Ενώ οι πολυβιταμίνες θεωρούνται γενικά μια θετική προσθήκη στην καθημερινή ρουτίνα, υπάρχουν ορισμένες παρενέργειες που μπορεί να εμφανιστούν. Οι πιο συχνές παρενέργειες των πολυβιταμινών περιλαμβάνουν συνήθως ναυτία, δυσκοιλιότητα και διάρροια. Μερικοί άνθρωποι μπορεί επίσης να εμφανίσουν μια αλλεργική αντίδραση, η οποία συνήθως χαρακτηρίζεται από δυσκολία στην αναπνοή, κνίδωση, κνησμό και πρήξιμο του προσώπου, των χειλιών ή της γλώσσας. Ορισμένα μέταλλα που περιέχονται στις πολυβιταμίνες μπορεί να έχουν ακόμη πιο σοβαρές παρενέργειες, όπως πέτρες στη χολή, απόφραξη της καρδιάς, πέτρες στα νεφρά και ανεπάρκεια οργάνων, για να αναφέρουμε μερικά.
Ορισμένες κοινές παρενέργειες των πολυβιταμινών είναι προσωρινές και θα πρέπει να υποχωρήσουν με την πάροδο του χρόνου, μόλις το σώμα προσαρμοστεί στη βιταμίνη. Για παράδειγμα, μερικοί άνθρωποι εμφανίζουν ναυτία, δυσκοιλιότητα ή διάρροια όταν παίρνουν για πρώτη φορά πολυβιταμίνες. Ορισμένες βιταμίνες περιέχουν μέταλλα που τείνουν να προκαλούν παρενέργειες που είναι ενοχλητικές, αλλά όχι απαραίτητα επιβλαβείς. Ένα παράδειγμα είναι ότι οι πολυβιταμίνες που περιέχουν σίδηρο τείνουν να έχουν ως αποτέλεσμα αποχρωματισμένα κόπρανα. Αυτές οι παρενέργειες των πολυβιταμινών συνήθως δεν απαιτούν από τους χρήστες να διακόψουν τη χρήση τους, εκτός εάν δεν εξαφανιστούν λίγο καιρό μετά την προσθήκη τους στην καθημερινή ρουτίνα.
Υπάρχουν πιο σοβαρές παρενέργειες των πολυβιταμινών που δεν θεωρούνται φυσιολογικές και θα πρέπει να αναφέρονται αμέσως σε γιατρό, μετά τη διακοπή της χρήσης των βιταμινών. Τα περισσότερα από αυτά σχετίζονται με τυχαία υπερδοσολογία της βιταμίνης, η οποία μπορεί να είναι κάπως συνηθισμένη, καθώς πολλοί άνθρωποι είτε δεν γνωρίζουν τη σωστή δοσολογία είτε υποθέτουν ότι δεν υπάρχουν πάρα πολλές βιταμίνες. Για παράδειγμα, η υπερβολική χρήση ασβεστίου μπορεί να προκαλέσει πέτρες στη χολή, πέτρες στα νεφρά και καρδιακά προβλήματα, σε συνδυασμό με τις τυπικές πολυβιταμινούχες παρενέργειες της δυσκοιλιότητας και της ναυτίας. Η περίσσεια καλίου μπορεί να οδηγήσει σε απόφραξη στην καρδιά και αυτά είναι μόνο μερικά από τα μέταλλα που συχνά οδηγούν σε ιατρικά προβλήματα όταν λαμβάνονται πάρα πολλά ταυτόχρονα.
Μερικοί άνθρωποι μπορεί να ανακαλύψουν ότι είναι αλλεργικοί σε ορισμένα μέταλλα που περιέχονται στην πολυβιταμίνη τους. Αυτό μπορεί να μην είναι προφανές μέχρι να εμφανιστούν συγκεκριμένα συμπτώματα, όπως δυσκολία στην αναπνοή ή σφίξιμο στο στήθος. Ενώ αυτές οι ανησυχητικές παρενέργειες των πολυβιταμινών είναι αρκετά σοβαρές, υπάρχουν και κάποιες λιγότερο εμφανείς αντιδράσεις που μπορεί να εμφανιστούν. Οι κνίδωση, ο κνησμός και το δερματικό εξάνθημα είναι όλα σημάδια αλλεργίας σε μια πολυβιταμίνη, όπως και το πρήξιμο στο στόμα, τη γλώσσα και τα χείλη. Δυστυχώς, μπορεί να είναι δύσκολο να πούμε ποιο μέταλλο προκαλεί την αλλεργία όταν παίρνετε μια πολυβιταμίνη, καθώς τα περισσότερα συμπληρώματα περιλαμβάνουν αρκετά.