Η απάντηση στο ερώτημα πόσα αντικείμενα στον περιοδικό πίνακα των στοιχείων απαντώνται φυσικά είναι στην πραγματικότητα λίγο περίπλοκη. Η συμβατική σοφία λέει ότι τα πρώτα 92 στοιχεία, από το στοιχείο 1, το υδρογόνο, έως το στοιχείο 92, το ουράνιο, είναι όλα φυσικά, αλλά στην πραγματικότητα, ορισμένα από αυτά τα στοιχεία είναι εξαιρετικά ασταθή και έχουν παρατηρηθεί μόνο όταν έχουν δημιουργηθεί τεχνητά. Μερικοί άνθρωποι πιστεύουν ότι τα στοιχεία 93 (ποσειδώνιο) και 94 (πλουτώνιο) θα πρέπει επίσης να περιλαμβάνονται σε μια λίστα με φυσικά στοιχεία. Ως αποτέλεσμα, οπουδήποτε μεταξύ 94 και 88 στοιχείων είναι «φυσικά», ανάλογα με τον ορισμό που χρησιμοποιεί κάποιος.
Τα στοιχεία θεωρούνται «φυσικά απαντώμενα» όταν μπορούν να βρεθούν στη φύση, αντί να χρειάζεται να δημιουργηθούν σε εργαστήριο, και πολλές αναπαραστάσεις του περιοδικού πίνακα των στοιχείων περιλαμβάνουν μια διαχωριστική γραμμή μεταξύ φυσικών και τεχνητά παραγόμενων στοιχείων. Ορισμένα φυσικά στοιχεία έχουν πολύ ασταθή ισότοπα ή σύντομο χρόνο ημιζωής, επομένως υπάρχουν μόνο κατά διαστήματα και σε πολύ μικρές ποσότητες στη Γη. Μερικοί άνθρωποι πιστεύουν ότι όταν σκέφτονται τον περιοδικό πίνακα, στοιχεία όπως αυτά δεν πρέπει πραγματικά να θεωρούνται «φυσικά απαντώμενα», ειδικά επειδή παρατηρούνται μόνο ως άμεσο αποτέλεσμα της ανθρώπινης δραστηριότητας. Άλλοι υποστηρίζουν ότι, ενώ μόνο μικρές ποσότητες είναι παρατηρήσιμες ανά πάσα στιγμή, είναι «φυσικές» επειδή μπορούν να συμβούν αυθόρμητα.
Τα αμφισβητήσιμα στοιχεία είναι το στοιχείο 43, το τεχνήτιο. στοιχείο 61, προμέθιο; στοιχείο 85, αστατίνη; και στοιχείο 87, φράγκιο. Τα στοιχεία 43 και 61 είναι κάπως ασυνήθιστα, καθώς περιβάλλονται από σταθερά στοιχεία, αλλά έχουν παρατηρηθεί μόνο σε ελεγχόμενες εργαστηριακές συνθήκες. Τα στοιχεία 85 και 87 εμφανίζονται στη φύση, αλλά μόνο για λίγο και πολύ σπάνια, καθιστώντας δύσκολο να προσδιοριστεί μια πραγματική φυσική εμφάνιση για αυτά τα ντροπαλά στοιχεία.
Εάν και τα τέσσερα αμφισβητήσιμα στοιχεία αφαιρεθούν από τη λίστα των «φυσικά απαντώμενων» στοιχείων, υπάρχουν είτε 90 είτε 88 φυσικά στοιχεία, ανάλογα με το εάν το ποσειδώνιο και το πλουτώνιο περιλαμβάνονται ή όχι στη λίστα. Μερικοί άνθρωποι περιλαμβάνουν την αστίνη και το φράγκιο επίσης, αυξάνοντας το σύνολο σε 92 ή 90. Ο αριθμός που αναφέρεται πιο συχνά είναι το “92”, το οποίο θα μπορούσε να θεωρηθεί ως οι πρώτες 92 καταχωρήσεις στον περιοδικό πίνακα ή ως τα πρώτα 94 μείον στοιχεία 43 και 61, ανάλογα με το πόσο περίπλοκοι αισθάνονται ότι είναι οι άνθρωποι.
Είναι σημαντικό για τους ανθρώπους να θυμούνται ότι, όταν κοιτάζουν τον περιοδικό πίνακα των στοιχείων, το «φυσικά απαντώμενο» δεν σημαίνει απαραίτητα «άφθονο». Πολλά στοιχεία που απαντώνται στη φύση είναι στην πραγματικότητα αρκετά σπάνια, αν και μερικά ήταν για άλλη μια φορά άφθονα. Τα επίπεδα των στοιχείων αλλάζουν επίσης ανάλογα με το πού βρίσκεται ένα άτομο. Το ήλιο, για παράδειγμα, είναι σπάνιο στη Γη, αλλά σε αφθονία γύρω από τον Ήλιο.