Diferența principală dintre un anticorp și o proteină este că, în timp ce toți anticorpii sunt proteine, nu toate proteinele sunt anticorpi. Proteinele sunt o categorie generală de molecule mari care servesc atât ca unități structurale, cât și funcționale pentru toate organismele vii de pe Pământ. Ele sunt, de asemenea, depozitul a 20 de molecule de aminoacizi esențiali din plante și animale care sunt necesare supraviețuirii umane, dar pe care corpul uman nu le poate produce singur din alți precursori chimici. Anticorpii sunt un tip special de proteină în formă de Y care acționează ca parte a sistemului imunitar, care conțin situsuri speciale de receptor de legare pentru situsurile antigenului de pe viruși și bacterii, din care astfel de organisme se reproduc. Atunci când anticorpii sunt prezenți în număr semnificativ, aceștia inhibă reproducerea virusurilor și bacteriilor în organism prin legarea de antigeni și declanșează alte răspunsuri imune pentru a asigura sănătatea.
O altă caracteristică cheie atât a unui anticorp, cât și a unei proteine, care este esențială în funcția lor, este modul în care moleculele sunt pliate sau modelate, deoarece acest lucru le afectează capacitatea de a se lega de alte molecule și de a interacționa favorabil în mediul celular. În timp ce un anticorp și o proteină pot avea structuri chimice diferite, arhitectura lor poate fi similară în unele cazuri, ceea ce are un impact direct asupra rolului pe care îl joacă în orice moment în organism. Bazele de date actuale din 2011 au identificat doar un număr limitat de modele reale de pliere care apar în natură, deși, teoretic, ar putea exista milioane de combinații diferite. Estimările sunt că există între 1,233 și 1,393 de modele de ori pentru un anticorp și o proteină. Totuși, toți anticorpii capătă o formă unică de Y, cu situsuri specifice receptorului de aminoacizi în partea superioară a Y, unde ambele ramuri ale acestei regiuni se pot lega la două antigene separate simultan pentru a le dezactiva.
O diferență cheie între un anticorp și o proteină este, de asemenea, regiunea din care sunt produse. În timp ce sinteza proteinelor este un rezultat natural al combinării secvențelor de aminoacizi în diferite tipuri de celule din acidul dezoxiribonucleic (ADN), anticorpii au metode de producție mai restrânse. Anticorpii sunt adesea denumiți imunoglobuline pentru rolul lor de legare în sistemul imunitar și aceste molecule sunt de obicei produse numai de structurile limfocitelor B sau ale celulelor B, cunoscute și sub denumirea de globule albe sau celule plasmatice, situate în măduva osoasă.
Clasificarea generală pentru un anticorp și o proteină variază, de asemenea. În timp ce există cel puțin 100 de tipuri diferite de molecule de proteine și ele servesc numeroase funcții moleculare, de la facilitarea activității motorii până la cataliza ADN, anticorpii sunt fie monoclonali, fie policlonali. Anticorpii monoclonali sunt capabili să se lege doar de un singur antigen specific și sunt produși în mod natural în organism ca răspuns la invadatorii străini. Anticorpii policlonali, pe de altă parte, sunt recoltați din sângele animalelor imunizate și pot fi modificați pentru a se atașa la o gamă largă de antigeni.
Organismele stimulează în mod natural producția de anticorpi pentru a se proteja de infecție, dar știința medicală este, de asemenea, puternic implicată în crearea anticorpilor de cercetare, iar listele mari de catalog de anticorpi există acum în care laboratoarele pot comanda anticorpii de care au nevoie pentru anumite interese de cercetare. Numărul furnizorilor de anticorpi policlonali din întreaga lume era de cel puțin 180 de companii în 2011, multe dintre acestea având liste cu peste 20,000 de anticorpi diferiți disponibili pentru vânzare și expediere, inclusiv unii anticorpi monoclonali.