Szczepienia wiążą się z pewnymi dobrze znanymi zagrożeniami. Jednak często wiążą się z zagrożeniami, których nie udowodniono, takimi jak możliwy związek między autyzmem a szczepieniami. Wiele osób decyduje się nie szczepić swoich dzieci, ponieważ uważają, że stwarzają one większe ryzyko dla swoich dzieci niż zarażenie się chorobami. Nie potwierdzają tego dane statystyczne, ani nie jest to stanowisko najbardziej uznanych organizacji medycznych na świecie, takich jak American Medical Association (AMA) czy Światowa Organizacja Zdrowia (WHO).
Możliwe do zidentyfikowania zagrożenia związane ze szczepieniami to powikłania po szczepieniu, reakcja alergiczna na szczepienie lub narażenie na thimerosal, który zawiera rtęć. Zagrożenia niezwiązane ze szczepieniami obejmują zwiększone wskaźniki autyzmu lub zmniejszoną wydajność układu odpornościowego.
Najczęstsze reakcje związane ze szczepieniami to gorączka, bolesność na widok zastrzyku i sporadycznie wysypka. Najczęściej gorączka jest jednym z zagrożeń związanych ze szczepionką przeciwko odrze/śwince/różyczce (MMR) oraz szczepieniu przeciwko błonicy/tężcowi/krztuścowi (DTP).
Uważano, że żywa szczepionka przeciwko polio może wywołać polio u niektórych dzieci, a osoby opiekujące się małymi dziećmi z obniżoną odpornością były narażone na niewielkie ryzyko zarażenia się tą chorobą z kału lub płynów ustrojowych dzieci. Teraz dzieciom zwykle podaje się martwą szczepionkę przeciwko polio przed podaniem kropli żywej szczepionki przeciwko polio, aby zminimalizować ryzyko zarażenia się chorobą.
Szczepienie przeciwko ospie wietrznej było również związane ze sporadycznym przypadkiem ospy wietrznej lub z brakiem zapewnienia całkowitej odporności na ospę wietrzną. Można jednak stwierdzić, że ryzyko zachorowania na ospę wietrzną po szczepionce jest niewielkie. Jeśli dziecko zachoruje na ospę wietrzną po szczepionce, jest to zwykle dość łagodna wersja. Co więcej, dzieci bez pełnej odporności często mają bardzo łagodną wersję ospy wietrznej, jeśli zachorują na nią w późniejszym czasie.
Największym ryzykiem związanym ze szczepieniem przeciwko zapaleniu opon mózgowych, obecnie zalecanym dla dzieci w wieku 11 lub 12 lat, jest ból po szczepieniu oraz ból w miejscu szczepienia przez kilka dni do tygodni później. To znacznie przewyższa ryzyko związane z zarażeniem się zapaleniem opon mózgowych, które może szybko spowodować śmierć.
Niektóre szczepienia mogą powodować komplikacje. Na przykład szczepionka przeciw grypie może, choć rzadko, powodować paraliż twarzy, zwany porażeniem Bella. Inni obawiają się podania szczepionki przeciw grypie dzieciom, ponieważ wiele wersji zawiera timerosal. W rzeczywistości obawy związane z tym środkiem zawierającym rtęć, który jest używany do ochrony integralności szczepionki, doprowadziły do tego, że większość szczepionek dla dzieci wytwarzana jest bez timerosalu.
Obecnie istnieją firmy produkujące również szczepionki przeciw grypie bez timerosalu dla tych rodziców, którzy uważają, że ryzyko związane z narażeniem na tiomersal przewyższa korzyści wynikające z ochrony przed grypą. Jak dotąd nie ustalono ani nie udowodniono związku między tiomersalem a autyzmem. W rzeczywistości w wielu przypadkach badania statystyczne pokazują, że autyzm rozwija się, gdy nie podano szczepionki z tiomersalem.
Najniebezpieczniejszym ryzykiem związanym ze szczepieniami są rzadkie reakcje alergiczne lub napady padaczkowe wywołane szczepionką. Jeśli w przeszłości u Twojego dziecka wystąpiła reakcja niepożądana po pewnym szczepieniu, ważne jest, aby poinformować o tym lekarza przed otrzymaniem innych szczepień. Ponownie jednak korzyści przewyższają ryzyko. Znacznie więcej dzieci cierpi na niepożądane reakcje z powodu zarażenia się chorobą, ponieważ nie są zaszczepione, niż z powodu reakcji alergicznej na zastrzyk.