Τα δύο φάρμακα επινεφρίνη και ατροπίνη επηρεάζουν και τα δύο το τμήμα του νευρικού συστήματος που ρυθμίζει τις αυτόματες συμπεριφορές όπως ο καρδιακός ρυθμός, ο ρυθμός της αναπνοής και η πέψη, γνωστό ως αυτόνομο νευρικό σύστημα. Ορισμένες από τις επιδράσεις αυτών των φαρμάκων ακόμη και επικαλύπτονται, όπως η αύξηση του καρδιακού ρυθμού μετά τη δόση. Ωστόσο, έχουν πολλές σημαντικές διαφορές που μπορούν να καθορίσουν τη σωστή χρήση τους σε ιατρικό περιβάλλον.
Η επινεφρίνη και η ατροπίνη ασκούν και οι δύο λειτουργίες στο αυτόνομο νευρικό σύστημα, αλλά το κάνουν μέσω διαφορετικών υποομάδων αυτού του συστήματος. Σε ένα υποσύνολο που ονομάζεται συμπαθητικό νευρικό σύστημα, η επινεφρίνη ενεργοποιεί κύτταρα γνωστά ως νευρώνες μέσα στο σύστημα, συμβάλλοντας στην ενεργοποίηση της λεγόμενης αντίδρασης «μάχης ή φυγής». Το παρασυμπαθητικό νευρικό σύστημα λειτουργεί προς αντίθετους σκοπούς, όπως η μείωση της αρτηριακής πίεσης και του καρδιακού ρυθμού. Η ατροπίνη δρα για να μπλοκάρει τις φυσιολογικές δράσεις των νευρώνων στον παρασυμπαθητικό κλάδο, πράγμα που σημαίνει ότι μπορεί επίσης να αυξήσει τον καρδιακό ρυθμό, αν και μέσω διαφορετικής διαδρομής από αυτή που χρησιμοποιείται από την επινεφρίνη.
Οι διαφορετικές επιδράσεις στον οργανισμό οδηγούν σε μοναδικές κλινικές χρήσεις για την επινεφρίνη και την ατροπίνη. Οι αλλεργικές αντιδράσεις που οδηγούν σε δυσκολία στην αναπνοή και άλλα σημαντικά προβλήματα μπορούν να αντιστραφούν με ενέσεις επινεφρίνης. Αυτό το φάρμακο μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για την αναστροφή της καρδιακής ανακοπής. Η ατροπίνη δεν μπορεί να επανεκκινήσει την καρδιά, αλλά χρησιμοποιείται για να αντιστρέψει έναν χαμηλό καρδιακό ρυθμό, γνωστό ως βραδυκαρδία. Ορισμένες διαδικασίες που αφορούν τα μάτια χρησιμοποιούν επίσης οφθαλμικές σταγόνες ατροπίνης, καθώς αυτές μπορεί να προκαλέσουν διαστολή της κόρης.
Όλα τα φάρμακα έχουν τη δυνατότητα να προκαλέσουν ορισμένες παρενέργειες και αυτές οι επιδράσεις είναι ένα άλλο σύνολο διαφορών μεταξύ της επινεφρίνης και της ατροπίνης. Πολλές από τις πιθανές παρενέργειες της επινεφρίνης σχετίζονται με υπερβολική διέγερση, όπως νευρικότητα, αϋπνία, ταχυκαρδία ή αυξημένο καρδιακό ρυθμό και τρόμο. Ορισμένες από αυτές τις επιδράσεις είναι παρόμοιες με αυτές που προκαλούνται από την ατροπίνη, αλλά η ατροπίνη έχει μεγαλύτερες πιθανότητες να αυξήσει την εφίδρωση, το ερύθημα του δέρματος και τις ψυχικές παρενέργειες. Αυτές οι ψυχικές παρενέργειες μπορεί να περιλαμβάνουν σύγχυση, παραισθήσεις, ακόμη και παραληρητικές ιδέες, όπου ένα άτομο θα ανταποκριθεί σε ερεθίσματα που δεν υπάρχουν πραγματικά, ξεχνώντας ότι προκαλούνται από ένα φάρμακο.
Οι αλληλεπιδράσεις φαρμάκων είναι ένας άλλος τρόπος με τον οποίο η επινεφρίνη και η ατροπίνη διαφέρουν ουσιαστικά. Τα φάρμακα για την καρδιά και τα φάρμακα που επηρεάζουν την αρτηριακή πίεση, όπως οι β-αναστολείς, μπορεί ενδεχομένως να είναι θανατηφόρα όταν λαμβάνονται με επινεφρίνη. Με την ατροπίνη, υπάρχουν λιγότερες παρενέργειες που θα μπορούσαν να οδηγήσουν σε θάνατο, αλλά πολλές ενώσεις, συμπεριλαμβανομένων των αντιισταμινικών όπως η διφαινυδραμίνη, τα αναπνευστικά φάρμακα και τα διουρητικά, που προκαλούν ούρηση, μπορούν να κάνουν τις παρενέργειες της ατροπίνης πολύ πιο ακραίες.