Το ευρύ είδος της γραφής μυστηρίου έχει μια σειρά από υποείδη που έχουν μοναδικά και ανεξάρτητα χαρακτηριστικά. Όλα τα είδη μυστηρίου μοιράζονται τουλάχιστον τη θεμελιώδη μερική κατανόηση του τι συμβαίνει στην ιστορία, έτσι ώστε η πλήρης ιστορία πρέπει να ανακαλυφθεί κατά τη διάρκεια του βιβλίου. Ορισμένα είδη μυστηρίου μπορούν να χωριστούν ανάλογα με τον τύπο του προβλήματος, άλλα ανάλογα με το σκηνικό και άλλα ανάλογα με τα άτομα που λύνουν το πρόβλημα. Υπάρχουν επίσης ορισμένα υποείδη που λειτουργούν συνδυάζοντας το είδος μυστηρίου με ένα άλλο είδος, όπως το ρομαντικό. Περιστασιακά υπάρχουν βιβλία που αψηφούν το είδος, αλλά από τη στιγμή που γίνονται δημοφιλή και επαναλαμβανόμενες πλοκές, αυτά τα κάποτε βιβλία χωρίς είδος γίνονται και τα δικά τους είδη.
Ένας από τους καλύτερους τρόπους για να κατηγοριοποιήσετε τα είδη μυστηρίου είναι ο τύπος του ντετέκτιβ που λύνει την υπόθεση. Τα μυθιστορήματα των ιδιωτικών ερευνητών, για παράδειγμα, είναι ένα δημοφιλές υποείδος μυστηρίου, όπως και τα μυθιστορήματα ερασιτεχνικών ερευνητών. Μερικοί άνθρωποι φτάνουν στο σημείο να προσδιορίζουν το φύλο του ατόμου που λύνει το έγκλημα ως πτυχή του είδους. Κατά κάποιο τρόπο, αυτές οι κατηγορίες συνεπάγονται φυσικά ρυθμίσεις, αλλά σε σειρές μυθιστορημάτων ο λύτης εγκλημάτων ταξιδεύει συνήθως για να προσφέρει νέες προκλήσεις.
Ο χρόνος και ο τόπος όπου συμβαίνει το μυστήριο μπορεί επίσης να θεωρηθεί ως οριστικός ενός υποείδους. Για παράδειγμα, τα ιστορικά μυθιστορήματα μυστηρίου είναι ένα από τα πιο δημοφιλή είδη μυστηρίου. Τα φιλόξενα μυστήρια, που είναι ένα πολύ καλά καθορισμένο είδος μυθιστορήματος, ορίζονται τόσο από τη γυναίκα πρωταγωνίστριά τους όσο και από το σκηνικό της μικρής πόλης. Οι ιστορίες μυστηρίου που διαδραματίζονται στο μακρινό μέλλον συχνά παίρνουν τη μορφή μυστηρίων επιστημονικής φαντασίας, αν και τα στοιχεία επιστημονικής φαντασίας της ιστορίας συχνά επισκιάζουν τα στοιχεία μυστηρίου όταν ορίζουν το είδος του βιβλίου.
Αν και δεν περιλαμβάνουν όλες οι ιστορίες μυστηρίου ένα έγκλημα με την έννοια ότι το πρόβλημα ήταν αντίθετο με το νόμο, οι περισσότερες περιλαμβάνουν ένα είδος προβλήματος που αντιμετωπίζεται σαν έγκλημα. Τα μυστήρια δολοφονιών και οι ιστορίες κάπαρης, για παράδειγμα, θεωρούνται και τα δύο ως είδη. Σε ορισμένες περιπτώσεις, το ίδιο το έγκλημα μπορεί να μην είναι ενάντια στο νόμο, όπως συμβαίνει σε πολλά παιδικά μυστήρια που αφορούν εγκλήματα σε επίπεδο παιδιών. Ένα δανεικό παιχνίδι ή ένας χαμένος σκύλος μπορεί να είναι το έγκλημα σε ένα παιδικό μυστήριο, αλλά οι παιδικοί ντετέκτιβ στα μυθιστορήματα εξίσου συχνά λύνουν μεγάλα εγκλήματα που παρακωλύουν τους τοπικούς νομικούς.
Τέλος, πολλά είδη μυστηρίου χωρίζονται ως προς το στυλ με το οποίο λέγεται η ιστορία. Τα σκληρά αστυνομικά μυθιστορήματα, που συνήθως θεωρούνται νουάρ ιστορίες, λέγονται με πολύ διαφορετικό τρόπο από τα ιστορικά ρομαντικά μυστήρια. Οι διαφορετικοί πολιτισμοί έχουν επίσης διαφορετικές συμβάσεις για τα μυθιστορήματα μυστηρίου, με τα αγγλικά και τα ιαπωνικά είδη μυστηρίου να είναι κάπως διαφορετικά. Σε πολλές περιπτώσεις, μια ιστορία μυστηρίου διασχίζει πολλά είδη και πρέπει να εφευρεθούν νέοι όροι για να αντεπεξέλθουμε σε ιστορίες που αψηφούν το είδος.