąć zatrucia pokarmowego. Pozostawienie ugotowanej żywności bez lodówki na dłużej niż dwie godziny to kolejna przyczyna zatrucia pokarmowego, której można łatwo uniknąć. Podstawową zasadą bezpieczeństwa żywności jest to, że gorąca żywność powinna pozostać gorąca, a zimna powinna pozostać zimna.
Właściwe przygotowanie surowego mięsa do gotowania jest szczególnie ważne dla uniknięcia zatrucia pokarmowego. Surowe mięso może zawierać bakterie powodujące zatrucie pokarmowe. Jeśli niegotowane mięso zostanie pokrojone na desce do krojenia przed przygotowaniem innych produktów spożywczych, takich jak warzywa, bakterie mogą łatwo zanieczyścić warzywa. Do różnych artykułów spożywczych należy używać oddzielnych desek do krojenia i noży, aby uniknąć skażenia bakteryjnego.
Właściwa temperatura gotowania może zabić bakterie i wirusy, które w przeciwnym razie mogłyby spowodować zatrucie pokarmowe. Na przykład wieprzowina może zawierać wirusową glisty Trichinella spiralis, która powoduje chorobę włośnicy przenoszonej przez żywność. Jeśli wieprzowina jest odpowiednio ugotowana, szanse na zarażenie włośnicą są bardzo rzadkie.