Promovarea etanolului de către multe guverne, în special Statele Unite, a condus la multe controverse. În Statele Unite, unde miliarde de dolari din banii contribuabililor sunt cheltuiți pe subvenții pentru etanol, controversa a devenit deosebit de aspră și există o serie de motive în spatele acesteia. Mulți se rezumă la o ceartă fundamentală dacă etanolul, în special etanolul de porumb, este într-adevăr la fel de miraculos pe cât pretind oamenii că este sau nu.
Unii economiști susțin că atunci când un produs are un merit inerent, oamenii vor plăti pentru el, făcând subvențiile inutile. Subvenționarea producției de etanol costă banii contribuabililor, deși indirect, și menține prețurile artificial scăzute, mai degrabă decât să le permită să fie stabilite în conformitate cu valoarea justă de piață. Economiștii care doresc să vadă o promovare mai generală a energiei durabile susțin, de asemenea, că subvențiile pentru etanol iau finanțare de la alte surse de energie durabilă, inclusiv surse care sunt mai curate, mai eficiente și mai ușor de obținut decât etanolul.
Subvențiile pentru etanol pot juca, de asemenea, un rol în escaladarea prețurilor la alimente și în dezbaterea alimentară vs combustibil. Argumentul este că fermierii îi costă mai mult să producă culturi pentru alimente, deoarece aceste culturi sunt mai puțin subvenționate și transmit prețurile consumatorilor. Aprovizionarea cu alimente este redusă și de subvențiile pentru etanol, sub acest argument, deoarece fermierii au un stimulent să cultive culturi pentru etanol, așa că deturnează câmpurile care au fost folosite cândva pentru culturile alimentare pentru a cultiva porumb. Reducerea ofertei poate provoca o creștere a prețurilor și chiar lipsuri în unele cazuri.
Etanolul în sine este un combustibil cu merite discutabile. Necesită o manipulare specială, inclusiv benzină cu o formulă unică pentru amestecuri de combustibili și proceduri speciale de tranzit care o pot face costisitoare. De asemenea, nu arde teribil de curat și este mai puțin eficient din punct de vedere energetic decât benzina, ceea ce înseamnă că o mașină care funcționează cu etanol sau un amestec etanol/benzină va avea un kilometraj mai mic. În plus, generarea de etanol în sine nu este foarte eficientă din punct de vedere energetic și, în unele cazuri, combustibilul poate costa mai mult în energie de produs și transport decât produce.
Criticii subvențiilor pentru etanol susțin că fondurile guvernamentale ar trebui să se concentreze pe promovarea surselor de energie cu adevărat regenerabile și inovatoare, în loc să fie cheltuite pe un combustibil de valoare îndoielnică. Menținerea subvențiilor pentru etanol este considerată o risipă sub acest argument. Alegerea unde să ținți fondurile ar părea a fi mai benefică pe termen lung, chiar dacă tehnologiile mai noi nu au succes imediat.