Η θεραπευτική κλωνοποίηση περιλαμβάνει την αντιγραφή κυττάρων και ιστών του σώματος για ιατρική χρήση. Οι συνέπειες της κλωνοποίησης για καταστάσεις τόσο διαφορετικές, όπως η ανεπάρκεια οργάνων και η ελαττωματική λειτουργία των ιστών είναι ελπιδοφόρα, όπως και η αξία για τη συνολική επιστημονική έρευνα. Πολλοί εξέχοντες επιστημονικοί και ιατρικοί οργανισμοί υποστηρίζουν έτσι την κλωνοποίηση κυττάρων, αλλά αρκετοί επικριτές —επιστημονικοί και μη— καταδικάζουν την πρακτική. Υποστηρίζουν ότι η πραγματικότητα της θεραπευτικής κλωνοποίησης δεν ανταποκρίνεται στις υποσχέσεις και σε ορισμένες περιπτώσεις μπορεί να αποδειχθεί επικίνδυνη. Το πιο σημαντικό, λένε οι αντίπαλοι, η θεραπευτική κλωνοποίηση εγείρει ορισμένα σοβαρά ηθικά ερωτήματα σχετικά με τη ζωή και τον θάνατο.
Τα έμβρυα μπορούν να παράγουν μοναδικά βλαστοκύτταρα που είναι ικανά να καλλιεργηθούν σε οποιοδήποτε τύπο κυττάρου οργάνου ή ιστού. Εάν ένας ασθενής έχει κατεστραμμένη καρδιά, τα κλωνοποιημένα κύτταρα θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για τη δημιουργία υγιών παλλόμενων κυττάρων του καρδιακού ιστού. Ένα άτομο που πάσχει από σοβαρά εγκαύματα θα μπορούσε να αντιμετωπιστεί με κλωνοποιημένα κύτταρα δέρματος και όχι με επώδυνες και απρόβλεπτες διαδικασίες μοσχεύματος δέρματος. Εάν ένα άτομο έχει πληγεί από τραυματισμό του νωτιαίου μυελού, τα κλωνοποιημένα νευρικά κύτταρα μπορεί μια μέρα να επιτρέψουν σε αυτό το άτομο να περπατήσει ξανά. Τα προαναφερθέντα είναι μόνο μερικά από τα πιθανά οφέλη που θα μπορούσε να προσφέρει η κλωνοποίηση.
Ακόμη πιο ελπιδοφόρο, η πιθανότητα απόρριψης σε μεταμοσχεύσεις οργάνων μειώνεται σημαντικά, επειδή τα πρόσφατα κλωνοποιημένα όργανα θα προέρχονταν από τα ίδια τα κύτταρα του πάσχοντος ατόμου. Η πρόοδος της ανθρώπινης κλωνοποίησης πολλαπλασιάζεται κάθε χρόνο, αλλά οι επιστήμονες έχουν ήδη επιτύχει κάποια επιτυχία στην κλωνοποίηση χοίρων ή άλλων ζωικών ιστών για ιατρικούς σκοπούς. Δεδομένου ότι οι χοίροι διαθέτουν παρόμοιο σύστημα οργάνων με τον άνθρωπο, τα θηλαστικά είναι ιδανικοί υποψήφιοι για βασική έρευνα, ακόμη και για μεταμοσχεύσεις οργάνων.
Οι υποστηρικτές υποστηρίζουν τη χρήση της κλωνοποίησης σε νοσοκομειακά περιβάλλοντα, αλλά η δυνατότητα για συνολική ιατρική έρευνα είναι ακόμη πιο δελεαστική. Η ανάπτυξη των κυττάρων είναι ένας κρίσιμος κρίκος για την κατανόηση πολύπλοκων καταστάσεων όπως οι γενετικές ανωμαλίες και ο καρκίνος. Εάν τα κλωνοποιημένα κύτταρα παρέχουν στους επιστήμονες καλύτερη κατανόηση της φυσιολογικής κυτταρικής ανάπτυξης, τότε κατ’ επέκταση θα αποκτήσουν επίσης γνώση για τα αίτια της ανώμαλης κυτταρικής ανάπτυξης πίσω από πολλά ελαττώματα και καρκίνους. Επιπλέον, τα κλωνοποιημένα κύτταρα θα μπορούσαν να επιτρέψουν τον χειρισμό – και την πιθανή εξάλειψη – των γενετικών ασθενειών.
Ωστόσο, τα στοιχεία από ορισμένους από τους κορυφαίους επιστήμονες του κλάδου υποδηλώνουν ορισμένα σοβαρά μειονεκτήματα στη θεραπευτική κλωνοποίηση. Στην πραγματικότητα, πολλές ασκήσεις ιατρικής κλωνοποίησης δεν είναι επιτυχείς. Ένας μεγάλος αριθμός κλωνοποιημένων κυττάρων περιέχει ελαττώματα, τα οποία τελικά ανατρέπουν τον ίδιο τους τον σκοπό ως παράγοντες θεραπείας. Ακόμη και πολλοί πλήρως κλωνοποιημένοι οργανισμοί παρουσιάζουν σημαντικά ελαττώματα και πεθαίνουν πρόωρα. Η χρήση κυττάρων από κλωνοποιημένους οργανισμούς μπορεί να δημιουργήσει ψεύτικες ελπίδες και, πιθανώς, εσφαλμένες θεραπείες.
Ενώ οι ιατρικές ανησυχίες είναι έγκυρες, αναμφισβήτητα η πιο σημαντική φωνή διαφωνίας για την κλωνοποίηση οποιουδήποτε τύπου προκύπτει από άτομα που αφορούν την κλωνοποίηση εμβρύων. Ακριβώς όπως οι υποστηρικτές και οι πολέμιοι των αμβλώσεων διχάζονται σχετικά με το πότε αρχίζει η ζωή, το ίδιο ερώτημα πυροδοτεί παθιασμένη συζήτηση γύρω από την κλωνοποίηση. Οι επικριτές υποστηρίζουν ότι τα κλωνοποιημένα έμβρυα δεν πρέπει να χρησιμοποιούνται για ιατρικά πειράματα επειδή είναι βιώσιμα έμβια όντα με τα δικά τους δικαιώματα. Το έμβρυο έχει DNA και πλήρες γονιδίωμα. έχει όλες τις δυνατότητες να μεγαλώσει σε ώριμο ανθρώπινο έμβρυο.
Τα πιθανά προβλήματα που δημιουργεί η θεραπευτική κλωνοποίηση και η κλωνοποίηση στο σύνολό τους μπορούν να ληφθούν περαιτέρω. Τα θρησκευόμενα άτομα μπορεί να αισθάνονται ότι η κλωνοποίηση παρεμβαίνει σε θέματα δημιουργίας καλύτερα να αφεθούν στα πνευματικά όντα ή στη φύση. Εάν η πλήρης ανθρώπινη κλωνοποίηση καρποφορήσει, οι οργανισμοί που προκύπτουν μπορεί να απογυμνωθούν από την ατομικότητα και να χρησιμοποιηθούν ως απλά συστήματα συλλογής οργάνων για τους δότες τους. Τέτοιες ανησυχίες έχουν οδηγήσει πολλές περιοχές να απαγορεύσουν τις πρακτικές κλωνοποίησης.