Στις περισσότερες περιπτώσεις, μια γαστρεντερική λοίμωξη θα υποχωρήσει από μόνη της μετά από μερικές ημέρες και δεν απαιτεί ειδική ιατρική θεραπεία. Η σωστή ενυδάτωση είναι σημαντική, επομένως θα πρέπει να καταναλώνονται πολλά υγρά κατά τη διάρκεια της ανάρρωσης. Φάρμακα χωρίς ιατρική συνταγή ή συνταγογραφούμενα μπορεί να χρησιμοποιηθούν για τη θεραπεία της ναυτίας που σχετίζεται με γαστρεντερική λοίμωξη, αν και συνήθως δεν συνιστώνται φάρμακα που στοχεύουν στη θεραπεία της διάρροιας. Ανάλογα με την αιτία της μόλυνσης, μπορεί να συνταγογραφηθούν αντιβιοτικά, αντιιικά φάρμακα ή αντιπαρασιτικά φάρμακα. Οποιεσδήποτε συγκεκριμένες ερωτήσεις ή ανησυχίες σχετικά με τις καλύτερες επιλογές θεραπείας γαστρεντερικών λοιμώξεων για μια μεμονωμένη κατάσταση θα πρέπει να συζητούνται με έναν γιατρό ή άλλο επαγγελματία ιατρό.
Η διατήρηση της σωστής ενυδάτωσης είναι μία από τις κύριες ανησυχίες όταν υπάρχει γαστρεντερική λοίμωξη. Η κατανάλωση άφθονων υγρών είναι συχνά αρκετή για την πρόληψη της αφυδάτωσης. Εκτός από το νερό και τους χυμούς φρούτων, μπορεί να συνιστάται σούπα ή ζωμός. Με το συνδυασμό αυτών των τροφών και ποτών, τόσο τα υγρά όσο και οι ηλεκτρολύτες αντικαθίστανται στο σώμα. Εάν συμβεί αφυδάτωση, ο ασθενής μπορεί να χρειαστεί να λάβει ενδοφλέβια υγρά σε νοσοκομειακό περιβάλλον.
Η ναυτία και η διάρροια είναι τα πιο κοινά συμπτώματα που σχετίζονται με μια γαστρεντερική λοίμωξη. Εάν η ναυτία γίνει σοβαρή και είναι δύσκολο να διατηρηθούν τα υγρά χαμηλά, τα φάρμακα κατά της ναυτίας που χορηγούνται χωρίς ιατρική συνταγή ή με ιατρική συνταγή μπορεί να είναι χρήσιμα. Η χρήση φαρμάκων που έχουν σχεδιαστεί για τη θεραπεία της διάρροιας συνήθως αποθαρρύνεται, καθώς αυτό θα επιβραδύνει την έξοδο της πηγής μόλυνσης.
Τα αντιβιοτικά δεν συνταγογραφούνται συνήθως για μια βακτηριακή γαστρεντερική λοίμωξη σε ένα κατά τα άλλα υγιές άτομο. Αυτά τα φάρμακα έχουν την τάση να αυξάνουν τη σοβαρότητα των συμπτωμάτων όπως η διάρροια. Σε άτομα με εξασθενημένο ανοσοποιητικό σύστημα μπορεί να χορηγηθούν αντιβιοτικά, καθώς τα οφέλη θα υπερτερούσαν των πιθανών κινδύνων. Μπορεί να συνταγογραφηθούν αντιπαρασιτικά φάρμακα εάν διαπιστωθεί ότι η μόλυνση προκαλείται από παράσιτο ή μπορεί να συνταγογραφηθούν αντιιικά φάρμακα για ιογενείς λοιμώξεις.
Οι καλύτερες θεραπευτικές επιλογές κατά τη διάρκεια μιας γαστρεντερικής λοίμωξης είναι συνήθως η επαρκής πρόσληψη υγρών και η άφθονη ανάπαυση. Αυτή είναι μια σχετικά κοινή πάθηση και γενικά θα επιλυθεί από μόνη της μέσα σε μια εβδομάδα. Εάν τα συμπτώματα επιμείνουν ή γίνουν σοβαρά, θα πρέπει να συμβουλευτείτε γιατρό για περαιτέρω ιατρική αξιολόγηση. Μπορεί να χορηγηθούν φάρμακα για να βοηθήσουν στην ανακούφιση των συμπτωμάτων ή μπορεί να ενδείκνυται σύντομη παραμονή στο νοσοκομείο εάν η αφυδάτωση γίνει σοβαρή και δεν μπορεί να αντιμετωπιστεί επαρκώς στο σπίτι. Είναι πάντα καλύτερο να γίνεται η διάγνωση της λοίμωξης από γιατρό, καθώς ορισμένες πιο σοβαρές ιατρικές καταστάσεις μπορεί να έχουν παρόμοια συμπτώματα.