Η επέμβαση απόφραξης του εντέρου πραγματοποιείται όταν τα έντερα φράζουν και τα άχρηστα υλικά δεν μπορούν να περάσουν κανονικά. Εάν τα έντερα μπλοκάρουν εντελώς, εμφανίζεται επείγουσα ιατρική κατάσταση. Μια απόφραξη μπορεί να συμβεί σε οποιοδήποτε σημείο είτε στο παχύ έντερο είτε στο λεπτό έντερο. Ο τύπος της χειρουργικής επέμβασης θα εξαρτηθεί από τη θέση της απόφραξης καθώς και από τη σοβαρότητα της βλάβης. Μερικές φορές ένα τμήμα του εντέρου μπορεί να αφαιρεθεί και στη συνέχεια το έντερο μπορεί να επανασυνδεθεί, αλλά σε άλλες περιπτώσεις αυτή η επανασύνδεση δεν είναι δυνατή.
Η εκτομή του παχέος εντέρου είναι ίσως η πιο κοινή μορφή χειρουργικής απόφραξης του εντέρου. Το κόλον είναι το τελευταίο τμήμα του παχέος εντέρου και βρίσκεται στο κατώτερο τμήμα του πεπτικού σωλήνα. Η εκτομή του παχέος εντέρου είναι συχνά απαραίτητη για εντερικές αποφράξεις που εντοπίζονται σε αυτή την περιοχή του παχέος εντέρου. Κατά τη διάρκεια αυτού του τύπου χειρουργικής επέμβασης, αφαιρείται το κατεστραμμένο ή άρρωστο τμήμα του παχέος εντέρου. Μόλις γίνει αυτό, τα δύο εναπομείναντα υγιή άκρα επανασυνδέονται χειρουργικά το ένα με το άλλο.
Κατά τη διάρκεια μιας εκτομής του παχέος εντέρου, μερικές φορές ανακαλύπτεται ότι η βλάβη είναι πολύ εκτεταμένη για να επιτρέψει την επανασύνδεση των άκρων του παχέος εντέρου. Σε αυτή την περίπτωση, συχνά εκτελείται μια διαδικασία γνωστή ως κολοστομία. Αυτή η διαδικασία γίνεται δημιουργώντας μια χειρουργική οπή στο κοιλιακό τοίχωμα και τραβώντας μέρος του παχέος εντέρου στην επιφάνεια αυτής της οπής. Αυτό επιτρέπει στα άχρηστα υλικά να εξέρχονται από το σώμα, γενικά σε μια θήκη που είναι γνωστή ως σακούλα κολοστομίας. Αυτή η κολοστομία μπορεί να είναι μόνιμη ή σε καταστάσεις όπου το έντερο μπορεί να επανασυνδεθεί αργότερα, μπορεί να δημιουργηθεί μια προσωρινή κολοστομία.
Η χειρουργική επέμβαση για την αφαίρεση μιας απόφραξης στο λεπτό έντερο συχνά οφείλεται σε ιατρικές καταστάσεις όπως η νόσος του Crohn. Αυτά τα εμπόδια μπορεί επίσης να εμφανιστούν λόγω συμφύσεων μετά από άσχετες επεμβάσεις στην κοιλιά. Εάν η πρόσφυση είναι ο λόγος για την απόφραξη, ο χειρουργός θα αφαιρέσει τις ταινίες του ιστού που προκαλούν την απόφραξη. Αυτό γίνεται γενικά ως λαπαροσκοπική χειρουργική επέμβαση, δηλαδή μικρά εργαλεία εισάγονται στην κοιλιά, αποφεύγοντας την ανάγκη για ανοιχτή χειρουργική επέμβαση. Η λαπαροσκοπική χειρουργική συχνά απαιτεί λιγότερο χρόνο αποκατάστασης από την ανοιχτή χειρουργική επέμβαση και απαιτεί πολύ μικρότερη παραμονή στο νοσοκομείο.
Ένας άλλος τύπος χειρουργικής απόφραξης του εντέρου είναι γνωστός ως ειλεοστομία. Σε αυτή τη διαδικασία, το λεπτό έντερο προσκολλάται χειρουργικά στο τοίχωμα της κοιλιάς. Αυτό επιτρέπει στο λεπτό έντερο να παρακάμψει το παχύ έντερο. Αυτός ο τύπος επέμβασης γίνεται συχνά μαζί με άλλες μεθόδους χειρουργικής επέμβασης. Όπως συμβαίνει με την κολοστομία, η ειλεοστομία μπορεί να είναι είτε προσωρινή είτε μόνιμη.