Οι επιπλοκές του καθετηριασμού εξαρτώνται από την περιοχή του σώματος στην οποία τοποθετείται ο καθετήρας και από το εάν ο καθετήρας είναι στη θέση του για σύντομο ή μακροπρόθεσμο διάστημα. Ο κατάλογος των κοινών επιπλοκών του καθετηριασμού περιλαμβάνει μόλυνση, τραυματισμό ιστού, απόφραξη, βλάβη στα αιμοφόρα αγγεία, δηλητηρίαση αίματος και αλλεργίες. Η μόλυνση είναι μια καθολική επιπλοκή των τύπων καθετήρων που τοποθετούνται εσωτερικά.
Οι καθετήρες του ουροποιητικού συστήματος είτε εισάγονται στην ουρήθρα είτε τοποθετούνται εξωτερικά γύρω από το πέος για την παροχέτευση της ουροδόχου κύστης. Για εσωτερικά τοποθετημένους καθετήρες, οι πιο συχνές επιπλοκές του καθετηριασμού είναι λοιμώξεις του ουροποιητικού συστήματος, απόφραξη και τραυματισμοί ιστών. Η απόφραξη προκαλείται από τα μεταλλικά άλατα που παράγονται από μικροοργανισμούς που αλληλεπιδρούν με τις εναποθέσεις ούρων και μπορεί να προκαλέσει δυσφορία. Οι μόνιμοι καθετήρες μπορούν επίσης να προκαλέσουν δηλητηρίαση αίματος, νεφρικές λοιμώξεις και νεφρική βλάβη, αν και αυτές οι παρενέργειες είναι πιο σπάνιες. Το λατέξ στους καθετήρες που τυλίγονται γύρω από το πέος μπορεί να προκαλέσει αλλεργικές αντιδράσεις σε ορισμένους ασθενείς.
Καθετήρες εισάγονται επίσης στο φλεβικό σύστημα για να μεταφέρουν θρεπτικά υγρά και φάρμακα. Οι καθετήρες μπορούν να εισαχθούν στο περιφερικό φλεβικό σύστημα, όπως στο χέρι, για να μεταφερθούν ενδοφλέβια υγρά ή φάρμακα. Ένας καθετήρας μπορεί επίσης να είναι ένας κεντρικός φλεβικός καθετήρας, ο οποίος τοποθετείται σε μια κύρια φλέβα κοντά ή μέσα στην καρδιά. Οι πιο συχνές επιπλοκές της κεντρικής φλεβικής εισαγωγής είναι η μόλυνση, ο σχηματισμός θρόμβων αίματος και η απόφραξη του σωλήνα. Οι περιφερικοί φλεβικοί καθετήρες υποφέρουν από τα ίδια προβλήματα με τους κεντρικούς φλεβικούς καθετήρες, αλλά είναι πιο πιθανό να προκαλέσουν φλεβίτιδα, μια φλεγμονή της φλέβας, από τους κεντρικούς φλεβικούς καθετήρες.
Οι καθετήρες μπορούν επίσης να περάσουν μέσω των αιμοφόρων αγγείων στην καρδιά. Σε αυτή την περίπτωση, ο γιατρός μπορεί να προκαλέσει πόνο και αιμορραγία κατά την εισαγωγή του σωλήνα. Αν και ο πόνος μπορεί να είναι τόσο ελαφρύς όσο η κανονική ενόχληση, μπορεί επίσης να είναι αποτέλεσμα τυχαίας βλάβης στο αιμοφόρο αγγείο – βλάβη που μπορεί να είναι τόσο εκτεταμένη όσο οι τρύπες που ανοίγονται στο αγγείο όταν ο γιατρός κάνει ελιγμούς με τον καθετήρα στην καρδιά. Ένας ασθενής μπορεί επίσης να είναι αλλεργικός στη βαφή που χρησιμοποιείται στη διαδικασία καρδιακού καθετηριασμού.
Σε ένα μωρό μπορεί να τοποθετηθεί ένας ομφαλικός καθετήρας εάν χρειάζεται συνεχώς θρεπτικά υγρά, φάρμακα ή εάν ο γιατρός του χρειάζεται να λαμβάνει τακτικά δείγματα αίματος. Η μόλυνση είναι μια από τις πιο συχνές επιπλοκές του καθετηριασμού σε τέτοιες καταστάσεις. Ο ομφαλικός καθετήρας μπορεί επίσης να περιορίσει τη ροή του αίματος σε ένα από τα άκρα ή τα όργανα του μωρού. Ένας θρόμβος αίματος μπορεί επίσης να σχηματιστεί στο σωλήνα και δυνητικά να είναι θανατηφόρος.