Η επίλυση διαφορών του Παγκόσμιου Οργανισμού Εμπορίου (ΠΟΕ) διεκπεραιώνεται από το όργανο επίλυσης διαφορών (DSB), το οποίο αποτελείται από όλα τα μέλη του ΠΟΕ. Το DSB έχει την εξουσία να συγκροτεί ομάδες εμπειρογνωμόνων για να εξετάσουν την υπόθεση. Το DSB μπορεί να απορρίψει τα πορίσματα των επιτροπών και επίσης επιβλέπει την εφαρμογή των αποφάσεων και των διαταγών του σχετικά με τη διαφορά και μπορεί να εγκρίνει κυρώσεις για μη συμμόρφωση με αυτές.
Δίνεται μεγάλη έμφαση στη διαπραγμάτευση μεταξύ των μερών στη διαδικασία επίλυσης διαφορών του Παγκόσμιου Οργανισμού Εμπορίου. Πριν αναληφθούν άλλες ενέργειες του ΠΟΕ, τα μέρη πρέπει πρώτα να ξεκινήσουν διαβουλεύσεις και να προσπαθήσουν να διευθετήσουν τη διαφωνία τα ίδια. Εάν αυτό αποτύχει, τα μέρη μπορούν να ζητήσουν από τον γενικό διευθυντή του ΠΟΕ να μεσολαβήσει στη διαφορά ή να βοηθήσει με άλλους τρόπους.
Εάν η διαβούλευση δεν καταλήξει σε επίλυση της διαφοράς, η καταγγέλλουσα χώρα μπορεί να ζητήσει από το DSB να ορίσει επιτροπή. Οι ομάδες αποτελούνται από τρεις έως πέντε εμπειρογνώμονες από διαφορετικές χώρες που επιλέγονται από έναν μόνιμο κατάλογο με τη συμβολή των μερών που διαφωνούν. Οι ειδικοί εξετάζουν τα αποδεικτικά στοιχεία και καθορίζουν ποιο μέρος έχει δίκιο. Μια έκθεση πάνελ δίνεται στο DSB, το οποίο μπορεί να απορρίψει την αναφορά μόνο με συναίνεση των μελών.
Στο πλαίσιο της διαδικασίας επίλυσης διαφορών του Παγκόσμιου Οργανισμού Εμπορίου, οι χώρες που καταγγέλλουν και απαντούν υποστηρίζουν την άποψή τους στην πρώτη ακρόαση της επιτροπής. Σε μια δεύτερη ακρόαση της ομάδας, οι αμφισβητούμενες χώρες μπορούν να παρουσιάσουν γραπτές αντικρούσεις και να διατυπώσουν προφορικά επιχειρήματα. Η επιτροπή μπορεί να συμβουλευτεί τους δικούς της εμπειρογνώμονες ή να ζητήσει από μια ομάδα αναθεώρησης εμπειρογνωμόνων να προετοιμάσει μια συμβουλευτική έκθεση σχετικά με τεχνικά στοιχεία.
Η ομάδα συντάσσει μια περιγραφική έκθεση των γεγονότων και των επιχειρημάτων που παρουσιάζονται στην υπόθεση και δίνει ένα αντίγραφο στα μέρη για σχολιασμό. Το προσχέδιο της ομάδας είναι μια περίληψη αποδεικτικών στοιχείων και επιχειρημάτων και δεν περιλαμβάνει πορίσματα ή συμπεράσματα. Αφού τα μέρη έχουν χρόνο να σχολιάσουν το σχέδιο, η ομάδα εκδίδει μια ενδιάμεση έκθεση που περιέχει τα πορίσματά της για γεγονότα και συμπεράσματα σχετικά με το εάν παραβιάστηκε μια εμπορική συμφωνία του ΠΟΕ.
Μετά από περίοδο επανεξέτασης δύο εβδομάδων, κατά την οποία η επιτροπή μπορεί να πραγματοποιήσει πρόσθετες συναντήσεις με τα μέρη, εκδίδει μια τελική έκθεση. Η τελική έκθεση διανέμεται στα μέλη του ΠΟΕ για σχολιασμό. Η τελική έκθεση του πάνελ γίνεται απόφαση του DSB μετά από 60 ημέρες, εκτός εάν η συναίνεση του DSB την απορρίψει. Το ένα ή και τα δύο μέρη μπορούν να ασκήσουν έφεση κατά της απόφασης μιας επιτροπής.
Οι προσφυγές εκδικάζονται από τρία μέλη του μόνιμου Εφετείου, το οποίο αποτελείται από επτά μέλη που υπηρετούν τετραετή θητεία. Η διαδικασία επίλυσης διαφορών του Παγκόσμιου Οργανισμού Εμπορίου απαιτεί οι προσφυγές να βασίζονται αποκλειστικά σε νομικά ζητήματα. Στην έφεση, τα μέρη δεν μπορούν να ζητήσουν από το δευτεροβάθμιο όργανο να επανεξετάσει αποδεικτικά στοιχεία ή να εξετάσει νέα ζητήματα.