Elektroniczna dokumentacja medyczna ma zarówno zalety, jak i wady, chociaż wielu twierdzi, że pozytywne aspekty przeważają nad negatywami. Mimo że inwestycja w tego typu system jest początkowo kosztowna, większość twierdzi, że z biegiem czasu koszt ten przyniesie większe oszczędności zarówno pracownikom medycznym, jak i towarzystwom ubezpieczeń zdrowotnych. Konwersja dokumentów papierowych na elektroniczne zajmuje również dużo czasu, ale te dokumenty są znacznie łatwiejsze do śledzenia i wyszukiwania po zakończeniu. Każdy, kto korzysta z tych rekordów, musi jednak korzystać z kompatybilnych systemów, w przeciwnym razie żadna z informacji nie może zostać udostępniona.
Prowadzenie dokumentacji medycznej w formie elektronicznej pozwala zaoszczędzić sporo miejsca. Zamiast przechowywać ogromne papierowe akta pacjentów, wszystkie zapisy są cyfrowe i przechowywane na dyskach twardych i/lub w zewnętrznych centrach danych. Stanowi to niewielki procent miejsca wymaganego do przechowywania fizycznych rekordów. Ponadto, chociaż nie pozwalają one na całkowite wyeliminowanie dokumentów papierowych, elektroniczne zapisy zmniejszają ilość papieru potrzebnego gabinetom lekarskim, szpitalom i towarzystwom ubezpieczeniowym.
Kolejną zaletą elektronicznej dokumentacji medycznej jest możliwość koordynowania opieki nad pacjentem przez wszystkich członków zespołu opieki zdrowotnej. Pomaga to uniknąć niepotrzebnych powtórnych badań, zapobiega przepisaniu leków, które mogą źle oddziaływać, i pozwala każdemu członkowi zespołu medycznego zrozumieć podejście przyjęte w celu leczenia schorzenia. Osoba ze złożonymi problemami zdrowotnymi może spotkać się z kilkoma specjalistami i łatwo może się pomylić przez nakładające się lub sprzeczne porady. Gdy specjaliści i lekarze pierwszego kontaktu korzystają z tego samego systemu, wszyscy członkowie zespołu powinni być świadomi działań i zaleceń pozostałych członków zespołu.
Zapisy elektroniczne również mogą zaoszczędzić czas. Chociaż dane z przeszłości można było przesyłać faksem lub pocztą e-mail, w wielu przypadkach zazwyczaj występował czas oczekiwania. Gdy pracownik medyczny ma natychmiastowy dostęp do wszystkich informacji o pacjencie, w tym do zdjęć rentgenowskich, badań laboratoryjnych oraz informacji o receptach lub alergiach, jest upoważniony do natychmiastowego działania. Może to być szczególnie pomocne w sytuacjach nagłych, gdy pacjent nie może odpowiedzieć na pytania dotyczące swojej historii medycznej z powodu skrajnej choroby lub urazu.
Wielu pracowników służby zdrowia ma pismo ręczne, które może być trudne do odczytania i chociaż jest to uogólnienie, niejasne pismo może prowadzić do błędów. Wpisane informacje są mniej podatne na zamieszanie. Elektroniczna dokumentacja medyczna nie wyklucza jednak okazjonalnych literówek, które również mogą mieć poważne konsekwencje. Oczywiście ktoś musi również wprowadzić do systemu wszystkie stare informacje o pacjencie, co może zająć dużo czasu i dodać więcej błędów do zapisów. Lekarz może również potrzebować dodatkowego czasu ze swojego napiętego harmonogramu, aby przejrzeć te dane.
W rzeczywistości jedną z obaw związanych z korzystaniem z elektronicznej dokumentacji medycznej jest to, że lekarze mogą mieć znaczną krzywą uczenia się, gdy te programy są stosowane po raz pierwszy. Biedna maszynistka może zająć dużo czasu, zanim wprowadzi nowe informacje. Lekarze często muszą być swoimi własnymi pracownikami medycznymi, zwłaszcza podczas wizyty w gabinecie, a osoba, której uwagę rozprasza niejasna technologia, może nie być tak wyczulona na objawy lub potrzeby pacjenta.
W większości miejsc nie ma jednego źródła ani systemu elektronicznej dokumentacji medycznej, więc różne szpitale i poszczególni klinicyści nie korzystają z tego samego programu. To wymazuje korzyści płynące z natychmiastowej informacji dla wszystkich członków zespołu medycznego, ponieważ jeden program może nie zazębiać się z innym.
Niektórzy pacjenci wyrażają obawy, że zapisy cyfrowe mogą zostać zhakowane i wykorzystane przez innych. Ponieważ jedną z pierwszych kwestii związanych z leczeniem jest poufność, może to dotyczyć tylko tego, ile osób może mieć dostęp do całej dokumentacji medycznej danej osoby. Niewłaściwe wykorzystanie prywatnych informacji medycznych może stwarzać problemy osobom cierpiącym na schorzenia, które chcą zachować w tajemnicy.
Pomimo tych obaw, wielu lekarzy i szpitali próbuje obecnie przekonwertować swoje dane na formę elektroniczną. Nie jest jednak jasne, ile czasu zajmie aktualizacja starych plików z długą historią medyczną. Nie jest również jasne, kiedy i czy będzie możliwa komunikacja między różnymi systemami.