Τα πρωτόζωα παράσιτα είναι ευκαρυώτες, ή μονοκύτταροι οργανισμοί που έχουν καλά ανεπτυγμένες δομές μέσα στις μεμβράνες. Ως παράσιτα, αποκτούν τροφή και προστασία κατοικώντας μέσα σε άλλους οργανισμούς, που αναφέρονται ως ξενιστές. Εάν εισέλθουν σε έναν ανθρώπινο ξενιστή, αυτά τα παράσιτα μπορούν να προκαλέσουν μεγάλη ποικιλία προβλημάτων. Ορισμένα πρωτόζωα παράσιτα ευθύνονται για σοβαρές και μερικές φορές θανατηφόρες ασθένειες. Άλλα, όπως αυτά που μολύνουν τη γαστρεντερική οδό, προκαλούν ενοχλητικά συμπτώματα αλλά συνήθως δεν αποδεικνύονται θανατηφόρα.
Αυτά τα παράσιτα μπορούν να βρεθούν παντού: στο νερό, στα τρόφιμα και στο έδαφος. Όταν μολύνουν τους ξενιστές τους, τα πρωτόζωα παράσιτα είναι συνήθως σε μορφή κύστης, μια λανθάνουσα κατάσταση στην οποία ο οργανισμός έχει εγκλωβιστεί σε μια σκληρή μεμβράνη. Ως κύστη, το παράσιτο μπορεί να επιβιώσει σε σκληρές συνθήκες και να ζήσει πολύ καιρό πριν βρει έναν ξενιστή. Αφού το παράσιτο βρει ένα σπίτι σε έναν ξενιστή, αλλάζει μορφή για να πάρει διατροφή και να αναπαραχθεί.
Υπάρχουν πολλά είδη παρασίτων. Τα εντερικά παράσιτα είναι ένα παγκόσμιο πρόβλημα, ειδικά σε μέρη όπου το νερό και οι πηγές τροφίμων είναι μολυσμένα. Ένα εντερικό πρωτόζωο παράσιτο, το Entamoeba histolytica, βρίσκεται σε τροπικές και υποτροπικές περιοχές και είναι υπεύθυνο για την αμοιβαδική δυσεντερία. Ένα άλλο εντερικό παράσιτο, το Giardia lamblia, είναι κοινό σε εύκρατες περιοχές. Συνήθως επηρεάζει τους υπαίθριους ανθρώπους όπως πεζοπόρους και κατασκηνωτές που πίνουν μη ασφαλές νερό σε απομακρυσμένες περιοχές.
Άλλα πρωτόζωα παράσιτα μολύνουν το αίμα. Μερικά από τα πιο επικίνδυνα από αυτά τα παράσιτα είναι αυτά που προκαλούν αφρικανική ασθένεια του ύπνου, ελονοσία και λεϊσμανίαση, μια ασθένεια της οποίας τα αρχικά συμπτώματα περιλαμβάνουν πληγές στο δέρμα που εξαπλώνονται με την πάροδο του χρόνου και βλάπτουν το συκώτι και τη σπλήνα. Τα παρασιτικά πρωτόζωα που προκαλούν αυτές τις ασθένειες χρειάζονται ενδιάμεσους οργανισμούς όπως τα έντομα για να μολύνουν τους ανθρώπινους ξενιστές. Η αφρικανική ασθένεια του ύπνου απαιτεί μύγες τσετσε, η ελονοσία απαιτεί κουνούπια και η λεϊσμανίαση απαιτεί μύγες της άμμου.
Η θεραπεία των πρωτόζωων παρασίτων εξαρτάται από τον τύπο του παρασίτου και την ασθένεια που προκαλεί. Για παράδειγμα, η γιαρδιάση και η αμοιβαδική δυσεντερία αντιμετωπίζονται με αντιπρωτοζωικά φάρμακα όπως η μετρονιδαζόλη. Η ελονοσία πρέπει να αντιμετωπίζεται με ανθελονοσιακά φάρμακα αμέσως μόλις εντοπιστεί. Η αφρικανική ασθένεια του ύπνου ανταποκρίνεται σε φάρμακα που περιέχουν αρσενικό.
Τα συμπτώματα των πρωτόζωων παρασίτων διαφέρουν, ανάλογα με το παράσιτο. Τα παράσιτα του εντέρου προκαλούν εμετό και διάρροια, ενώ τα παράσιτα που μολύνουν το αίμα προκαλούν συμπτώματα όπως ρίγη, πυρετό και πονοκέφαλο. Όλες οι παρασιτικές λοιμώξεις είναι σοβαρές καταστάσεις. Τα άτομα που έχουν λοίμωξη από πρωτόζωα πρέπει να δουν το γιατρό τους το συντομότερο δυνατό για άμεση θεραπεία. Για την πρόληψη της μόλυνσης από πρωτόζωα παράσιτα, συνιστάται στους ανθρώπους να πλένουν τακτικά τα χέρια τους, να αποφεύγουν να βάζουν τα χέρια τους στο στόμα τους και να πίνουν μόνο νερό που έχει υποβληθεί σε θεραπεία.