Η βασική δομή αντισωμάτων είναι ένα πρωτεϊνικό μόριο σχήματος Υ που διαθέτει δύο βαριές και δύο ελαφρές πολυπεπτιδικές αλυσίδες. Κάποιος μπορεί να απεικονίσει τη δομή αντισώματος Υ που διασπάται ως V που στέκεται σε πεζά L με μια γραμμή είτε στο εξωτερικό άκρο του και παράλληλα με το V. Η πεζά L, γνωστή ως περιοχή Fc του αντισώματος, περιλαμβάνει τις δύο βαριές πολυπεπτιδικές αλυσίδες , που ανεβαίνουν προς τα πάνω για να σχηματίσουν το V ή την περιοχή Fab. Οι εσωτερικές γραμμές του V είναι τα άκρα των βαριών αλυσίδων, ενώ οι εξωτερικές γραμμές είναι οι ελαφρές πολυπεπτιδικές αλυσίδες.
Ένα αντίσωμα, ή ανοσοσφαιρίνη, είναι μια πρωτεΐνη που παράγεται από τα κύτταρα πλάσματος στο σώμα. Το ανοσοποιητικό σύστημα του σώματος χρησιμοποιεί αντισώματα για να αναγνωρίσει αντιγόνα που βρίσκονται σε εχθρικά ξένα αντικείμενα, όπως βακτήρια και ιούς, και να τα απαλλαγεί. Κάθε αντίσωμα παράγεται ως αντίδραση σε ένα συγκεκριμένο αντιγόνο που βρίσκεται στους ξένους εισβολείς.
Όσον αφορά τη δομή αντισώματος, τα άνω άκρα και των δύο συνόλων αλυσίδων στην περιοχή Fab είναι γνωστά ως θέση σύνδεσης αντιγόνου. Αυτές οι θέσεις σύνδεσης είναι η περιοχή της μεγαλύτερης διακύμανσης μεταξύ οποιωνδήποτε δύο τύπων αντισωμάτων. Αυτό συμβαίνει επειδή το αντίσωμα θα χρησιμοποιήσει τις θέσεις σύνδεσης για να προσκολληθεί στο αντιγόνο που σχεδιάστηκε για να στοχεύσει.
Τα άκρα των ελαφριών αλυσίδων μπορούν να ταξινομηθούν είτε ως κάππα είτε ως λάμδα στα θηλαστικά, ενώ τα χαμηλότερα σπονδυλωτά έχουν επίσης μια μορφή γιούτας. Το μακιγιάζ της βαριάς αλυσίδας καθορίζει την υποκατηγορία του αντισώματος. Αυτές οι βαριές αλυσίδες μπορεί να διαφέρουν σε μέγεθος και σύνθεση. Ορισμένα αποτελούνται από περίπου 450 αμινοξέα ενώ άλλα έχουν περίπου 550.
Το άκρο κάθε τύπου αντισώματος αποτελείται από περίπου 110 έως 130 αμινοξέα. Αυτές οι συμβουλές χωρίζονται σε δύο περιοχές. Η υπερμεταβλητή περιοχή (HV) περιέχει την μεγαλύτερη ποικιλία στα αμινοξέα, ενώ η περιοχή πλαισίου (FR) είναι πιο σταθερή και σταθερή. Η περιοχή HV έρχεται σε άμεση επαφή με το αντιγόνο. Αυτός είναι ο λόγος για τον οποίο μερικές φορές αναφέρεται ως η συμπληρωματική καθοριστική περιοχή (CDR).
Ενώ το άνω άκρο της δομής αντισώματος συνδέεται με το αντιγόνο, η περιοχή Fc, επίσης γνωστή ως κρυσταλλοποιήσιμη περιοχή, καθορίζει τον τρόπο με τον οποίο το αντίσωμα αντιμετωπίζει το αντιγόνο. Αυτό σημαίνει ότι το αντίσωμα μπορεί να ρυθμίσει και να διεγείρει μια κατάλληλη ανοσοαπόκριση. Οι σταθερές περιοχές μπορούν να χωριστούν σε πέντε κατηγορίες ισοτύπων: Ανοσοσφαιρίνη Μ (IgM), Ανοσοσφαιρίνη G (IgG), Ανοσοσφαιρίνη Ε (IgE), Ανοσοσφαιρίνη D (IgD) και Ανοσοσφαιρίνη Α (IgA). Η σταθερή σύνθεση περιοχής κάθε ισότυπου είναι πανομοιότυπη.