Υπάρχουν πολλοί διαφορετικοί τύποι διαταραχών του ανοσοποιητικού συστήματος και συνήθως κατηγοριοποιούνται σε δύο υπο-τύπους. Οι συστημικές ανοσοποιητικές διαταραχές περιγράφουν μια κατάσταση όπου η διαταραχή του ανοσοποιητικού επηρεάζει περισσότερα από ένα όργανα στο σώμα, ενώ οι εντοπισμένες ανοσοποιητικές διαταραχές συνήθως επηρεάζουν μόνο ένα όργανο. Μερικοί από τους πιο κοινούς τύπους συστηματικών διαταραχών του ανοσοποιητικού περιλαμβάνουν τη ρευματοειδή αρθρίτιδα και τον λύκο. Οι συνήθεις τύποι εντοπισμένων διαταραχών του ανοσοποιητικού περιλαμβάνουν τον σακχαρώδη διαβήτη, τη σκλήρυνση κατά πλάκας και τη νόσο του Addison. Οι διαταραχές του ανοσοποιητικού συστήματος συνήθως περιγράφουν ασθένειες όπου το ανοσοποιητικό σύστημα στοχεύει και καταστρέφει λανθασμένα τον υγιή ιστό μέσα στο σώμα, αν και ορισμένες ανοσολογικές διαταραχές περιλαμβάνουν εξασθενημένο ανοσοποιητικό σύστημα.
Η ρευματοειδής αρθρίτιδα είναι μια πάθηση που συνήθως προκαλεί φλεγμονή και επιδείνωση των αρθρώσεων. Μπορεί να αναπτυχθεί σε οποιεσδήποτε αρθρώσεις του σώματος, αλλά πιο συχνά επηρεάζει τα χέρια και τους καρπούς. Η ακριβής αιτία της ρευματοειδούς αρθρίτιδας είναι άγνωστη, αλλά πιστεύεται ότι προκαλείται από βακτηριακές λοιμώξεις στις αρθρώσεις ή στον ιστό που περιβάλλει τις αρθρώσεις. Μπορεί να επηρεάσει άτομα οποιασδήποτε ηλικιακής ομάδας, αν και είναι πιο συχνή σε άτομα άνω των 30 ετών και φαίνεται να είναι πιο συχνή στις γυναίκες παρά στους άνδρες. Η ρευματοειδής αρθρίτιδα είναι μια μη μεταδοτική συστηματική ανοσολογική διαταραχή και μόλις το ανοσοποιητικό σύστημα αρχίσει να επιτίθεται στον ιστό των αρθρώσεων, συνήθως εξαπλώνεται και μπορεί επίσης να επιτεθεί σε υγιή ιστό στους πνεύμονες και σε άλλα όργανα.
Ο λύκος είναι ένας άλλος τύπος συστηματικής ανοσολογικής διαταραχής και όπως η ρευματοειδής αρθρίτιδα, είναι επίσης πιο συχνός στις γυναίκες παρά στους άνδρες. Δεν πιστεύεται ότι είναι μεταδοτική και η ακριβής αιτία της νόσου δεν έχει προσδιοριστεί. Ορισμένες έρευνες φαίνεται να δείχνουν ότι ο λύκος μπορεί τουλάχιστον εν μέρει να οφείλεται σε γενετική, καθώς τα άτομα που έχουν συγγενείς που πάσχουν από τη νόσο έχουν υψηλότερο κίνδυνο να προσβληθούν οι ίδιοι από τον λύκο. Μερικοί ερευνητές πιστεύουν ότι μπορεί να υπάρχει ένα περιβαλλοντικό έναυσμα που προκαλεί την εμφάνιση του λύκου. Το κάπνισμα και η έκθεση στο υπεριώδες φως πιθανώς συνδέονται με τη νόσο.
Η σκλήρυνση κατά πλάκας (ΣΚΠ) είναι μια διαταραχή του ανοσοποιητικού που επηρεάζει κυρίως το νευρικό σύστημα. Θεωρείται μια εντοπισμένη διαταραχή, αλλά επειδή προσβάλλει το νευρικό σύστημα, τα συμπτώματα μπορεί να εκδηλωθούν σε πολλά μέρη του σώματος. Η ΣΚΠ είναι μια ασθένεια που προκαλεί το ανοσοποιητικό σύστημα να επιτίθεται στην προστατευτική επικάλυψη των νεύρων. Η σοβαρότητα της νόσου ποικίλλει πολύ από το ένα άτομο στο άλλο, αλλά σε πολύ ακραίες περιπτώσεις, οι πάσχοντες μπορεί να μην μπορούν να περπατήσουν ή να μιλήσουν. Επί του παρόντος δεν υπάρχει θεραπεία για τη σκλήρυνση κατά πλάκας.
Η διαταραχή επίκτητης ανοσοανεπάρκειας (AIDS) είναι ένας εντελώς διαφορετικός τύπος ανοσολογικής διαταραχής. Το AIDS δεν χαρακτηρίζεται από το ότι το ανοσοποιητικό σύστημα επιτίθεται σε υγιείς ιστούς, αντίθετα είναι μια κατάσταση όπου το ανοσοποιητικό σύστημα είναι τόσο εξασθενημένο που δεν λειτουργεί αρκετά καλά για να καταπολεμήσει ασθένειες. Σε αντίθεση με τις περισσότερες άλλες διαταραχές του ανοσοποιητικού συστήματος, το AIDS θεωρείται μεταδοτικό, μέσω ανταλλαγής σωματικών υγρών όπως βλέννα ή αίμα.