Μια χαμηλή βασική θερμοκρασία σώματος είναι συνήθως μια ένδειξη κάτω από περίπου 96°F (35.6°C). Η θερμοκρασία θα πρέπει να μετράται σε ηρεμία, αμέσως μετά το ξύπνημα, για να είναι ακριβής. Το αποτέλεσμα υποδεικνύει τον μεταβολικό ρυθμό του ατόμου, επομένως μια χαμηλή θερμοκρασία σώματος μπορεί να σηματοδοτεί υποθυρεοειδισμό, ο οποίος συχνά οδηγεί σε παρενέργειες που περιλαμβάνουν ξηροδερμία, κατάθλιψη και κόπωση. Για τις περισσότερες γυναίκες, ωστόσο, αυτό θεωρείται φυσιολογικό για τουλάχιστον ένα μέρος του μήνα, επειδή το σώμα τείνει να έχει χαμηλότερη θερμοκρασία πριν την ωορρηξία ως μέρος του διφασικού σχεδίου. Αυτό τείνει να συμβαίνει κατά τη διάρκεια της εμμήνου ρύσεως – οπότε οι τυπικές επιπτώσεις της χαμηλής θερμοκρασίας θα μπορούσαμε να πούμε ότι περιλαμβάνουν κολπική αιμορραγία, κόπωση και εναλλαγές της διάθεσης – αν και η χαμηλή θερμοκρασία είναι περισσότερο αποτέλεσμα ορμονικών αλλαγών παρά μια κατάσταση που προκαλεί άλλες επιπτώσεις.
Μερικοί άνθρωποι παρακολουθούν τη βασική θερμοκρασία του σώματός τους τακτικά, συνήθως χρησιμοποιώντας ένα θερμόμετρο κάθε πρωί πριν σηκωθούν από το κρεβάτι. Η μέτρηση της θερμοκρασίας την ίδια ώρα κάθε μέρα τείνει να έχει τα πιο ακριβή αποτελέσματα και οι περισσότεροι ιατροί συμβουλεύουν τους ασθενείς να καταγράφουν τη θερμοκρασία για τουλάχιστον τρεις συνεχόμενες ημέρες για να παρατηρήσουν ένα μοτίβο. Αυτό συμβαίνει επειδή μια τυχαία χαμηλή θερμοκρασία μπορεί να μην σημαίνει πολλά ή μπορεί να είναι αποτέλεσμα μιας ιδιαίτερα κρύας νύχτας, αλλά οι θερμοκρασίες που είναι συνεχώς χαμηλότερες από τον μέσο όρο μπορεί να σηματοδοτούν πρόβλημα υγείας. Για παράδειγμα, δεδομένου ότι ο μεταβολικός ρυθμός καθορίζεται από τον αριθμό των ορμονών που απελευθερώνει ο θυρεοειδής αδένας, η χαμηλή βασική θερμοκρασία του σώματος μπορεί να υποδηλώνει υποθυρεοειδισμό.
Ένας υπολειτουργικός θυρεοειδής αδένας προκαλεί μια σειρά από συμπτώματα, αλλά πολλοί άνθρωποι μένουν αδιάγνωστοι επειδή οι επιπτώσεις συχνά αποδίδονται σε άλλα ζητήματα. Για παράδειγμα, πολλοί ασθενείς παραπονιούνται για πονοκεφάλους, ξηροδερμία, κατάθλιψη, κόπωση, αύξηση βάρους και ευαισθησία στο κρύο. Οι γυναίκες με υποθυρεοειδισμό μπορεί επίσης να παρατηρήσουν ακανόνιστους εμμηνορροϊκούς κύκλους. Εάν αυτή η κατάσταση αφεθεί χωρίς θεραπεία για χρόνια, οι ασθενείς μπορεί να υποφέρουν από αργή ομιλία, παχύ δέρμα και αδυναμία γεύσης ή όσφρησης τόσο αποτελεσματικά όσο συνήθως.
Για πολλές γυναίκες, ωστόσο, η χαμηλή βασική θερμοκρασία σώματος είναι φυσιολογική, αρκεί να είναι μόνο για περίπου το μισό μήνα. Αυτό συμβαίνει επειδή ο εμμηνορροϊκός κύκλος χρησιμοποιεί ένα διφασικό μοτίβο στο οποίο η θερμοκρασία του σώματος είναι χαμηλή τις δύο πρώτες εβδομάδες του κύκλου και υψηλότερη κατά το δεύτερο μισό. Τα υψηλά επίπεδα οιστρογόνων είναι συνήθως ο ένοχος πριν από την ωορρηξία, γι’ αυτό και η θερμοκρασία αυξάνεται αμέσως μετά την ωορρηξία του σώματος, όταν η προγεστερόνη αναλαμβάνει. Επομένως, η χαμηλή θερμοκρασία μπορεί να συνοδεύεται τόσο από κολπική αιμορραγία όσο και από συμπτώματα προεμμηνορροϊκού συνδρόμου (PMS), όπως κόπωση, εναλλαγές της διάθεσης και φούσκωμα.