Η διαφορά μεταξύ των πρωτόζωων και των μεταζωών είναι ότι τα πρωτόζωα είναι μονοκύτταροι οργανισμοί ενώ τα μεταζώα είναι πολυκύτταρα. Ο ορισμός των μεταζωών είναι σχετικά σαφής για τα περισσότερα παραδείγματα, όπως και τα πρωτόζωα, αν και και τα δύο έχουν ασαφή άκρα. Ο όρος «πρωτόζωα» (που σημαίνει «πρώτα ζώα») αναφέρεται σε οποιονδήποτε μονοκύτταρο οργανισμό που μοιάζει με ζώα, ενώ οι μονοκύτταροι οργανισμοί που μοιάζουν με φυτά ονομάζονται φύκια. Υπάρχουν όμως οργανισμοί που θολώνουν και τα δύο: για παράδειγμα, το φύκι Dinobryon έχει χλωροπλάστες, αλλά μπορεί επίσης να κινείται και να τρέφεται με οργανική ύλη. Πολλοί φαινομενικά μονοκύτταροι οργανισμοί διατάσσονται επίσης σε νηματοειδείς ή σφαιρικές αποικίες, όπως τα κυανοβακτήρια ή το χρωμόφυτο Volvox.
Ο όρος «πρωτόζωο» καλύπτει βασικά κάθε μονοκύτταρο οργανισμό που δεν είναι ζώο, φυτό, βακτήριο ή μύκητας. Εξ ορισμού, κάθε μέλος του βασιλείου Animalia είναι πολυκύτταρο, και ένα άλλο όνομα για το βασίλειο είναι στην πραγματικότητα Metazoa. Οι στάσιμοι φωτοσυνθετικοί μονοκύτταροι οργανισμοί δεν είναι εν μέρει πρωτόζωα επειδή το επίθημα -ζώα σημαίνει ζώο, και σαφώς δεν μοιάζουν καθόλου με ζώα. Τα πρωτόζωα είναι πάντα κινητά, καθώς δεν υπάρχουν πρωτόζωα που να μπορούν να επιβιώσουν με σταθερή σίτιση με φίλτρο, σε αντίθεση με τα πολυάριθμα ζώα όπως τα σφουγγάρια, τα κοράλλια, τα βαρέλια, οι πεταλούδες και τα βραχιόποδα που το κάνουν.
Τα πρωτόζωα κυμαίνονται σε μέγεθος από 10-50 μικρά (εκατομμυριοστά του μέτρου), αλλά μερικά είδη είναι τόσο μεγάλα όσο 1 mm. Τα μεταζωάρια κυμαίνονται από περίπου 50 μικρά, όπως στα μικρότερα κωπηπόποδα, έως τη Γαλάζια Φάλαινα (34 μέτρα ή 111 πόδια), τη μέδουσα της χαίτης του λιονταριού (36.5 μέτρα ή 120 πόδια) και το σκουλήκι των κορδονιών (55 μέτρα ή 180 πόδια). Ο εξαφανισμένος δεινόσαυρος Amphicoelias fragillimus μπορεί να ήταν 60 m (197 πόδια) ή μεγαλύτερος. Έτσι, όπως βλέπουμε, τα μεγαλύτερα μεταζώα μπορεί να είναι έως και ένα εκατομμύριο φορές μεγαλύτερα από ένα τυπικό πρωτόζωο, αν και τα περισσότερα μεταζώα είναι μικρά σε μέγεθος, λιγότερο από ένα mm σε μήκος. Τα μακροσκοπικά μεταζώα όπως οι άνθρωποι είναι μειοψηφία.
Θεωρείται ότι τα μεταζώα εξελίχθηκαν από πρωτόζωα περίπου πριν από 600 εκατομμύρια χρόνια, αν και μοριακά συστηματικά στοιχεία δείχνουν ακόμη νωρίτερα. Καθώς τα πρώτα μεταζωικά ζώα πρέπει να ήταν πολύ μικρά και να αποτελούνταν μόνο από μαλακό ιστό, δεν θα είχαν απολιθωθεί πολύ καλά, αν και ένα από τα πρώτα γνωστά απολιθώματα μεταζώων, ένα μικρό σφαιρικό ζώο που ονομάζεται Vernanimalcula guizhouena, ήταν ένα μαλακό πλάσμα μόλις 0.1 σε μέγεθος 0.2 mm, μόλις αρκετά μεγάλο για να το δει κανείς και περίπου το πλάτος μιας ανθρώπινης τρίχας.