Η οργανωτική δομή ενός πανεπιστημίου αναφέρεται στην ιεραρχία μέσω της οποίας επιτυγχάνεται η ανάθεση αρμοδιοτήτων. Αυτό δίνει στους εργαζόμενους και τους μαθητές την αίσθηση του ποιος απαντά σε ποιον και ποιον πρέπει να απευθυνθεί σε περίπτωση που προκύψει πρόβλημα. Η συγκεκριμένη οργανωτική δομή ενός πανεπιστημίου μπορεί να ποικίλει ανάλογα με το ίδρυμα, αν και στις περισσότερες περιπτώσεις, το εκτελεστικό επίπεδο είναι το υψηλότερο σκαλί στην οργανωτική κλίμακα. Αυτό το επίπεδο περιλαμβάνει τον πρόεδρο του κολλεγίου ή του πανεπιστημίου, καθώς και έναν καγκελάριο εάν υπάρχει, και το διοικητικό συμβούλιο εάν υπάρχουν. Άλλες θέσεις σε αυτό το επίπεδο περιλαμβάνουν ταμία και επικεφαλής, καθώς και τον αντιπρόεδρο ή τους αντιπροέδρους.
Ενώ στις περισσότερες περιπτώσεις, υπάρχει μόνο ένας πρόεδρος σε κολέγιο ή πανεπιστήμιο, αρκετοί αντιπρόεδροι μπορεί να υπάρχουν μέσα στην οργανωτική δομή ενός πανεπιστημίου. Αυτοί οι αντιπρόεδροι μπορούν να είναι υπεύθυνοι για μια μεγάλη ποικιλία καθηκόντων σε μικρότερα πανεπιστήμια, ενώ μπορούν να ασχοληθούν μόνο με έναν ή δύο συγκεκριμένους τομείς της λειτουργίας του κολλεγίου σε πολύ μεγαλύτερα πανεπιστήμια. Ένας αντιπρόεδρος φοιτητικών υποθέσεων, για παράδειγμα, θα ασχοληθεί κυρίως με τις φοιτητικές δραστηριότητες, προβλήματα, επιτεύγματα και δημοσιονομικά προβλήματα. Ένας αντιπρόεδρος οικονομικών θα ασχολείται αποκλειστικά με τα οικονομικά του πανεπιστημίου και η δικαιοδοσία του μπορεί να φτάσει σε όλα τα τμήματα του πανεπιστημίου.
Οι ακαδημαϊκοί κοσμήτορες είναι οι επικεφαλής διαφόρων τμημάτων στην οργανωτική δομή ενός πανεπιστημίου. Το αγγλικό τμήμα, για παράδειγμα, θα έχει έναν κοσμήτορα που ουσιαστικά διαχειρίζεται ή εποπτεύει με άλλον τρόπο όλες τις λειτουργίες του εν λόγω τμήματος. Ένας κοσμήτορας των επιστημών της ζωής θα διευθύνει ένα συγκεκριμένο τμήμα εντός των επιστημών στο πανεπιστήμιο και ο κοσμήτορας της ιατρικής θα επιβλέπει τυχόν ιατρικά προγράμματα που προσφέρονται από το πανεπιστήμιο. Ένας κοσμήτορας μπορεί να κατέχει άλλες θέσεις εντός της πανεπιστημιακής δομής, αν και αυτό δεν είναι συνηθισμένο σε ορισμένα σχολεία. Τα προγράμματα μπορεί επίσης να έχουν συνεργάτες κοσμήτορες που απαντούν στον κοσμήτορα. αυτοί οι άνθρωποι είναι υπεύθυνοι να βοηθήσουν στη λειτουργία του τμήματος και να αντιμετωπίσουν τυχόν συγκεκριμένα ζητήματα που αντιμετωπίζει το τμήμα.
Η οργανωτική δομή ενός πανεπιστημίου μπορεί να διακλαδιστεί από εκεί για να συμπεριλάβει άλλα προγράμματα όπως αθλητικά προγράμματα, διατήρηση χώρων, φοιτητική κυβέρνηση, τμήματα στέγασης και πολλά άλλα. Η συγκεκριμένη θέση στην ιεραρχία αυτών των θέσεων μπορεί να ποικίλει ανάλογα με τις προτεραιότητες του συγκεκριμένου πανεπιστημίου. Σε πολλές περιπτώσεις, μπορεί να συμβεί μια αναδιοργάνωση για να δοθεί εκ νέου προτεραιότητα στη δομή, έτσι ώστε τα κεφάλαια να κατανέμονται σωστά και η αρχαιότητα να αντιμετωπίζεται σωστά. Η οργανωτική αναδιάρθρωση μπορεί να είναι δύσκολη και αγχωτική για όλα τα μέλη της πανεπιστημιακής δομής.