Το καφέ σάλιο μπορεί να είναι σημάδι μιας σειράς καταστάσεων, που κυμαίνονται από αβλαβές έως σοβαρές. Πιθανώς η πιο κοινή αιτία του καφέ σάλιου είναι η παρουσία νικοτίνης. Άλλες πιθανές αιτίες, ωστόσο, περιλαμβάνουν παλινδρόμηση οξέος ή μικρές ποσότητες αίματος στο σάλιο ή τη βλέννα.
Τα άτομα που χρησιμοποιούν προϊόντα καπνού, είτε με το κάπνισμα είτε χρησιμοποιώντας κάποια μορφή άκαπνου καπνού, έχουν συχνά καφέ σάλιο. Η νικοτίνη από το μάσημα καπνού ή ταμπάκου διαλύεται στο στόμα και ό,τι δεν απορροφάται στην κυκλοφορία του αίματος συνήθως φτύνεται. Οι καπνιστές μπορεί να διαπιστώσουν ότι το σάλιο τους παραμένει καφέ για σημαντικό χρονικό διάστημα, ακόμα κι αν κόψουν το κάπνισμα, καθώς οι πνεύμονές τους απαλλάσσονται από τη νικοτίνη που προκαλεί καρκίνο. Η εισπνοή παθητικού καπνού μπορεί να έχει παρόμοιο αποτέλεσμα.
Η παλινδρόμηση οξέος, κατά την οποία τα πεπτικά υγρά από το στομάχι επανέρχονται στον οισοφάγο, μπορεί επίσης να προκαλέσει καφέ σάλιο, ειδικά το πρωί. Σε ορισμένες περιπτώσεις, το οξύ του στομάχου επανέρχεται ακόμη και στο στόμα, δίνοντας στο σάλιο ένα καφέ ή κίτρινο χρώμα. Αυτό είναι πιο πιθανό να συμβεί τη νύχτα ή όταν ο ασθενής είναι ξαπλωμένος, επειδή η βαρύτητα δεν βοηθά στη διατήρηση του οξέος κάτω.
Το αίμα μπορεί επίσης να δώσει στο σάλιο ένα καφέ χρώμα και μπορεί να υπάρχει στο σάλιο για διάφορους λόγους. Οι πληγές στο στόμα μπορεί να αιμορραγούν και να κάνουν το σάλιο είτε κόκκινο είτε καφέ. Ο κρύος, ξηρός καιρός ή οι μολύνσεις των κόλπων μπορεί να οδηγήσουν σε αιμορραγία στις ρινικές κοιλότητες. Οι κηλίδες αίματος μπορεί να αναμειχθούν με τη βλέννα και να στραγγίσουν στο λαιμό και στο στόμα, με αποτέλεσμα το καφέ σάλιο.
Ενώ το αίμα στη βλέννα ή το σάλιο μπορεί να είναι αβλαβές, μπορεί επίσης να είναι σημάδι πιο σοβαρών προβλημάτων υγείας. Ο βήχας με αίμα είναι συχνά σημάδι φυματίωσης (ΤΒ) ή άλλης σοβαρής λοίμωξης. Όποιος δεν είναι σίγουρος για την αιτία του καφέ σάλιου του/της θα πρέπει να συμβουλευτεί έναν γιατρό για να αποκλείσει δυνητικά επικίνδυνες ασθένειες.