Στις περισσότερες περιπτώσεις, οι εργοδότες στις Ηνωμένες Πολιτείες πληρώνουν φόρους μισθοδοσίας στην Υπηρεσία Εσωτερικών Εσόδων μέσω ηλεκτρονικής μεταφοράς κεφαλαίων (ΗΜΧ) που ξεκινά από τον εργοδότη ή για λογαριασμό του εργοδότη από τρίτο μέρος, όπως λογιστική εταιρεία ή υπηρεσία μισθοδοσίας . Πρέπει να καταβληθούν εντός ορισμένου χρόνου μετά την έκδοση της μισθοδοσίας, με βάση το μέγεθός της, σύμφωνα με χρονοδιαγράμματα που δημοσιεύει η ΔΟΥ. Σημαντικές κυρώσεις υπολογίζονται εάν οι φόροι μισθοδοσίας καταβληθούν καθυστερημένα ή καθόλου. Οι πληρωμές των υποχρεώσεων του κρατικού φόρου μισθοδοσίας γίνονται με διαφορετικούς τρόπους και καθορίζονται από τη φορολογική υπηρεσία κάθε πολιτείας.
Το σύστημα EFT θεσπίστηκε στις αρχές του 2011 για τους περισσότερους εργοδότες. Οι μικρότεροι εργοδότες έχουν τη δυνατότητα να πληρώνουν ορισμένα ποσά σε τριμηνιαία ή ετήσια βάση όταν υποβάλλουν τις φορολογικές τους δηλώσεις. Αμέσως μετά την έκδοση της μισθοδοσίας, αλλά εντός του χρονικού πλαισίου που ορίζεται από την IRS, ο εργοδότης ρυθμίζει την πληρωμή ηλεκτρονικά και καθορίζει την ημερομηνία που η IRS θα μεταφέρει τα χρήματα από τον λογαριασμό του πληρωτή. Κατά τη ρύθμιση του ΗΜΧ εισάγονται μόνο συνοπτικές πληροφορίες. Τα αναλυτικά στοιχεία κατανομής των πληρωμών κατατίθενται με την τριμηνιαία έκθεση του εργοδότη, η οποία συμβιβάζει επίσης τυχόν διαφορές. Εάν η τριμηνιαία αναφορά δείχνει ότι οφείλονται πρόσθετοι φόροι, μπορούν συνήθως να πληρωθούν με μια έντυπη επιταγή που συνοδεύει την αναφορά κατά την κατάθεσή της.
Αν και μπορεί να φαίνεται επικίνδυνο να γίνονται καταθέσεις φόρου χωριστά από την υποβολή των αναφορών που κατανέμουν αυτές τις πληρωμές σε μεμονωμένους φορολογούμενους, το σύστημα λειτούργησε καλά στις Ηνωμένες Πολιτείες, με ένα λεπτομερές σύστημα λογιστικής και διόρθωσης σφαλμάτων. Έτσι, οι περισσότεροι εργοδότες πληρώνουν φόρους μισθοδοσίας μέσα σε λίγες μόνο ημέρες από την ημερομηνία έκδοσης της μισθοδοσίας, υποβάλλοντας αναφορές σε τριμηνιαία βάση για να λογιστικοποιήσουν τα ποσά που κατατέθηκαν. Αυτό το σύστημα διασφαλίζει ότι οι φορολογικές υποχρεώσεις εκπληρώνονται όσο το δυνατόν γρηγορότερα αφού προκύψουν, ενώ δίνει στους εργοδότες το χρόνο να προετοιμάσουν τις επεξηγηματικές εκθέσεις.
Οι φόροι μισθοδοσίας στις Ηνωμένες Πολιτείες λαμβάνονται τόσο από τις αμοιβές των εργαζομένων όσο και από τα ταμεία των εργοδοτών. Τα χρήματα που παρακρατούνται από τα κέρδη των εργαζομένων πηγαίνουν σε υποχρεώσεις φόρου εισοδήματος και σε πληρωμές ασφαλίστρων για Κοινωνική Ασφάλιση, Medicare και κρατικά ή τοπικά ασφαλιστικά προγράμματα, όπως η αναπηρία ή η ανεργία. Οι εργοδότες πρέπει να ταιριάζουν με τις πληρωμές των εργαζομένων τους για Κοινωνική Ασφάλιση και Medicare, και πρέπει επίσης να πληρώνουν ομοσπονδιακά και κρατικά ασφάλιστρα ανεργίας, και σε ορισμένες περιπτώσεις, κρατικά ασφάλιστρα αναπηρίας.
Για τους εργαζομένους, η παρακράτηση φόρου εισοδήματος υπολογίζεται χωριστά για μεμονωμένους υπαλλήλους, με βάση τις πραγματικές αποδοχές τους και τις πληροφορίες που παρέχονται στα έντυπα W4. Το ασφάλιστρο για την Κοινωνική Ασφάλιση είναι 6.20% των ακαθάριστων αποδοχών του εργαζομένου έως ότου οι ετήσιες αποδοχές φτάσουν το ανώτατο όριο που καθορίστηκε από το Κογκρέσο, το οποίο ήταν 106,800 δολάρια ΗΠΑ το 2010. Το ασφάλιστρο για το Medicare είναι 1.45% του συνόλου των αποδοχών.
Ο υπολογισμός των εργοδοτικών εισφορών μπορεί να είναι περίπλοκος, καθώς περιλαμβάνει ανώτατα όρια στα ποσά που υπόκεινται στον φόρο και ομοσπονδιακές πιστώσεις για πληρωμές που πραγματοποιούνται για τον κρατικό φόρο ανεργίας. Οι περισσότερες υπηρεσίες μισθοδοσίας και το λογισμικό μισθοδοσίας επιχειρήσεων εκτελούν αυτούς τους υπολογισμούς. Όλα τα ποσά συνδυάζονται όταν οι εργοδότες πληρώνουν φόρους μισθοδοσίας, εκτός από τους φόρους ασφάλισης ανεργίας, οι οποίοι καταβάλλονται ανά τρίμηνο κάθε φορά που η συνολική υποχρέωση φτάνει ή υπερβαίνει τα 500 $.