Η σύνδεση μεταξύ των οιστρογόνων και της ορμόνης διέγερσης των ωοθυλακίων (FSH) είναι ότι τα οιστρογόνα και η FSH είναι και τα δύο κρίσιμα μέρη του κύκλου των ωοθηκών, η οποία είναι η διαδικασία με την οποία μια γυναίκα ωορρηξεί. Η FSH πυροδοτεί τον κύκλο των ωοθηκών, ο οποίος με τη σειρά του πυροδοτεί την παραγωγή οιστρογόνων. Ένας άλλος σύνδεσμος μεταξύ των οιστρογόνων και της FSH είναι ότι και οι δύο είναι ορμόνες, πράγμα που σημαίνει ότι ρυθμίζουν χημικές ουσίες που καθοδηγούν τις φυσιολογικές λειτουργίες στο σώμα. Τα οιστρογόνα είναι ορμόνη φύλου ενώ η FSH είναι γοναδοτροπίνη. Οι ρόλοι τους είναι πολύ διαφορετικοί παρά το γεγονός ότι και οι δύο βρίσκονται στη σφαίρα της γυναικείας σεξουαλικής αναπαραγωγής. Ο ρόλος της FSH είναι να ελέγχει όλες τις αναπτυξιακές φάσεις των ωοθηκών από τη γέννηση έως την εμμηνόπαυση. ο ρόλος των οιστρογόνων είναι να ελέγχει κυρίως τον εμμηνορροϊκό κύκλο της γυναίκας.
Τόσο τα οιστρογόνα όσο και η FSH είναι απαραίτητα συστατικά της εμμήνου ρύσεως και της εγκυμοσύνης. Η FSH ενεργοποιεί την παραγωγή ενός αυγού και απελευθερώνεται κάθε 28 ημέρες, καθιστώντας αναγκαία για μια γυναίκα να δημιουργήσει μια επένδυση της μήτρας που μπορεί να απορροφήσει ένα γονιμοποιημένο ωάριο ή να αποβληθεί ως αναπαραγωγικό απόβλητο κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως. Τα οιστρογόνα προκαλούν την ανάπτυξη και την πάχυνση αυτής της επένδυσης της μήτρας, η οποία είναι επίσης γνωστή ως ενδομήτριο. Χωρίς οιστρογόνα και FSH, η γυναικεία αναπαραγωγή δεν θα ήταν δυνατή.
Κάθε μηνιαίος κύκλος ωοθηκών ξεκινά όταν η FSH απελευθερώνεται από την υπόφυση, προκαλώντας το σχηματισμό ενός ωαρίου, ή αυγού, σε μία από τις ωοθήκες της γυναίκας. Κατά την ανάπτυξη του ωαρίου, σχηματίζεται πρώτα το ωοθυλάκιο του ωαρίου. Αυτό το ωοθυλάκιο, το οποίο τελικά θα είναι ο προστατευτικός σάκος γύρω από το ωάριο μέχρι να ωριμάσει και απελευθερωθεί στους σάλπιγγες για ωορρηξία, είναι αυτό που εκκρίνει τη γυναικεία ορμόνη οιστρογόνο. Συγκεκριμένα, το ωοθυλάκιο εκπέμπει μια μορφή οιστρογόνου γνωστή ως οιστραδιόλη. Ενώ άλλοι ιστοί στο σώμα μπορούν να παράγουν χαμηλά επίπεδα οιστρογόνων, τα ωοθυλάκια που ρυθμίζονται από την FSH είναι υπεύθυνα για τα κύρια επίπεδα παραγωγής οιστρογόνων στο γυναικείο σώμα.
Κατά τη διάρκεια των πρώτων 14 ημερών του εμμηνορροϊκού κύκλου των 28 ημερών, τα επίπεδα των οιστρογόνων και της FSH είναι στα υψηλότερα επίπεδα καθώς το ωοθυλάκιο αναπτύσσεται σε αρκετές ημέρες. Την 14η ημέρα μετά την ωρίμανση του ωαρίου, απελευθερώνεται από το ωοθυλάκιο και ταξιδεύει στον σάλπιγγα. Το αριστερό ωοθυλάκιο, που ονομάζεται ωχρό σωμάτιο, συνεχίζει να εκκρίνει μικρές ποσότητες οιστρογόνων έως την 28η ημέρα του κύκλου, όταν ολόκληρη η διαδικασία ξεκινά ξανά από τη στιγμή που η FSH ανανεώνει τη δραστηριότητά της.
Η έναρξη της εμμηνόπαυσης έχει δραστικές επιδράσεις τόσο στα οιστρογόνα όσο και στην FSH. Οι ωοθήκες ηλικίας παύουν να είναι δεκτικές στη FSH και αγνοούν τα σήματα για την παραγωγή ωοθυλακίων. Αυτό, με τη σειρά του, οδηγεί σε πτώση της παραγωγής οιστρογόνων. Η απώλεια οιστρογόνων μπορεί να έχει επιβλαβείς επιπτώσεις στις γυναίκες, καθώς, εκτός από την αναπαραγωγή, τα οιστρογόνα βοηθούν στην ελαστικότητα του δέρματος, στην εξισορρόπηση της διάθεσης και στην υγεία του αιδοίου και άλλων τμημάτων του κόλπου. Πολλοί γιατροί, επομένως, συνταγογραφούν στεροειδή οιστρογόνα για να αντικαταστήσουν τις συγκεντρώσεις της ορμόνης που δεν παράγονται πλέον φυσικά από το σώμα.