Η διαφήμιση της αιθανόλης από πολλές κυβερνήσεις, κυρίως των Ηνωμένων Πολιτειών, έχει οδηγήσει σε μεγάλη διαμάχη. Στις Ηνωμένες Πολιτείες, όπου δαπανώνται δισεκατομμύρια δολάρια από τα χρήματα των φορολογουμένων για επιδοτήσεις αιθανόλης, η διαμάχη έχει γίνει ιδιαίτερα σκληρή και υπάρχουν αρκετοί λόγοι πίσω από αυτήν. Πολλοί καταλήγουν σε μια θεμελιώδη διαμάχη για το αν η αιθανόλη, ιδιαίτερα η αιθανόλη καλαμποκιού, είναι πραγματικά τόσο θαυματουργή όσο ισχυρίζονται οι άνθρωποι ότι είναι.
Ορισμένοι οικονομολόγοι υποστηρίζουν ότι όταν ένα προϊόν έχει εγγενή αξία, οι άνθρωποι θα το πληρώσουν, καθιστώντας τις επιδοτήσεις περιττές. Η επιδότηση της παραγωγής αιθανόλης κοστίζει χρήματα στους φορολογούμενους, έστω και έμμεσα, και διατηρεί τις τιμές τεχνητά χαμηλές, αντί να επιτρέπει τον καθορισμό τους σύμφωνα με την εύλογη αγοραία αξία. Οι οικονομολόγοι που θέλουν να δουν μια γενικότερη προώθηση της βιώσιμης ενέργειας υποστηρίζουν επίσης ότι οι επιδοτήσεις αιθανόλης αφαιρούν τη χρηματοδότηση από άλλες πηγές βιώσιμης ενέργειας, συμπεριλαμβανομένων των πηγών που είναι καθαρότερες, πιο αποτελεσματικές και ευκολότερες από την αιθανόλη.
Οι επιδοτήσεις αιθανόλης μπορεί επίσης να διαδραματίσουν ρόλο στην κλιμάκωση των τιμών των τροφίμων και στη συνεχιζόμενη συζήτηση τροφίμων εναντίον καυσίμων. Το επιχείρημα είναι ότι κοστίζει περισσότερο στους αγρότες να παράγουν καλλιέργειες για τρόφιμα, καθώς αυτές οι καλλιέργειες επιδοτούνται λιγότερο και μετακυλίουν τις τιμές στους καταναλωτές. Η προσφορά τροφίμων μειώνεται επίσης από τις επιδοτήσεις αιθανόλης, σύμφωνα με αυτό το επιχείρημα, επειδή οι αγρότες έχουν κίνητρο να καλλιεργούν καλλιέργειες για αιθανόλη, έτσι εκτρέπουν τα χωράφια που κάποτε χρησιμοποιούνταν για καλλιέργειες τροφίμων για την καλλιέργεια καλαμποκιού. Η μείωση της προσφοράς μπορεί να προκαλέσει αύξηση των τιμών, ακόμη και ελλείψεις σε ορισμένες περιπτώσεις.
Η ίδια η αιθανόλη είναι ένα καύσιμο με αμφισβητήσιμα πλεονεκτήματα. Απαιτεί ειδικό χειρισμό, συμπεριλαμβανομένης της μοναδικής σύνθεσης βενζίνης για μείγματα καυσίμων και ειδικών διαδικασιών μεταφοράς που μπορεί να το καταστήσουν ακριβό. Επίσης, δεν καίγεται τρομερά καθαρά και είναι λιγότερο ενεργειακά αποδοτικό από τη βενζίνη, πράγμα που σημαίνει ότι ένα αυτοκίνητο που λειτουργεί με αιθανόλη ή ένα μείγμα αιθανόλης/βενζίνης θα έχει χαμηλότερα χιλιόμετρα. Επιπλέον, η ίδια η παραγωγή αιθανόλης δεν είναι πολύ ενεργειακά αποδοτική και σε ορισμένες περιπτώσεις το καύσιμο μπορεί να κοστίζει περισσότερο σε ενέργεια για την κατασκευή και τη μεταφορά από ό,τι παράγει.
Οι επικριτές των επιδοτήσεων αιθανόλης υποστηρίζουν ότι τα κρατικά κονδύλια πρέπει να επικεντρώνονται στην προώθηση πραγματικά ανανεώσιμων, καινοτόμων πηγών ενέργειας, αντί να δαπανώνται σε καύσιμα αμφισβητήσιμης αξίας. Σύμφωνα με αυτό το επιχείρημα, η διατήρηση των επιδοτήσεων αιθανόλης θεωρείται σπατάλη. Η επιλογή του πού θα στοχεύσετε τα κεφάλαια φαίνεται να είναι πιο επωφελής μακροπρόθεσμα, ακόμη και αν οι νεότερες τεχνολογίες δεν είναι άμεσα επιτυχείς.