Υπάρχουν πολλές γνωστές και πιθανές παρενέργειες του γαϊδουράγκαθου που πρέπει να ληφθούν υπόψη πριν από τη λήψη αυτού του βοτάνου, συμπεριλαμβανομένων ορισμένων μεμονωμένων παρενεργειών και μερικών πιθανών αρνητικών αλληλεπιδράσεων φαρμάκων. Μερικές γνωστές παρενέργειες περιλαμβάνουν ναυτία, διάρροια, δυσπεψία και απώλεια όρεξης. Το γαϊδουράγκαθο είναι ένα φυτό της οικογένειας των μαργαριτών και παίρνει το όνομά του τόσο από τις λευκές κηλίδες που εμφανίζονται στα φύλλα όσο και από τον λευκό χυμό που περιέχεται στο φυτό. Τα φύλλα τρώγονται συχνά σε σαλάτες ως αντικατάσταση του μαρουλιού ή του σπανακιού και οι σπόροι μπορούν να αλεσθούν και να χρησιμοποιηθούν σε ροφήματα αντί για κόκκους καφέ. Υπάρχουν επίσης εκχυλίσματα γαϊδουράγκαθου που μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως συμπληρώματα διατροφής, που συνήθως προορίζονται για την καταπολέμηση ή την πρόληψη της ηπατικής βλάβης.
Ενώ το γαϊδουράγκαθο μπορεί να προκαλέσει μια σειρά από δυσάρεστα εντερικά και πεπτικά προβλήματα, μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί ως φυσικό καθαρτικό. Το γαϊδουράγκαθο είναι πιθανώς ασφαλές για τους περισσότερους υγιείς ενήλικες, αλλά εάν εμφανιστούν παρενέργειες, το άτομο θα πρέπει να σταματήσει να το παίρνει αμέσως και να συμβουλευτεί έναν γιατρό πριν από την περαιτέρω χρήση. Υπάρχει λίγη έρευνα σχετικά με πιθανές παρενέργειες για γυναίκες που είναι έγκυες ή θηλάζουν, και πιθανότατα θα πρέπει να αποφεύγεται σε τέτοιες περιόδους.
Το γαϊδουράγκαθο μπορεί επίσης να προκαλέσει αλλεργική αντίδραση σε άτομα που είναι αλλεργικά σε φυτά της οικογένειας Asteraceae/Compositae, συμπεριλαμβανομένων της αμβροσίας, των χρυσάνθεμων και των μαργαριτών. Όποιος έχει αλλεργίες σε αυτά τα φυτά θα πρέπει να αποφεύγει να καταναλώνει γαϊδουράγκαθο χωρίς πρώτα να συμβουλευτεί έναν γιατρό.
Άλλες παρενέργειες του γαϊδουράγκαθου μπορεί να προέρχονται από εκχυλίσματα του φυτού που δρουν όπως τα οιστρογόνα σε μερικούς ανθρώπους. Οποιοσδήποτε με μια κατάσταση που θα μπορούσε να επιδεινωθεί από τις επιπτώσεις των αυξημένων οιστρογόνων, όπως ορισμένοι τύποι καρκίνου, θα πρέπει να αποφεύγει αυτούς τους τύπους εκχυλισμάτων. Τα εκχυλίσματα που παρασκευάζονται από σπόρους γαϊδουράγκαθου, ωστόσο, δεν έχει βρεθεί ότι έχουν αυτά τα αποτελέσματα. Το φυτό έχει επίσης αποδειχθεί ότι μειώνει την αποτελεσματικότητα των θεραπειών με ορμόνες οιστρογόνου, καθώς φαίνεται να βοηθά το σώμα να διασπά τα συμπληρώματα οιστρογόνων γρηγορότερα, επομένως η λήψη και των δύο μπορεί να μειώσει την ποσότητα οιστρογόνων που λαμβάνεται πραγματικά από τις θεραπείες.
Οι γνωστές παρενέργειες του γαϊδουράγκαθου περιλαμβάνουν τη δυνατότητα αλληλεπίδρασης με φάρμακα που χρησιμοποιούνται για τη μείωση της χοληστερόλης. Το φυτό μπορεί να επηρεάσει τη διάρκεια παραμονής του φαρμάκου στο σώμα ενός ατόμου, γεγονός που μπορεί να αυξήσει ή να μειώσει την αποτελεσματικότητά του. Όποιος παίρνει φάρμακα για τη μείωση της χοληστερόλης θα πρέπει να συμβουλευτεί έναν επαγγελματία υγείας πριν πάρει το γαϊδουράγκαθο.
Αν και το γαϊδουράγκαθο χρησιμοποιείται για να βοηθήσει άτομα που έχουν συκώτια που έχουν υποστεί βλάβη λόγω έκθεσης σε τοξικές χημικές ουσίες, δεν πρέπει να λαμβάνεται με φάρμακα που διασπώνται για τον οργανισμό από το συκώτι. Έρευνες έχουν δείξει ότι το γαϊδουράγκαθο μπορεί να επιβραδύνει τη διάσπαση αυτών των φαρμάκων, παρατείνοντας πόσο καιρό είναι αποτελεσματικά στον οργανισμό. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε τυχαία υπερδοσολογία ή μπορεί να αυξήσει τη χρονική περίοδο κατά την οποία μπορεί να εμφανιστούν αρνητικές αλληλεπιδράσεις μεταξύ των φαρμάκων.