Το κλάδεμα του μελισσόχορτου είναι σημαντικό γιατί βοηθά το φυτό να παραμείνει υγιές και το εμποδίζει να μετατρέψει ένα τμήμα της αυλής σε μια αδιάβατη ερημιά. Αυτά τα φυτά αναπτύσσονται γρήγορα και μπορούν εύκολα να καταλάβουν μια περιοχή σε σημείο που το φυτό μερικές φορές θεωρείται ζιζάνιο ή ανεπιθύμητο, χωροκατακτητικό φυτό. Παρόλα αυτά, το μελισσόχορτο είναι ένα όμορφο φυτό με πολλά αρωματικά λουλούδια και μπορεί να είναι μια ευχάριστη προσθήκη σε μια αυλή ή βεράντα αρκεί να κλαδευτεί σωστά. Το μελισσόχορτο μπορεί να κλαδευτεί πολλές διαφορετικές εποχές του χρόνου, αλλά θα πρέπει να το αφήνουμε μόνο του όσο ανθίζει. Κλαδεύοντας το μελισσόχορτο κάθε χρόνο, ένας κηπουρός μπορεί να αφαιρέσει τα αντιαισθητικά κλαδιά και μέρη του φυτού που έχουν αρρωστήσει, βοηθώντας το φυτό να αναπτύξει νέα κλαδιά και πολλά όμορφα λουλούδια.
Για να κλαδέψουμε σωστά ένα μελισσόχορτο πρέπει πρώτα να ξεμπλέξουμε τα κλήματα. Το φυτό τα καταφέρνει καλύτερα όταν τα πάνω μέρη των κλαδιών κλαδεύονται και τα κάτω μέρη μένουν μόνα τους. Αν το φυτό κλαδευτεί χωρίς να ξεμπερδέψει πρώτα τα κλήματα, μπορεί εύκολα να κλαδευτεί πολύ κοντά στο έδαφος. Το κλάδεμα του μελισσόχορτου πολύ κοντά στο έδαφος δεν θα σκοτώσει το φυτό επειδή είναι δυνατό να το κλαδέψετε σε απόσταση λίγων μόνο μέτρων (ένα μέτρο περίπου) πάνω από το έδαφος. Ωστόσο, μειώνει τον αριθμό των ανθέων που παράγει το φυτό την επόμενη καλλιεργητική περίοδο.
Δεν χρειάζεται να κόβεται όλο το αγιόκλημα κάθε χρόνο, αλλά το φυτό πρέπει να διατηρείται τακτοποιημένο για τον χώρο που βρίσκεται. έτος. Ωστόσο, όλα τα κλαδιά που είναι νεκρά ή παρουσιάζουν σημάδια ασθένειας θα πρέπει να αποκοπούν, έτσι ώστε το φυτό να μπορεί να χρησιμοποιήσει την ενέργειά του για να παράγει νέα, υγιή ανάπτυξη αντί για να επισκευάσει κατεστραμμένα τμήματα αμπέλου.
Κατά το κλάδεμα του μελισσόχορτου πρέπει να λαμβάνεται υπόψη η εποχή του χρόνου. Το ολλανδικό μελισσόχορτο πρέπει να κλαδεύεται αφού το φυτό έχει τελειώσει την ανθοφορία για το έτος, συνήθως το καλοκαίρι. Το ιαπωνικό μελισσόχορτο μπορεί να κλαδευτεί μόλις αρχίσει να αναδύεται η πρώτη νέα ανάπτυξη της άνοιξης. Το μελισσόχορτο μπορεί να κλαδευτεί και το χειμώνα, ενώ το φυτό είναι αδρανές. Δεν είναι ποτέ καλή ιδέα να κλαδεύετε το φυτό ενώ ανθίζει, καθώς αυτό μπορεί να προκαλέσει το αγιόκλημα να εκτρέψει την ενέργειά του στην παραγωγή αμπέλων και φύλλων αντί για λουλούδια.