Η απαλλαγή από τα στοματικά έλκη δεν είναι πάντα δυνατή. Μάλιστα, σύμφωνα με πολλούς ειδικούς, ο μόνος τρόπος για να απαλλαγείτε από τα στοματικά έλκη στις περισσότερες περιπτώσεις είναι να τα αφήσετε να επουλωθούν μόνα τους. Μερικές φορές είναι δυνατό να μειωθεί η σοβαρότητα των στοματικών ελκών με τη χρήση αντιισταμινικών και είναι δυνατό να αντιμετωπιστεί ο πόνος με τη χρήση προϊόντων που μουδιάζουν το στόμα. Σε ορισμένες περιπτώσεις, τα στοματικά έλκη μπορεί να είναι σημάδι μιας σοβαρής ασθένειας όπως ο καρκίνος του στόματος και τα στοματικά έλκη από αυτές τις πηγές μπορεί να μην επουλωθούν καθόλου χωρίς δραστικά μέτρα θεραπείας.
Η διαδικασία απαλλαγής από τα στοματικά έλκη γενικά περιπλέκεται από το γεγονός ότι υπάρχουν πολλές διαφορετικές πιθανές αιτίες. Για παράδειγμα, τα στοματικά έλκη μπορεί δυνητικά να προκληθούν από τον ιό του έρπητα, τον καρκίνο και τις βακτηριακές λοιμώξεις. Επιπλέον, ένας από τους πιο συνηθισμένους τύπους στοματικού έλκους είναι η πληγή και η πραγματική αιτία εξακολουθεί να συζητείται. Για τις περισσότερες από τις κοινές αιτίες του στοματικού έλκους, δεν υπάρχουν εγγυημένες θεραπείες που θα λειτουργήσουν – ωστόσο, υπάρχουν προληπτικά μέτρα.
Πολλοί ειδικοί πιστεύουν ότι ορισμένα στοματικά έλκη μπορούν να προληφθούν χρησιμοποιώντας τις καλύτερες δυνατές πρακτικές στοματικής υγιεινής. Αυτό θα περιλαμβάνει γενικά το βούρτσισμα των δοντιών σε τακτική βάση μαζί με το νήμα και τη χρήση στοματικών πλύσεων. Μερικές φορές οι άνθρωποι μπορούν επίσης να επιταχύνουν τη διαδικασία απαλλαγής από τα στοματικά έλκη χρησιμοποιώντας αντιβακτηριακά στοματικά διαλύματα, αλλά αυτό είναι γενικά χρήσιμο μόνο εάν τα έλκη σχετίζονται με βακτηριακή λοίμωξη. Οι ειδικοί έχουν επίσης εντοπίσει μια πιθανή σύνδεση μεταξύ ορισμένων στοματικών ελκών και της χρήσης οδοντόκρεμων που περιέχουν μια χημική ουσία που ονομάζεται λαυρυλοθειικό νάτριο, επομένως ορισμένοι πάσχοντες επιλέγουν να αποφεύγουν τις επωνυμίες με τη χημική ουσία.
Οι περισσότερες από τις θεραπείες του στοματικού έλκους που χορηγούνται χωρίς ιατρική συνταγή δεν είναι πραγματικά χρήσιμες ως θεραπείες. Εστιάζουν κυρίως στην αντιμετώπιση των συμπτωμάτων. Μια κοινή προσέγγιση είναι η προστασία του έλκους με κάποιο είδος επικάλυψης ενώ ταυτόχρονα μουδιάζει την περιοχή για την αντιμετώπιση του πόνου. Πολλοί άνθρωποι που υποφέρουν από στοματικά έλκη ισχυρίζονται ότι αυτός ο συνδυασμός θεραπειών κάνει καλή δουλειά στην αντιμετώπιση της δυσφορίας.
Τα περισσότερα στοματικά έλκη γενικά υποχωρούν μέσα σε λίγες εβδομάδες από μόνα τους και μερικές φορές πολύ νωρίτερα. Οι γιατροί προτείνουν συνήθως ότι οι άνθρωποι πρέπει να ανησυχούν εάν τα στοματικά έλκη παραμείνουν για περισσότερες από 21 ημέρες. Αυτό θα μπορούσε ενδεχομένως να είναι ένα σημάδι ότι το στοματικό έλκος προκαλείται από καρκίνο ή κάποιο άλλο δυνητικά σοβαρό πρόβλημα.