Όσοι έχουν δυσανεξία στη γλουτένη συνήθως παρουσιάζουν πολλά διαφορετικά συμπτώματα, γεγονός που καθιστά σημαντικό να καταναλώνουν μόνο προϊόντα διατροφής χωρίς γλουτένη για να εξαλείψουν το πρόβλημα. Μερικά από τα πιο κοινά συμπτώματα δυσανεξίας στη γλουτένη περιλαμβάνουν κατάθλιψη, ευερεθιστότητα, κόπωση και ξαφνικές αλλαγές βάρους. Τα πεπτικά προβλήματα είναι επίσης κοινά μεταξύ εκείνων που υποφέρουν από αυτή την αυτοάνοση διαταραχή, όπως πόνο στο στομάχι, φούσκωμα, δυσκοιλιότητα και κράμπες. Τέλος, οι συχνές λοιμώξεις μπορεί να είναι επίσης σημάδι δυσανεξίας στη γλουτένη, καθώς το ανοσοποιητικό σύστημα είναι συνήθως σε κίνδυνο. Δεδομένου ότι πολλά από αυτά τα συμπτώματα μπορεί να σηματοδοτούν διάφορες διαταραχές, η δυσανεξία στη γλουτένη συνήθως διαγιγνώσκεται μόνο όταν παρατηρούνται σχεδόν όλα σε έναν ασθενή.
Ένα από τα πιο κοινά συμπτώματα δυσανεξίας στη γλουτένη που οι άνθρωποι μπορεί να παραπονιούνται γι ‘αυτό υπερβολική κόπωση. Αυτό δεν προκαλεί έκπληξη, καθώς αυτό το σύμπτωμα είναι ένα από τα πιο παραπονεμένα όταν πρόκειται για οποιαδήποτε ασθένεια, αλλά η δυσανεξία στη γλουτένη συνοδεύεται επίσης από μια σειρά από πρόσθετα σημάδια, όπως η κατάθλιψη και η ευερεθιστότητα. Ένα άλλο από τα πιο συχνά συμπτώματα δυσανεξίας στη γλουτένη είναι η ανεξήγητη αύξηση βάρους όταν ακολουθεί μια δίαιτα που περιλαμβάνει τροφές με γλουτένη, αν και μερικοί άνθρωποι βιώνουν επίσης ξαφνική απώλεια βάρους.
Μερικά από τα πιο συχνά παρατηρούμενα συμπτώματα δυσανεξίας στη γλουτένη έχουν να κάνουν με το πεπτικό σύστημα, κάτι που μπορεί να μην προκαλεί έκπληξη, καθώς ο κύριος ένοχος αυτής της διαταραχής είναι ένα προϊόν διατροφής. Η δυσκοιλιότητα και το επακόλουθο φούσκωμα τείνουν να εμφανίζονται σε όσους υποφέρουν από ευαισθησία στη γλουτένη. Από την άλλη πλευρά, η διάρροια και ο κοιλιακός πόνος παρατηρούνται επίσης συχνά σε άτομα με δυσανεξία στη γλουτένη. Μερικοί άνθρωποι μπορεί να εμφανίσουν διάρροια και δυσκοιλιότητα σε εναλλασσόμενες ημέρες, οδηγώντας σε κράμπες, πόνο στο στομάχι και γενική δυσφορία.
Ενώ η αδυναμία καταπολέμησης πολλών λοιμώξεων μπορεί να φαίνεται άσχετη με αυτήν την ιατρική κατάσταση, είναι στην πραγματικότητα αναμενόμενη, καθώς η δυσανεξία στη γλουτένη έχει ως αποτέλεσμα την καταστροφή της επένδυσης του λεπτού εντέρου. Δεδομένου ότι εδώ βρίσκεται μεγάλο μέρος του ανοσοποιητικού συστήματος του σώματος, δεν πρέπει να προκαλεί έκπληξη το γεγονός ότι τα αντισώματα που κανονικά καταπολεμούν τη μόλυνση είναι σπάνια. Αυτό αφήνει τις βλεννογόνες μεμβράνες, όπως τα μάτια, το στόμα, τα ιγμόρεια και τον κόλπο, στο έλεος των παθογόνων μικροοργανισμών, οδηγώντας συχνά σε συχνά κρυολογήματα και λοιμώξεις που επηρεάζουν τα ιγμόρεια, τον κόλπο, τα μάτια και το ουροποιητικό σύστημα. Επιπλέον, το αναπνευστικό και το πεπτικό σύστημα επηρεάζονται επίσης σε μεγάλο βαθμό από την έλλειψη αντισωμάτων, οδηγώντας σε συχνά προβλήματα στο στομάχι, συμπεριλαμβανομένων των ελκών και των εντερικών διαταραχών. Άλλα φαινομενικά άσχετα συμπτώματα δυσανεξίας στη γλουτένη περιλαμβάνουν στειρότητα σε άνδρες και γυναίκες, ανεπάρκεια βιταμινών, αναιμία, δυσανεξία στη λακτόζη, πονοκεφάλους, εναλλαγές της διάθεσης και πόνους στα οστά και τις αρθρώσεις.