Με την πρώτη ματιά, ειδικά για το μη εκπαιδευμένο μάτι, είναι δύσκολο να δούμε οποιαδήποτε διαφορά μεταξύ φώκιας και θαλάσσιων λιονταριών. Παρόλο που αυτά τα δύο ζώα μοιάζουν, ωστόσο, υπάρχουν μεγάλες διαφορές στη φυσική τους σύνθεση, την κοινωνική οργάνωση και ακόμη και στην οικογενειακή τους κατάταξη.
Παρά την εμφάνισή τους, τα δύο ζώα δεν έχουν πολύ στενή σχέση μεταξύ τους. Οι φώκιες προέρχονται από την οικογένεια Phocidae, ενώ τα θαλάσσια λιοντάρια από την οικογένεια Otariidae. Τα θαλάσσια λιοντάρια είναι πιο στενά συνδεδεμένα με τα κέδρια, παρόλο που είναι πολύ πιο εύκολο να τα διαφοροποιήσουμε, κοιτάζοντάς τα απλά.
Μια από τις μεγαλύτερες φυσικές διαφορές μεταξύ θαλάσσιων λιονταριών και φώκιων είναι τα αυτιά τους. Στην πραγματικότητα, ως μέλη της τάξης Pinniped, στην οποία ανήκουν και οι δύο, ονομάζονται είτε αληθινές σφραγίδες είτε σφραγίδες με αυτιά. Τα θαλάσσια λιοντάρια, οι φώκιες με τα αυτιά, έχουν εξωτερικά πτερύγια αυτιών που βρίσκονται εκατέρωθεν του κεφαλιού τους και καλύπτουν το πραγματικό άνοιγμα του αυτιού. Οι φώκιες, από την άλλη πλευρά, δεν έχουν πτερύγια αυτιών. Έχουν μικροσκοπικές τρύπες και στις δύο πλευρές του κεφαλιού τους από τις οποίες ακούγονται, αλλά αυτές είναι ελάχιστα ορατές χωρίς στενή επιθεώρηση.
Μια άλλη σημαντική διαφορά είναι στα βατραχοπέδιλά τους. Τα θαλάσσια λιοντάρια έχουν μεγάλα μπροστινά βατραχοπέδιλα που βοηθούν στην εξισορρόπηση του βαρύ σώματός τους. Έχουν επίσης πτερύγια πλάτης που μπορούν εύκολα να περιστρέφονται όταν βρίσκονται στην ξηρά. Αυτά τους επιτρέπουν να περπατούν κάπως χαριτωμένα. Οι σφραγίδες έχουν πολύ μικρότερα μπροστινά πτερύγια που δεν προσφέρουν μόχλευση ή ισορροπία. Τα πίσω βατραχοπέδιλά τους δεν περιστρέφονται, καθιστώντας τα ανίκανα να περπατήσουν με χάρη καθόλου στη στεριά. Αντίθετα, όταν είναι έξω από το νερό, οι φώκιες πρέπει να γλιστρήσουν κατά μήκος με εξαιρετικά άβολο τρόπο.
Η τελευταία και πιο σημαντική διαφορά μεταξύ αυτών των ζώων είναι η κοινωνική τους οργάνωση. Τα θαλάσσια λιοντάρια είναι αγέρωχα και προτιμούν να ζουν σε μεγάλες ομάδες συνήθως του ίδιου φύλου. Τα αρσενικά και τα θηλυκά τείνουν να απολαμβάνουν ο ένας την παρέα του άλλου κατά τη διάρκεια της περιόδου ζευγαρώματος, ξεκινώντας από τις αρχές Ιουνίου. Οι φώκιες δεν είναι τόσο κοινωνικές, αν και τα θηλυκά τείνουν να συγκεντρώνονται σε ομάδες κατά τη διάρκεια της περιόδου ζευγαρώματος για να προστατευτούν από ανταγωνιστικά αρσενικά που ψάχνουν να ζευγαρώσουν.