Η καλύτερη θεραπεία για τη βακτηριακή κολπίτιδα είναι συνήθως ένα συνταγογραφούμενο φάρμακο. Τα αντιβιοτικά, είτε λαμβάνονται σε από του στόματος μορφή είτε εισάγονται στον κόλπο, είναι συνήθως αποτελεσματικά για την απαλλαγή από τα βακτήρια που ευθύνονται για τη βακτηριακή κολπίτιδα. Για τις περισσότερες γυναίκες, τα από του στόματος αντιβιοτικά είναι η καλύτερη θεραπεία για μια περίπτωση βακτηριακής κολπίτιδας, καθώς αυτά που εισάγονται στον κόλπο είναι συχνά λίγο λιγότερο αποτελεσματικά. Μερικές φορές μια γυναίκα μπορεί επίσης να εξετάσει μια σπιτική θεραπεία για τη βακτηριακή κολπίτιδα, αλλά οι οικιακές θεραπείες δεν είναι συνήθως αξιόπιστες για τη θεραπεία αυτής της συγκεκριμένης βακτηριακής λοίμωξης.
Στις περισσότερες περιπτώσεις, η καλύτερη θεραπεία για μια περίπτωση βακτηριακής κολπίτιδας είναι ένα αντιβιοτικό που ονομάζεται μετρονιδαζόλη, το οποίο πωλείται συχνά με την εμπορική ονομασία Flagyl®. Η μετρονιδαζόλη συνήθως συνταγογραφείται σε μορφή χαπιού, αλλά μπορεί να χορηγηθεί και μέσω του κόλπου. Η μορφή γέλης που εισάγεται στον κόλπο για τη θεραπεία της βακτηριακής κολπίτιδας αναφέρεται ως Metrogel®. Η γυναίκα μπορεί επίσης να χρησιμοποιήσει ένα τζελ που ονομάζεται κλινδαμυκίνη ως εναλλακτική λύση στο Metrogel®. Αξίζει επίσης να σημειωθεί ότι ορισμένες περιπτώσεις βακτηριακής κολπίτιδας υποχωρούν από μόνες τους.
Γενικά, η από του στόματος μετρονιδαζόλη είναι πιο αποτελεσματική για τη θεραπεία της βακτηριακής κολπίτιδας από τις κολπικές εφαρμογές. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ωστόσο, μια γυναίκα μπορεί να προτιμήσει την κολπικά χορηγούμενη φαρμακευτική αγωγή παρά το γεγονός ότι είναι λίγο λιγότερο αποτελεσματική από την από του στόματος φαρμακευτική αγωγή. Αυτό οφείλεται στο γεγονός ότι μερικοί άνθρωποι έχουν αναφέρει δυσάρεστες παρενέργειες κατά τη λήψη μετρονιδαζόλης. Παρενέργειες μπορεί να εμφανιστούν και με τα κολπικά τζελ, αλλά είναι συνήθως ήσσονος σημασίας και λιγότερο πιθανό να αναπτυχθούν.
Αν και η μετρονιδαζόλη θεωρείται συνήθως η καλύτερη θεραπεία για τη βακτηριακή κολπίτιδα, υπάρχουν και άλλα αντιβιοτικά που μπορεί να αποδειχθούν επίσης αποτελεσματικά. Μία από τις εναλλακτικές θεραπείες για τη βακτηριακή κολπίτιδα ονομάζεται τινιδαζόλη. Αν και μπορεί να μην είναι τόσο αποτελεσματικό για τη θεραπεία της βακτηριακής κολπίτιδας όσο η μετρονιδαζόλη, θεωρείται αξιόπιστη θεραπεία. Σχετίζεται επίσης με λιγότερες παρενέργειες από τη μετρονιδαζόλη.
Μια γυναίκα μπορεί επίσης να νιώσει στον πειρασμό να δοκιμάσει μια σπιτική θεραπεία για τη βακτηριακή κολπίτιδα. Συνήθως, ωστόσο, οι θεραπείες στο σπίτι αποτυγχάνουν και μια γυναίκα μπορεί να χρειαστεί ακόμη ιατρική θεραπεία αφού τις δοκιμάσει. Οι γιατροί συνήθως συνιστούν θεραπεία, ωστόσο, επειδή η βακτηριακή λοίμωξη μπορεί να προκαλέσει επιπλοκές. Για παράδειγμα, η βακτηριακή κολπίτιδα μπορεί να οδηγήσει σε αποβολή, πρόωρο τοκετό και μόλυνση της μήτρας μετά τον τοκετό. Η μη θεραπευμένη βακτηριακή κολπίτιδα μπορεί επίσης να συμβάλει στην ανάπτυξη φλεγμονώδους νόσου της πυέλου, η οποία μπορεί να οδηγήσει σε σοβαρή ασθένεια και μόνιμη υπογονιμότητα.