Η δομή της αμυλάσης, ενός ενζύμου που διασπά τα άμυλα και τα σύνθετα σάκχαρα σε απλά σάκχαρα, είναι συνήθως αρκετά απλή, αλλά το ένζυμο παίζει σημαντικό ρόλο στην πέψη των υδατανθράκων. Υπάρχουν δύο διαφορετικές παραλλαγές αυτού του μορίου, που ονομάζονται άλφα αμυλάση και βήτα αμυλάση. Το ανθρώπινο σώμα έχει δύο τύπους άλφα αμυλάσης, ένα στο σάλιο και ένα στο πάγκρεας. Και τα δύο μόρια είναι σημαντικά στην πέψη των υδατανθράκων, αφού το σώμα δεν μπορεί να αφομοιώσει πολύπλοκα σάκχαρα και άμυλα χωρίς να τα διασπάσει πρώτα. Η βήτα αμυλάση δεν υπάρχει στο ανθρώπινο σώμα και συνήθως βρίσκεται σε φυτά και σπόρους.
Ενώ η δομή και ο τύπος της αμυλάσης μπορεί να ποικίλλουν μεταξύ των οργανισμών, υπάρχουν ορισμένα κοινά χαρακτηριστικά όλων των μορίων αμυλάσης. Οι άλφα και βήτα αμυλάσες περιέχουν και οι δύο μια δομή που ονομάζεται περιοχή βαρελιού, η οποία συνεισφέρει μεγάλο μέρος του συνολικού σχήματος του ενζύμου. Όλα τα ένζυμα έχουν επίσης μια βασική περιοχή που ονομάζεται ενεργή περιοχή. Αυτό είναι το μέρος του ενζύμου που συνδέεται με ένα σύνθετο σάκχαρο ή άμυλο για να το διασπάσει. Η διαδικασία διάσπασης υδατανθράκων στην ενεργή θέση περιλαμβάνει αλληλεπιδράσεις μεταξύ πολλαπλών ομάδων ατόμων και ιόντων, τόσο στην ενεργό θέση όσο και στο μόριο υδατάνθρακα.
Στο ανθρώπινο σώμα, η δομή της αμυλάσης είναι παρόμοια είτε βρίσκεται στο σάλιο είτε στο πάγκρεας. Και οι δύο παραλλαγές της αμυλάσης είναι μικρά μόρια που αποτελούνται από μια μόνο αλυσίδα δομικών στοιχείων που ονομάζονται αμινοξέα. Η αλυσίδα αμινοξέων σχηματίζει τρεις διαφορετικές περιοχές που ονομάζονται περιοχές, και κάθε περιοχή έχει μια συγκεκριμένη βιολογική λειτουργία που βοηθά στη διάσπαση των υδατανθράκων. Δύο από αυτούς τους τομείς συνδέονται στενά μεταξύ τους, ενώ ο τρίτος τομέας μπορεί να διαφέρει σημαντικά μεταξύ των αμυλασών. Παρά την ομοιότητά τους, οι αμυλάσες του σιέλου και του παγκρέατος δεν είναι εναλλάξιμες. η παγκρεατική αμυλάση τελειώνει συνήθως τη δουλειά που ξεκίνησε η σιελογόνη αμυλάση.
Αν και η δομή της αμυλάσης είναι συνήθως απλή, υπάρχουν ορισμένες παραλλαγές που είναι σημαντικά πιο πολύπλοκες από τις περισσότερες. Οι περισσότερες άλφα αμυλάσες είναι πολύ παρόμοιες σε μήκος, αλλά μερικές αναδιπλώνονται σε περισσότερους από τους τρεις κοινούς τομείς. Ορισμένες βήτα αμυλάσες είναι τεράστιες σε σύγκριση με τις άλφα αμυλάσες, που περιέχουν τέσσερις ξεχωριστές αλυσίδες αμινοξέων αντί για μία. Σε αυτή την περίπτωση, χτίζεται μια δομή αμυλάσης τέσσερις φορές μεγαλύτερη από τις περισσότερες άλλες. Πολλές γνωστές καλλιέργειες τροφίμων περιέχουν αυτόν τον τύπο αμυλάσης, συμπεριλαμβανομένου του κριθαριού, της σόγιας και της γλυκοπατάτας, αλλά το μέγεθος του μορίου αμυλάσης δεν κάνει τίποτα για να ενισχύσει ή να μειώσει τις θρεπτικές ιδιότητες του φυτού.