Το παραδοσιακό πέστο βασιλικού περιέχει πολύ λίπος από πρόσθετο ελαιόλαδο, τυρί και ξηρούς καρπούς. Αν και τα λίπη από το λάδι και τους ξηρούς καρπούς είναι ακόρεστα και γενικά θεωρούνται υγιεινά για την καρδιά, ένας μάγειρας μπορεί να θέλει να ετοιμάσει ένα υγιεινό πέστο με λιγότερα λιπαρά και λιγότερες θερμίδες, παραλείποντας μερικά ή όλα τα συστατικά με υψηλή περιεκτικότητα σε λιπαρά. Ένας μάγειρας μπορεί επίσης να αφήσει έξω το τυρί ή να αντικαταστήσει μια έκδοση με χαμηλότερα λιπαρά για ένα πιο υγιεινό πέστο. Εάν δεν υπάρχει βασιλικός, μπορεί να τον αντικαταστήσει με άλλα χόρτα, όπως άργουλα ή κατσαρό λάχανο.
Συνήθως στο πέστο προστίθενται ξηροί καρποί όπως κουκουνάρι ή καρύδια για γεύση και υφή. Οι ξηροί καρποί προσθέτουν τόσο λίπος όσο και λίγη πρωτεΐνη στο πιάτο. Για να φτιάξετε ένα υγιεινό πέστο, ο μάγειρας μπορεί να θέλει να μειώσει την ποσότητα των ξηρών καρπών που προστίθενται στη συνταγή. Για παράδειγμα, εάν μια συνταγή απαιτεί ένα 1/4 φλιτζάνι (25 γραμμάρια) κουκουνάρι, μπορεί να μειώσει την ποσότητα σε 2 κουταλιές της σούπας (12 γραμμάρια). Τα καρύδια έχουν υψηλή περιεκτικότητα σε ωμέγα-3 λιπαρά οξέα, επομένως ένας μάγειρας μπορεί να θέλει να τα χρησιμοποιήσει αντί για κουκουνάρια.
Για να μειώσει ακόμη περισσότερο τις θερμίδες στο υγιεινό πέστο, ένας μάγειρας μπορεί να θέλει να μειώσει την ποσότητα παρμεζάνας ή άλλου σκληρού, ισχυρού τυριού που χρησιμοποιείται. Ένας μάγειρας μπορεί να κάνει το πέστο βίγκαν αντικαθιστώντας την παρμεζάνα με μαλακό ή μεταξωτό τόφου. Μπορεί επίσης να χρησιμοποιήσει άπαχο τυρί ρικότα μαζί με μια μικρή ποσότητα παρμεζάνας. Η ρικότα ή το τόφου θα δώσει στη σάλτσα μια ώθηση πρωτεΐνης επίσης. Για μια πιο γευστική εκδοχή, μπορεί να δοκιμάσει να αντικαταστήσει το κατσικίσιο τυρί με την παρμεζάνα και το ελαιόλαδο.
Το λάδι σε πολλές συνταγές με πέστο μπορεί επίσης να μειωθεί έως και στο μισό για να μειωθούν οι θερμίδες και το λίπος. Για να αναπληρώσει τη μείωση του λαδιού, ο μάγειρας θα χρειαστεί να προσθέσει άλλο υγρό. Το νερό μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να αραιώσει το πέστο. Ο χυμός λεμονιού θα προσθέσει λίγη πινελιά στη σάλτσα. Εάν μειώσει την ποσότητα του ελαιολάδου, ένας μάγειρας θα πρέπει να χρησιμοποιήσει το καλύτερο λάδι που μπορεί να βρει για να βεβαιωθεί ότι η γεύση του λάμπει.
Το υγιεινό πέστο δεν περιορίζεται μόνο στα φύλλα βασιλικού. Μερικοί μάγειρες αντικαθιστούν τον βασιλικό με μαϊντανό, ειδικά τους χειμερινούς μήνες που μπορεί να μην υπάρχει φρέσκος βασιλικός. Μια άλλη επιλογή είναι να χρησιμοποιήσετε ρόκα, που δίνουν στο πέστο μια πιπεράτη γεύση. Για περισσότερα θρεπτικά συστατικά, ένας μάγειρας μπορεί να προσθέσει μια χούφτα λάχανο στο πέστο μαζί με τον βασιλικό.