Η ενδοφλέβια (IV) χορήγηση αντιβιοτικών είναι ένα γρήγορο και αποτελεσματικό μέσο για την επίτευξη συστηματικών θεραπευτικών επιπέδων φαρμακευτικής αγωγής, συνήθως επαρκείς για την αποτελεσματική καταπολέμηση μιας λοίμωξης. Τα αντιβιοτικά IV που περιέχονται σε μικρούς IV σάκους γνωστούς ως piggybacks, χορηγούνται μέσω ενός δευτερεύοντος σετ σωλήνωσης που είναι συνδεδεμένο σε μια γραμμή χορήγησης IV υγρού ή απευθείας σε μια κλειστή κεφαλή IV καθετήρα. Είτε χορηγείται σε εσωτερικούς ασθενείς στο νοσοκομείο είτε — όλο και περισσότερο — σε ασθενείς που αναρρώνουν στο σπίτι, αυτή η μορφή αντιβιοτικών έχει υψηλότερη πιθανότητα τόσο για παρενέργειες όσο και για επιπλοκές, οι οποίες προέρχονται από την ταχεία έγχυση, τους τύπους των αντιβιοτικών που χρησιμοποιούνται και τη συνολική υγεία του ασθενούς. Οι παρενέργειες μπορεί να περιλαμβάνουν ναυτία, εξανθήματα, κνησμό, διάρροια και μολύνσεις ζύμης.
Ως κατηγορία φαρμάκων, τα αντιβιοτικά γενικά έχουν σχετικά υψηλή συχνότητα παρενεργειών στον πληθυσμό. Μία από τις πιο συχνές είναι μια αλλεργική αντίδραση, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε κνησμό και κνίδωση ή ακόμα και σε δυνητικά θανατηφόρο επεισόδιο αναφυλακτικού σοκ, που χαρακτηρίζεται από οίδημα του αεραγωγού του ασθενούς και αδυναμία αναπνοής. Αλλεργικές αντιδράσεις μπορεί να εμφανιστούν την πρώτη φορά που ένας ασθενής παίρνει ένα δεδομένο φάρμακο ή μπορεί να εμφανιστεί μετά από πολλαπλές εκθέσεις ή χορηγήσεις χωρίς προβλήματα. Η ταχεία και συστηματική χορήγηση αντιβιοτικών IV σημαίνει ότι οι αλλεργικές παρενέργειες μπορεί να εμφανιστούν πολύ γρήγορα και με σοβαρές συνέπειες.
Οι περισσότερες παρενέργειες των αντιβιοτικών έχουν να κάνουν με τις επιδράσεις τους στα συστήματα του σώματος που δεν επηρεάζονται από τη στοχευμένη μόλυνση. Δυστυχώς, αυτά τα φάρμακα δεν μπορούν να διακρίνουν μεταξύ των «καλών» μικροβίων που είναι απαραίτητα για τη σωστή λειτουργία του γαστρεντερικού συστήματος (GI) και των «κακών» μικροβίων που προκαλούν τη νόσο του ασθενούς. Ως αποτέλεσμα, οι κοινές παρενέργειες των αντιβιοτικών που χορηγούνται με IV περιλαμβάνουν γαστρεντερικές διαταραχές, διάρροια, μολύνσεις ζύμης και στοματικές μολύνσεις ζύμης, γνωστές ως τσίχλα. Οι ανεπιθύμητες ενέργειες ποικίλλουν επίσης ανάλογα με την οικογένεια ταξινόμησης του αντιβιοτικού, αν και ορισμένες είναι μοναδικές για συγκεκριμένα φάρμακα. Τα αντιβιοτικά της οικογένειας των τετρακυκλινών – συμπεριλαμβανομένης της τετρακυκλίνης, της δοξυκυκλίνης και της μινοκυκλίνης – είναι γνωστό ότι προκαλούν ηλιακά εγκαύματα με ελάχιστη έκθεση στον ήλιο.
Τα IV αντιβιοτικά έχουν μεγαλύτερη πιθανότητα επιπλοκών από αυτά που χορηγούνται από το στόμα. Η θέση του IV σωληνίσκου προσφέρει μεγαλύτερη πιθανότητα εντοπισμένης ή συστηματικής μόλυνσης λόγω της διακοπής του δερματικού φραγμού. Μπορεί να αναπτυχθεί φλεβίτιδα ή ερεθισμός της φλέβας που χρησιμοποιείται για την ενδοφλέβια χορήγηση. Ορισμένα αντιβιοτικά μπορούν επίσης να προκαλέσουν κυτταρίτιδα εάν το φάρμακο διαρρεύσει και ερεθίσει τον περιβάλλοντα ιστό.