Ένας πονοκέφαλος κόλπων και μια ημικρανία συνήθως συγχέονται. Ο ξαφνικός, παλλόμενος πόνος και η άμεση αδιαθεσία τόσο της κεφαλαλγίας των κόλπων όσο και της ημικρανίας μπορεί να είναι δύσκολο να διαγνωστεί στην αρχή. Βασικά, ο πονοκέφαλος των κόλπων προκαλείται συνήθως από ιγμορίτιδα και παρουσιάζει τυπικά συμπτώματα λοίμωξης κόλπων: ευαισθησία στις κοιλότητες των κόλπων, δύσοσμες εκκρίσεις, πυρετός και μειωμένη αίσθηση όσφρησης. Ένας πονοκέφαλος ημικρανίας ταλαιπωρεί το μπροστινό, το πάνω ή το πίσω μέρος του κεφαλιού και μπορεί να προκαλέσει πόνο στον αυχένα. Οι ημικρανίες συνοδεύονται από ναυτία και έμετο, ευαισθησία στους θορύβους και τα έντονα φώτα και μπορεί να είναι πολύ εξουθενωτικές.
Οι ημικρανίες επηρεάζουν άτομα, κυρίως γυναίκες, μεταξύ 15 και 55 ετών και μπορεί να είναι κληρονομικά. Ένας πάσχων από ημικρανία συχνά βιώνει μια «αύρα» 10-30 λεπτά πριν από έναν αγώνα και μπορεί να περιλαμβάνει οράματα φώτων που αναβοσβήνουν ή τυφλά σημεία, μούδιασμα ή μυρμήγκιασμα στο πρόσωπο ή στα άκρα και διανοητική σύγχυση καθώς και αναστολή της γεύσης, της αφής ή της όσφρησης . Δύο διακριτά συμπτώματα που διαφοροποιούν μια ημικρανία από έναν πονοκέφαλο από κόλπους είναι η ναυτία και η εξαιρετική ευαισθησία στα φώτα.
Ο πονοκέφαλος κόλπων προκαλείται συνήθως από λοίμωξη, αλλά μπορεί επίσης να προκληθεί από αλλεργίες, κακοήθεια ή έκθεση σε περιβαλλοντική μόλυνση. Αρχικά, ο έντονος, οξύς πόνος μοιάζει πολύ με ημικρανία, επειδή οι ευαίσθητες κοιλότητες στον κόλπο φλεγμονώνονται ή ερεθίζονται. Οι πάσχοντες εμφανίζουν ευαισθησία στο πρόσωπο στα άνω ζυγωματικά, τη μύτη και το μέτωπο. Καθώς αναπτύσσεται μια λοίμωξη, αναπτύσσονται συμπτώματα όπως μια κιτρινωπή ή πρασινωπή ρινική έκκριση και πυρετός. Δύο ευδιάκριτα συμπτώματα που μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη διαφοροποίηση μεταξύ μιας λοιμώδους κεφαλαλγίας κόλπων και μιας ημικρανίας είναι η ευαισθησία του προσώπου και η ρινική έκκριση.
Αυτές οι διαφορετικές αιτίες είναι γιατί ένας πονοκέφαλος κόλπων και μια ημικρανία λαμβάνουν διαφορετικές θεραπείες. Ένας πονοκέφαλος κόλπων που προκαλείται από μόλυνση αντιμετωπίζεται με αντιβιοτικά, αποσυμφορητικά ή στεροειδή ρινικά σπρέι. Τα μη συνταγογραφούμενα αναλγητικά ανακουφίζουν τον προσωρινό πόνο.
Δεν υπάρχει θεραπεία για τις ημικρανίες και τα αναλγητικά που χορηγούνται χωρίς ιατρική συνταγή μπορεί να προσφέρουν ελάχιστη έως καθόλου ανακούφιση. Οι πάσχοντες από ημικρανία μπορεί να λαμβάνουν συνταγογραφούμενα φάρμακα, όπως οι τριπτάνες, που εξισορροπούν τις χημικές ουσίες στον εγκέφαλο. Νέες μελέτες δείχνουν ότι η θεραπεία της ημικρανίας όταν αρχίσουν τα συμπτώματα μπορεί να αποτρέψει μια σοβαρή, εξουθενωτική επίθεση.