Ο λαιμός ή ο φάρυγγας φιλοξενεί μια μεγάλη ποικιλία βακτηρίων ανά πάσα στιγμή. Έχουν διεξαχθεί αρκετές μελέτες για τον εντοπισμό της φυσιολογικής χλωρίδας του λαιμού, των βακτηρίων που υπάρχουν στους περισσότερους υγιείς ανθρώπους. Μερικά από τα βακτήρια που ζουν στο λαιμό είναι ικανά να προκαλέσουν ασθένεια εάν ο ξενιστής αγχωθεί, ενώ άλλα έχουν ουδέτερο ή και ευεργετικό ρόλο στην υγεία του ξενιστή. Για να μάθουν περισσότερα για τα συγκεκριμένα βακτήρια του λαιμού τους, οι άνθρωποι μπορούν να κάνουν μια βακτηριακή καλλιέργεια, στην οποία λαμβάνεται ένα στυλεό από το λαιμό και καλλιεργείται για να δουν τι αναπτύσσεται.
Ανά πάσα στιγμή, βακτήρια στα γένη Mycoplasma, Mycobacteria, Neisseria, Streptococcus, Corynebacteria, Lactobacillus και Proteus μπορούν να βρεθούν στο λαιμό πολλών ανθρώπων. Τα βακτήρια στις κατηγορίες Σπειροχαΐτες και Ακτινομύκητες είναι επίσης κοινά, όπως και οι μικροοργανισμοί Haemophilus influenze και Pesudomonas aeruginosa. Η φυσιολογική ισορροπία των βακτηρίων συμβάλλει στη λειτουργία του πεπτικού συστήματος και επίσης δρα στην απώθηση των κακών βακτηρίων που μπορεί να εισβάλουν στο λαιμό.
Οι αναγνώστες μπορεί να αναγνωρίσουν τα ονόματα ορισμένων από τη φυσιολογική χλωρίδα του λαιμού. Ο στρεπτόκοκκος είναι ένα βακτηριακό γένος που σχετίζεται με τον στρεπτόκοκκο, μια λοίμωξη του λαιμού που προκαλείται από αποικισμό με βακτήρια της ομάδας Α του στρεπτόκοκκου. Η Neisseria, ένας άλλος κάτοικος του λαιμού, μπορεί να προκαλέσει μηνιγγίτιδα με τη μορφή της λοίμωξης Neisseria meningitidis και το Corynebacterium diphtheriae είναι υπεύθυνο για τη διφθερίτιδα. Η ύπαρξη αυτών των οργανισμών στο λαιμό δεν σημαίνει απαραίτητα ότι κάποιος θα αρρωστήσει, εκτός εάν ο ξενιστής βιώσει άγχος ή κακή υγεία που ανοίγουν τα βακτήρια.
Οι περισσότεροι πονόλαιμοι και λοιμώξεις του λαιμού στην πραγματικότητα δεν προκαλούνται από βακτήρια, αλλά από ιούς ή μύκητες, στην περίπτωση της τσίχλας, που είναι μια λοίμωξη που προκαλείται από αποικισμό με τη ζύμη Candida albicans. Όταν η ισορροπία των βακτηρίων βγει εκτός ελέγχου και ένας τύπος αρχίζει να αναπτύσσεται πολύ γρήγορα, οι άνθρωποι μπορεί να εμφανίσουν πονόλαιμο και διάφορα άλλα συμπτώματα. Μπορεί να πραγματοποιηθεί καλλιέργεια λαιμού για να διαπιστωθεί ποιος οργανισμός ευθύνεται και να συνταγογραφηθούν αντιβιοτικά για την αποκατάσταση της φυσιολογικής ισορροπίας.
Μελέτες σχετικά με τη μακροχρόνια χρήση αντιβιοτικών έχουν δείξει ότι οι άνθρωποι μπορούν να διαταράξουν τα βακτήρια του στόματος και του λαιμού εάν λαμβάνουν αντιβιοτικά για μεγάλο χρονικό διάστημα. Αυτό, με τη σειρά του, μπορεί να κάνει τους ανθρώπους ευαίσθητους σε πράγματα όπως οι μολύνσεις ζύμης, επειδή ο βακτηριακός ανταγωνισμός για πόρους εξαλείφεται. Αυτός είναι ένας λόγος για τον οποίο οι επαγγελματίες του ιατρικού κλάδου προσπαθούν να είναι προσεκτικοί σχετικά με τη συνταγογράφηση αντιβιοτικών και να διασφαλίζουν ότι οι ασθενείς χρησιμοποιούν αντιβιοτικά όπως συνταγογραφούνται για να αποφύγουν μακροχρόνια προβλήματα υγείας.