Οι αιτίες της παιδικής παχυσαρκίας σχετίζονται συνήθως με τις επιλογές του τρόπου ζωής, αν και μπορεί επίσης να προκαλούνται από βιολογικούς ή γενετικούς παράγοντες. Η έλλειψη άσκησης και η κακή διατροφή είναι οι πιο συχνές αιτίες αυτής της πάθησης. Η παιδική παχυσαρκία μπορεί να οδηγήσει σε πολλά άλλα προβλήματα υγείας στα παιδιά, συμπεριλαμβανομένων παθήσεων όπως η υψηλή αρτηριακή πίεση, η υψηλή χοληστερόλη και ο διαβήτης. Σύμφωνα με τον Παγκόσμιο Οργανισμό Υγείας, ένα παιδί ή ένας έφηβος θεωρείται παχύσαρκος εάν ο Δείκτης Μάζας Σώματος (ΔΜΣ) είναι μεγαλύτερος από 30.
Γενικά πιστεύεται ότι μία από τις κύριες αιτίες της παιδικής παχυσαρκίας είναι η έλλειψη σωματικής δραστηριότητας. Μια μελέτη του Kaiser Family Foundation του 2005 διαπίστωσε ότι τα περισσότερα παιδιά περνούν κατά μέσο όρο 44.5 ώρες την εβδομάδα είτε βλέποντας τηλεόραση είτε χρησιμοποιώντας υπολογιστή ή κονσόλα παιχνιδιών. Πολλά παιδιά επίσης δεν πηγαίνουν με τα πόδια στο σχολείο και περνούν το μεγαλύτερο μέρος της σχολικής τους ημέρας καθισμένοι πίσω από ένα θρανίο. Αυτά τα παιδιά συνεχίζουν να καταναλώνουν θερμίδες, αλλά δεν καίνε αυτές τις θερμίδες με την άσκηση. Επομένως, οι υπερβολικές θερμίδες μετατρέπονται σε λίπος.
Η παρακολούθηση τηλεόρασης συχνά συμβαδίζει με το σνακ με κενές θερμίδες, μια άλλη από τις κύριες αιτίες της παιδικής παχυσαρκίας. Μελέτες που πραγματοποιήθηκαν στο Πανεπιστήμιο της Βόρειας Καρολίνας δείχνουν ότι το πρόχειρο φαγητό και τα σνακ αποτελούν σχεδόν το ένα τρίτο της μέσης ημερήσιας πρόσληψης θερμίδων των περισσότερων Αμερικανών παιδιών. Σνακ και ποτά με πολλές θερμίδες είναι συχνά διαθέσιμα στα παιδιά από μηχανήματα αυτόματης πώλησης στο σχολείο. Δεδομένου ότι τα σνακ είναι βολικά και συχνά ελκυστικά για τα παιδιά, συχνά γεμίζουν με ανθυγιεινό φαγητό αντί να τρώνε πλήρη θρεπτικά γεύματα.
Μια άλλη κακή επιλογή διατροφής που συμβάλλει στην παιδική παχυσαρκία είναι η συχνή κατανάλωση φαστ φουντ. Για πολλά παιδιά και εφήβους, η μετάβαση σε ένα εστιατόριο γρήγορου φαγητού είναι ο πιο βολικός τρόπος για ένα γρήγορο και φθηνό γεύμα. Η διαφήμιση του γρήγορου φαγητού απευθύνεται συχνά σε παιδιά και εφήβους, και τα μικρά παιδιά μερικές φορές παρασύρονται περισσότερο από την υπόσχεση μιας έκπληξης παιχνιδιού με ένα γεύμα. Το φαγητό στα εστιατόρια γρήγορου φαγητού είναι συνήθως θερμιδικό, παρέχοντας λίπος, πρωτεΐνες και υδατάνθρακες, αλλά στερείται φρέσκων φρούτων και λαχανικών.
Ορισμένες αιτίες παιδικής παχυσαρκίας φαίνεται να συνδέονται με την υγεία της εγκύου μητέρας. Μια μητέρα που καπνίζει ενώ είναι έγκυος έχει περισσότερες πιθανότητες να αποκτήσει παχύσαρκο παιδί, όπως και μια μητέρα που είναι υπέρβαρη κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης της. Μελέτες έχουν επίσης δείξει ότι τα μωρά που θηλάζουν είναι λιγότερο πιθανό να γίνουν παχύσαρκα ή υπέρβαρα.
Οι γενετικές αιτίες της παιδικής παχυσαρκίας μερικές φορές είναι δύσκολο να διαγνωστούν. Σε ορισμένες οικογένειες, οι κακές διατροφικές συνήθειες και ο καθιστικός τρόπος ζωής μεταβιβάζονται από τους γονείς στα παιδιά τους. Ωστόσο, ορισμένα παιδιά έχουν γενετική προδιάθεση για υπέρβαρα. Η έρευνα δείχνει ότι ορισμένα παχύσαρκα παιδιά μοιράζονται μια γενετική ανωμαλία που μπορεί να είναι η αιτία της αύξησης του βάρους τους.